| 摘要 | 第3-6页 |
| ABSTRACT | 第6-10页 |
| 符号说明 | 第11-13页 |
| 主要仪器设备 | 第13-14页 |
| 主要数据库及网址 | 第14-17页 |
| 第一章 文献综述 | 第17-23页 |
| 1. 仔猪腹泻与F18大肠杆菌 | 第17页 |
| 2. F18大肠杆菌抗性候选基因的研究进展 | 第17-18页 |
| 3. 国内外猪品种F18大肠杆菌抗病育种现状 | 第18-19页 |
| 4. RNA-seq转录组测序 | 第19-20页 |
| 4.1 RNA-seq转录组学 | 第19页 |
| 4.2 RNA-seq转录组学在猪疾病抗性基因筛选中的应用 | 第19-20页 |
| 5. 长链非编码RNA (lncRNA)测序 | 第20-21页 |
| 5.1 lncRNA的定义、分类及其生物学功能 | 第20-21页 |
| 5.2 lncRNA对畜禽重要性状调控作用研究 | 第21页 |
| 6. 本研究的目的和意义 | 第21-23页 |
| 第二章 断奶仔猪F18大肠杆菌抗性与敏感型个体十二指肠比较转录组分析 | 第23-73页 |
| 第一节 梅山断奶仔猪F18大肠杆菌抗性相关调控通路、差异表达基因的筛选与功能分析 | 第24-54页 |
| 1. 材料与方法 | 第24-34页 |
| 1.1 梅山断奶仔猪与F18大肠杆菌感染试验 | 第24页 |
| 1.2 RNA提取、cDNA文库建立以及上机测序 | 第24-25页 |
| 1.3 生物信息学分析 | 第25-27页 |
| 1.4 试验材料与试剂 | 第27页 |
| 1.5 引物设计 | 第27-30页 |
| 1.6 细胞培养与LPS诱导 | 第30页 |
| 1.7 实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测 | 第30页 |
| 1.8 蛋白质免疫印迹(western blot) | 第30-31页 |
| 1.9 免疫组化IHC(Immunohistochemistry)检测 | 第31-32页 |
| 1.10 CD14基因RNA干扰(RNA interference)试验及其功能分析 | 第32-34页 |
| 2. 结果与分析 | 第34-52页 |
| 2.1 梅山断奶仔猪F18大肠杆菌抗性与敏感型个体筛选与鉴定 | 第34-35页 |
| 2.2 样本与测序数据质量检测 | 第35-38页 |
| 2.3 梅山断奶仔猪F18大肠杆菌抗性型与敏感型十二指肠比较转录组分析 | 第38-46页 |
| 2.4 RAN-seq转录组中差异表达基因qPCR验证 | 第46-47页 |
| 2.5 LPS诱导小肠上皮细胞IPEC-J2后Toll样受体信号通路基因表达变化 | 第47-49页 |
| 2.6 CD14基因在F18抗性与敏感型个体十二指肠中免疫组化IHC分析 | 第49页 |
| 2.7 CD14基因敲降试验及其功能验证分析 | 第49-52页 |
| 3. 讨论 | 第52-54页 |
| 第二节 苏太断奶仔猪F18大肠杆菌抗性相关调控通路、差异表达基因的筛选与功能分析 | 第54-73页 |
| 1. 材料与方法 | 第54-61页 |
| 1.1 试验动物 | 第54页 |
| 1.2 RNA提取、cDNA文库建立以及上机测序 | 第54-55页 |
| 1.3 生物信息学分析 | 第55页 |
| 1.4 试验材料与生化试剂 | 第55页 |
| 1.5 引物设计 | 第55-56页 |
| 1.6 DNA提取 | 第56-57页 |
| 1.7 LPS诱导与大肠杆菌刺激猪小肠上皮细胞IPEC-J2 | 第57页 |
| 1.8 基因荧光定量qPCR检测 | 第57-58页 |
| 1.9 Western blot检测 | 第58页 |
| 1.10 FUT2基因RNA干扰试验及其功能验证 | 第58-59页 |
| 1.11 FUT2基因启动子CpG岛甲基化分析 | 第59-61页 |
| 2. 结果与分析 | 第61-70页 |
| 2.1 苏太断奶仔猪F18大肠杆菌抗性型与敏感型个体十二指肠转录组分析 | 第61-63页 |
| 2.2 差异表达基因DGEs参与GO功能、KEGG通路富集分析 | 第63-64页 |
| 2.3 LPS诱导与菌体刺激小肠上皮细胞IPEC-J2下重要DGEs表达变化 | 第64-65页 |
| 2.4 FUT2基因组织表达谱及其F18抗性与敏感型个体肠道组织差异表达分析 | 第65-66页 |
| 2.5 FUT2基因干扰试验及其对F18大肠杆菌黏附能力的影响 | 第66-67页 |
| 2.6 FUT2启动子区甲基化水平检测及其对基因表达的影响 | 第67-69页 |
| 2.7 探讨转录因子Sp1结合FUT2基因启动子—EMSA试验 | 第69-70页 |
| 3. 讨论 | 第70-73页 |
| 第三章 断奶仔猪F18大肠杆菌抗性与敏感型个体十二指肠长链非编码RNA分析 | 第73-115页 |
| 1. 材料与方法 | 第73-88页 |
| 1.1 试验动物 | 第73页 |
| 1.2 RNA提取、cDNA文库建立以及上机测序 | 第73-74页 |
| 1.3 生物信息学分析 | 第74-77页 |
| 1.4 lncRNA定量表达检测 | 第77-78页 |
| 1.5 lncRNA荧光原位杂交技术(Fluorescence in situ hybridization,FISH) | 第78-79页 |
| 1.6 lncRNA干扰试验 | 第79-80页 |
| 1.7 RNA pull down试验 | 第80-83页 |
| 1.8 iTRAQ蛋白质组学 | 第83-86页 |
| 1.9 Western bolt验证 | 第86-88页 |
| 2. 结果与分析 | 第88-113页 |
| 2.1 lncRNA测序数据质量评估结果 | 第88-93页 |
| 2.2 参考序列比对分析 | 第93-97页 |
| 2.3 候选lncRNA过滤与筛选 | 第97-99页 |
| 2.4 仔猪F18大肠杆菌抗性与敏感型个体十二指肠中差异表达lncRNA筛选 | 第99-103页 |
| 2.5 差异表达lncRNA靶基因预测及其功能富集分析 | 第103-104页 |
| 2.6 TCONS_00183659序列特征及其表达水平鉴定 | 第104-105页 |
| 2.7 TCONS_00183659定位FISH分析 | 第105-106页 |
| 2.8 猪小肠上皮细胞IPEC-J2系TCONS_00183659干扰试验的建立 | 第106页 |
| 2.9 TCONS_00183659 pull down试验 | 第106-107页 |
| 2.10 TCONS_00183659干扰前后IPEC-J2蛋白组学分析 | 第107-113页 |
| 3. 讨论 | 第113-115页 |
| 全文结论 | 第115-116页 |
| 文章创新点 | 第116-117页 |
| 文章不足之处及下一步工作计划 | 第117-118页 |
| 致谢 | 第118-119页 |
| 个人简历 | 第119-122页 |
| 参考文献 | 第122-134页 |
