| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-9页 |
| 第一章 前言 | 第9-28页 |
| ·生物入侵 | 第9-12页 |
| ·生物入侵的基本概念和研究现状 | 第9-10页 |
| ·生物入侵的类型 | 第10-11页 |
| ·生物入侵的过程 | 第11-12页 |
| ·生物入侵成功的原因和机理 | 第12-15页 |
| ·外来种的生物学特性 | 第12-13页 |
| ·入侵种与土著种间的相互作用 | 第13页 |
| ·新栖息地群落生物多样性对入侵的抵抗性 | 第13-14页 |
| ·新栖息地环境变化 | 第14-15页 |
| ·生物入侵的进化遗传学 | 第15-18页 |
| ·生物入侵的进化遗传学研究 | 第15页 |
| ·入侵种的遗传特性 | 第15-16页 |
| ·生物入侵过程中的遗传修饰手段 | 第16页 |
| ·入侵种的遗传多样性 | 第16页 |
| ·入侵种的遗传多态性研究 | 第16-18页 |
| ·生物入侵的基因组学 | 第18-22页 |
| ·生物入侵的基因组学 | 第18页 |
| ·第二代测序技术在入侵生物基因组学 | 第18-22页 |
| ·入侵植物研究对象的选取 | 第22-25页 |
| ·本文研究对象薇甘菊概况 | 第25-27页 |
| ·本文研究目的及意义 | 第27-28页 |
| 第二章 入侵地薇甘菊个体的高通量转录组从头测序及参考转录本的自组装和基因功能注释 | 第28-49页 |
| ·材料与方法 | 第28-37页 |
| ·入侵地薇甘菊个体的样品采集 | 第28页 |
| ·入侵地薇甘菊个体的总RNA提取 | 第28-29页 |
| ·入侵地薇甘菊个体的RNA-seq 高通量转录组从头测序 | 第29-30页 |
| ·薇甘菊个体转录组数据的质量分析及过滤 | 第30-31页 |
| ·薇甘菊个体转录组数据的自组装 | 第31-33页 |
| ·薇甘菊个体参考转录本的自比对检验 | 第33-35页 |
| ·薇甘菊个体参考转录本的功能注释 | 第35-37页 |
| ·结果与分析 | 第37-48页 |
| ·入侵地薇甘菊个体总RNA提取结果 | 第37页 |
| ·入侵地薇甘菊个体转录组的原始测序数据情况 | 第37-38页 |
| ·入侵地薇甘菊个体转录组的优化测序数据情况 | 第38-39页 |
| ·薇甘菊个体转录组数据的自组装结果（CAP3方法） | 第39-41页 |
| ·薇甘菊个体转录组数据的自组装结果（Oases方法） | 第41-43页 |
| ·薇甘菊个体转录组数据的自组装结果综合 | 第43页 |
| ·薇甘菊个体参考转录本的自比对结果 | 第43-46页 |
| ·薇甘菊个体参考转录本的BLAST结果 | 第46页 |
| ·薇甘菊个体参考转录本的GO功能注释结果 | 第46-47页 |
| ·薇甘菊个体参考转录本的KEGG代谢通路注释结果 | 第47-48页 |
| ·小结——入侵植物薇甘菊首个个体参考转录本的获得 | 第48-49页 |
| 第三章 原产地与入侵地薇甘菊群体的高通量转录组测序及遗传特征比较 | 第49-61页 |
| ·材料与方法 | 第49-52页 |
| ·原产地与入侵地薇甘菊群体的样品采集 | 第49页 |
| ·原产地与入侵地薇甘菊群体的总RNA提取 | 第49-50页 |
| ·原产地与入侵地薇甘菊群体的RNA-seq 高通量转录组测序 | 第50页 |
| ·原产地与入侵地薇甘菊群体转录组数据的质量分析及过滤 | 第50页 |
| ·原产地与入侵地薇甘菊群体转录组在参考转录本上的比对 | 第50页 |
| ·薇甘菊群体转录组中候选的单核苷酸多态性位点(SNPs) | 第50-51页 |
| ·原产地与入侵地薇甘菊群体转录组的群体遗传学参数计算 | 第51-52页 |
| ·结果与分析 | 第52-60页 |
| ·原产地与入侵地薇甘菊群体总RNA提取结果 | 第52-54页 |
| ·原产地与入侵地薇甘菊群体转录组数据情况 | 第54-55页 |
| ·原产地与入侵地薇甘菊群体转录组在参考转录本上的比对情况 | 第55-58页 |
| ·原产地与入侵地薇甘菊群体转录组的遗传特征比较 | 第58-60页 |
| ·小结 | 第60-61页 |
| 第四章 结语与展望 | 第61-63页 |
| 参考文献 | 第63-71页 |
| 附录 本人攻读学位期间发表的学术论文 | 第71-72页 |
| 致谢 | 第72页 |
