| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5页 |
| 第1章 绪论 | 第8-15页 |
| 1.1 课题背景及研究意义 | 第8-10页 |
| 1.1.1 课题背景 | 第8-10页 |
| 1.1.2 课题研究的目的及意义 | 第10页 |
| 1.2 国内外相关研究发展现状 | 第10-13页 |
| 1.3 本文的主要工作 | 第13-15页 |
| 第2章 基于 motif 信息的 TFBS 的定位和去冗余 | 第15-27页 |
| 2.1 引言 | 第15-16页 |
| 2.2 motif 及位置权重矩阵 | 第16-17页 |
| 2.3 使用位置权重矩阵在全基因组范围内进行 TFBS 预测的方法 | 第17-22页 |
| 2.3.1 序列与位置权重矩阵匹配得分的计算 | 第18-20页 |
| 2.3.2 得分阈值的设定 | 第20-21页 |
| 2.3.3 定位 TFBS 的方法流程 | 第21-22页 |
| 2.4 基于位置权重矩阵的转录因子去冗余 | 第22-26页 |
| 2.4.1 motif 相似性计算及聚类特征的获取 | 第22-24页 |
| 2.4.2 图的最大团分解结果子图个数的简单估计 | 第24-25页 |
| 2.4.3 转录因子 motif 的聚类实现 | 第25-26页 |
| 2.5 本章小结 | 第26-27页 |
| 第3章 DNA 甲基化对转录因子结合影响的实验和分析 | 第27-39页 |
| 3.1 引言 | 第27页 |
| 3.2 转录因子的 CHIP-seq 数据简介 | 第27-28页 |
| 3.3 数据准备 | 第28-31页 |
| 3.3.1 全基因组 TFBS 的定位 | 第29页 |
| 3.3.2 TFBS 附近区域 DNA 甲基化平均值的计算 | 第29-30页 |
| 3.3.3 不完整的甲基化数据能否保持实验样本的无偏性的讨论 | 第30-31页 |
| 3.4 转录因子结合与 DNA 甲基化的相关性实验和分析 | 第31-37页 |
| 3.4.1 CHIP-seq 数据给出的 TFBS 的甲基化情况分析 | 第31-35页 |
| 3.4.2 通过位置权重矩阵预测出的 TFBS 的甲基化情况分析 | 第35-37页 |
| 3.5 本章小结 | 第37-39页 |
| 第4章 结合 TFBS 信息的 DNA 甲基化调控基因表达模型设计及实现 | 第39-54页 |
| 4.1 引言 | 第39页 |
| 4.2 TDMEM 模型的设计 | 第39-43页 |
| 4.2.1 DNA 甲基化对转录因子的调控模型设计 | 第39-41页 |
| 4.2.2 转录因子对基因表达的模型选择 | 第41-42页 |
| 4.2.3 模型整合 | 第42-43页 |
| 4.3 组织间基因表达差异的拟合 | 第43-44页 |
| 4.4 TDMEM 模型的应用及生物结论 | 第44-53页 |
| 4.4.1 拟合数据的前期处理 | 第45-46页 |
| 4.4.2 甲基化影响基因表达的功能验证 | 第46-48页 |
| 4.4.3 TFBS 对甲基化调控基因表达通路的重要影响的验证 | 第48-50页 |
| 4.4.4 TFBS 对甲基化调节基因表达的不同影响的预测 | 第50-53页 |
| 4.5 本章小结 | 第53-54页 |
| 结论 | 第54-55页 |
| 参考文献 | 第55-59页 |
| 攻读硕士学位期间发表的论文 | 第59-61页 |
| 致谢 | 第61页 |
