| 摘要 | 第6-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 英文缩略表 | 第14-15页 |
| 第一章 绪论 | 第15-28页 |
| 1.1 胶质类芽孢杆菌概述 | 第15-16页 |
| 1.1.1 胶质类芽孢杆菌简介 | 第15页 |
| 1.1.2 胶质类芽孢杆菌分类地位的确立 | 第15-16页 |
| 1.1.3 胶质类芽孢杆菌形态特征及生理生化性质 | 第16页 |
| 1.2 胶质类芽孢杆菌胞外多糖的功能及其产生的影响因素 | 第16-19页 |
| 1.2.1 胶质类芽孢杆菌胞外多糖的功能 | 第16-17页 |
| 1.2.2 影响胞外多糖产生的因素 | 第17-19页 |
| 1.2.3 细菌产胞外多糖条件的优化 | 第19页 |
| 1.3 胞外多糖相关基因的表达分析 | 第19-21页 |
| 1.3.1 胞外多糖基因簇的研究 | 第20页 |
| 1.3.2 多糖形成特定基因的表达分析 | 第20-21页 |
| 1.4 转绿组学研究进展 | 第21-26页 |
| 1.4.1 RNA测序技术平台 | 第22页 |
| 1.4.2 RNA-Seq原理 | 第22-23页 |
| 1.4.3 RNA-Seq技术优势 | 第23-24页 |
| 1.4.4 RNA-Seq的应用 | 第24-26页 |
| 1.5 本研究的目的和意义 | 第26-27页 |
| 1.6 本研究的技术路线 | 第27-28页 |
| 第二章 不同培养条件对3016菌体数量和胞外多糖含量的影响 | 第28-38页 |
| 2.1 材料与方法 | 第28-29页 |
| 2.1.1 实验材料 | 第28-29页 |
| 2.2 实验方法 | 第29-30页 |
| 2.2.1 种子摇瓶发酵实验 | 第29页 |
| 2.2.2 菌体密度的测定 | 第29页 |
| 2.2.3 菌体胞外多糖的提取 | 第29-30页 |
| 2.2.4 葡萄糖标准曲线的绘制 | 第30页 |
| 2.2.5 菌体胞外多糖含量的测定 | 第30页 |
| 2.2.6 试验设计 | 第30页 |
| 2.2.7 响应面分析 | 第30页 |
| 2.3 结果 | 第30-37页 |
| 2.3.1 胞外多糖的标定曲线 | 第30-31页 |
| 2.3.2 适宜碳源的筛选 | 第31页 |
| 2.3.3 适宜氮源的筛选 | 第31-32页 |
| 2.3.4 Plackett-Burman设计法对显著因素的筛选 | 第32-33页 |
| 2.3.5 快速登高法快速确定响应区域 | 第33-34页 |
| 2.3.6 响应面分析法确定最佳试验条件 | 第34-36页 |
| 2.3.7 验证试验 | 第36-37页 |
| 2.4 讨论 | 第37-38页 |
| 第三章 不同处理下胶质类芽孢杆菌3016转录表达差异分析 | 第38-57页 |
| 3.1 试验材料 | 第38-40页 |
| 3.1.1 试验菌株 | 第38页 |
| 3.1.2 培养基 | 第38-40页 |
| 3.2 试验方法 | 第40-43页 |
| 3.2.1 诱导时间的确定 | 第40页 |
| 3.2.2 总RNA的提取 | 第40-41页 |
| 3.2.3 RNA质量检测 | 第41页 |
| 3.2.4 转录组文库的构建和测序 | 第41-42页 |
| 3.2.5 生物信息学分析 | 第42-43页 |
| 3.3 试验结果 | 第43-55页 |
| 3.3.1 转录组测序时间点的确定 | 第43页 |
| 3.3.2 总RNA浓度和纯度检测 | 第43页 |
| 3.3.3 总RNA完整性检测 | 第43-44页 |
| 3.3.4 数据的整理与统计 | 第44页 |
| 3.3.5 测序饱和度分析 | 第44-46页 |
| 3.3.6 碱基质量分布统计 | 第46-47页 |
| 3.3.7 参与各个生命过程的基因比例 | 第47页 |
| 3.3.8 基因的COG分类 | 第47-48页 |
| 3.3.9 基因表达差异分析 | 第48-49页 |
| 3.3.10 GO功能差异基因注释 | 第49-50页 |
| 3.3.11 GO功能显著性富集分析 | 第50-52页 |
| 3.3.12 Pathway富集分析 | 第52-53页 |
| 3.3.13 差异基因表达模式聚类 | 第53-55页 |
| 3.4 讨论 | 第55-57页 |
| 第四章 胞外多糖形成相关基因在转录组中的表达分析 | 第57-69页 |
| 4.1 试验材料 | 第57页 |
| 4.1.1 材料 | 第57页 |
| 4.1.2 主要仪器设备 | 第57页 |
| 4.2 试验方法 | 第57-59页 |
| 4.2.1 RNA的提取 | 第57页 |
| 4.2.2 RNA反转录为cDNA | 第57-58页 |
| 4.2.3 Real-time PCR | 第58-59页 |
| 4.3 试验结果 | 第59-65页 |
| 4.3.1 胞外多糖合成相关基因的分析 | 第59-64页 |
| 4.3.2 氮代谢相关基因分析 | 第64-65页 |
| 4.4 差异基因表达QRT-PCR验证 | 第65-67页 |
| 4.5 讨论 | 第67-69页 |
| 第五章 全文结论和展望 | 第69-71页 |
| 参考文献 | 第71-80页 |
| 致谢 | 第80-81页 |
| 作者简历 | 第81页 |
