高速缓存参数无关DNA短序列精确比对算法
| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5页 |
| 第1章 绪论 | 第8-16页 |
| 1.1 课题背景 | 第8-10页 |
| 1.2 研究目的及意义 | 第10-11页 |
| 1.3 国内外研究现状 | 第11-12页 |
| 1.4 本文主要研究内容 | 第12-16页 |
| 第2章 海量 DNA 测序数据比对及其相关技术 | 第16-32页 |
| 2.1 海量基因数据处理与高速缓存技术 | 第16-18页 |
| 2.2 参考基因数据预处理 | 第18-20页 |
| 2.3 测序数据的预处理 | 第20-21页 |
| 2.4 参考基因组哈希索引构建 | 第21-27页 |
| 2.4.1 参考基因组哈希索引数据结构 | 第22页 |
| 2.4.2 参考基因组哈希索引构建方法 | 第22-27页 |
| 2.5 DNA 短序列哈希索引构建 | 第27-31页 |
| 2.5.1 DNA 短序列哈希索引数据结构 | 第27-28页 |
| 2.5.2 DNA 短序列哈希索引构建方法 | 第28-31页 |
| 2.6 本章小结 | 第31-32页 |
| 第3章 高通量 DNA 短序列的精确比对算法 | 第32-50页 |
| 3.1 精确比对使用的数据及其数据结构 | 第32页 |
| 3.2 精确比对整体过程设计 | 第32-34页 |
| 3.3 局部数据排序及其比对 | 第34-43页 |
| 3.3.1 基于高速缓存无关的快速排序算法 | 第35-37页 |
| 3.3.2 基于高速缓存参数无关的合并排序算法 | 第37-39页 |
| 3.3.3 无序数据的高速缓存参数无关序列比对 | 第39-42页 |
| 3.3.4 有序数据的序列比对 | 第42-43页 |
| 3.4 多线程并行精确比对算法设计 | 第43-49页 |
| 3.4.1 数据流与相关接口 | 第44-46页 |
| 3.4.2 多线程并行精确比对算法 | 第46-49页 |
| 3.5 本章小结 | 第49-50页 |
| 第4章 算法实现与测试 | 第50-58页 |
| 4.1 算法实现与测试 | 第50-53页 |
| 4.2 高速缓存比对算法性能分析 | 第53-55页 |
| 4.3 比对程序性能评测 | 第55-57页 |
| 4.4 本章小结 | 第57-58页 |
| 结论 | 第58-59页 |
| 参考文献 | 第59-63页 |
| 致谢 | 第63页 |
