| 摘要 | 第3-5页 |
| abstract | 第5-6页 |
| 第一章 绪论 | 第10-28页 |
| 1.1 肺炎克雷伯菌概述 | 第10-12页 |
| 1.1.1 肺炎克雷伯菌简介 | 第10页 |
| 1.1.2 肺炎克雷伯菌的致病性和耐药性 | 第10-12页 |
| 1.2 细菌毒素-抗毒素系统概述 | 第12-21页 |
| 1.2.1 毒素-抗毒素系统简介 | 第12-13页 |
| 1.2.2 毒素-抗毒素系统的分类 | 第13-15页 |
| 1.2.3 毒素-抗毒素系统毒素靶点的多样性 | 第15-17页 |
| 1.2.4 毒素-抗毒素系统的功能 | 第17-18页 |
| 1.2.5 毒素-抗毒素系统与持留细胞的形成 | 第18-21页 |
| 1.3 细菌毒素-抗毒素系统的生物信息学研究 | 第21-26页 |
| 1.3.1 微生物信息学技术 | 第21-22页 |
| 1.3.2 毒素-抗毒素的预测工具 | 第22-23页 |
| 1.3.3 毒素-抗毒素系统的二级数据库 | 第23-26页 |
| 1.4 本研究的主要工作 | 第26-28页 |
| 第二章 细菌毒素-抗毒素系统数据库TADB 2.0 的开发 | 第28-40页 |
| 2.1 引言 | 第28-29页 |
| 2.2 材料与方法 | 第29-37页 |
| 2.2.1 TADB数据库后台重构及迁移 | 第29-32页 |
| 2.2.2 TADB数据库前端功能迁移 | 第32-36页 |
| 2.2.3 TADB数据库数据恢复 | 第36页 |
| 2.2.4 文献挖掘与数据更新 | 第36-37页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第37-38页 |
| 2.3.1 TADB 2.0 数据库技术的更新 | 第37-38页 |
| 2.3.2 TADB 2.0 数据库数据更新 | 第38页 |
| 2.4 小结和展望 | 第38-40页 |
| 第三章 细菌II型毒素-抗毒素系统识别工具TAFINDER的开发 | 第40-54页 |
| 3.1 引言 | 第40-41页 |
| 3.2 材料与方法 | 第41-49页 |
| 3.2.1 TAfinder开发环境以及架构 | 第41页 |
| 3.2.2 数据集 | 第41-42页 |
| 3.2.3 II型毒素-抗毒素系统的特征参数 | 第42-44页 |
| 3.2.4 TAfinder工具的总体设计 | 第44-46页 |
| 3.2.5 TAfinder的核心算法 | 第46-47页 |
| 3.2.6 TAfinder的比较分析模块 | 第47-49页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第49-53页 |
| 3.3.1 TAfinder网上服务 | 第49-52页 |
| 3.3.2 TAfinder预测算法评价 | 第52-53页 |
| 3.4 小结与展望 | 第53-54页 |
| 第四章 肺炎克雷伯菌中II型毒素-抗毒素系统的分析 | 第54-67页 |
| 4.1 引言 | 第54页 |
| 4.2 材料与方法 | 第54-56页 |
| 4.2.1 已测序的肺炎克雷伯菌基因组 | 第54-55页 |
| 4.2.2 肺炎克雷伯菌中毒素-抗毒素系统的识别 | 第55页 |
| 4.2.3 肺炎克雷伯菌中毒素-抗毒素系统的归类 | 第55页 |
| 4.2.4 肺炎克雷伯菌中毒素-抗毒素系统的比较分析 | 第55-56页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第56-66页 |
| 4.3.1 肺炎克雷伯菌中毒素-抗毒素系统概况 | 第56-59页 |
| 4.3.2 肺炎克雷伯菌中TA系统的分布 | 第59-66页 |
| 4.4 小结与展望 | 第66-67页 |
| 第五章 II型毒素-抗毒素分布多样性的分析 | 第67-81页 |
| 5.1 引言 | 第67页 |
| 5.2 材料与方法 | 第67-70页 |
| 5.2.1 数据集 | 第67-68页 |
| 5.2.2 TAfinder批量预测毒素-抗毒素系统 | 第68-69页 |
| 5.2.3 全测序细菌基因组中毒素-抗毒素系统的识别 | 第69-70页 |
| 5.2.4 可移动遗传元件携带的II型毒素-抗毒素系统 | 第70页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第70-80页 |
| 5.3.1 II型毒素-抗毒素系统在细菌物种间的分布 | 第70-74页 |
| 5.3.2 II型毒素-抗毒素系统在可移动遗传元件中的分布 | 第74-80页 |
| 5.4 小结与展望 | 第80-81页 |
| 第六章 总结 | 第81-82页 |
| 6.1 创新点 | 第81-82页 |
| 附录1 | 第82-87页 |
| 参考文献 | 第87-93页 |
| 致谢 | 第93-94页 |
| 攻读硕士学位期间发表的论文 | 第94-96页 |
