| 中文摘要 | 第7-9页 |
| Summary | 第9-11页 |
| 中英文缩略词表 | 第12-13页 |
| 第一章 引言 | 第13-21页 |
| 1 研究背景 | 第13-14页 |
| 2 文献综述 | 第14-19页 |
| 2.1 新发感染病的概要 | 第14-15页 |
| 2.2 发现病毒的主要方法 | 第15-17页 |
| 2.2.1 病毒的分离培养 | 第15页 |
| 2.2.2 光学和电子显微镜技术 | 第15-16页 |
| 2.2.3 分子诊断技术 | 第16-17页 |
| 2.2.3.1 基于PCR的技术 | 第16页 |
| 2.2.3.2 下一代测序技术 | 第16-17页 |
| 2.3 病毒宏基因组学 | 第17-19页 |
| 3 研究目的和意义 | 第19-21页 |
| 第二章 病毒RNA基因组下一代测序文库方法的建立 | 第21-48页 |
| 1 背景 | 第21页 |
| 2 材料与方法 | 第21-39页 |
| 2.1 实验材料 | 第21-23页 |
| 2.1.1 实验样品 | 第21页 |
| 2.1.2 酶及主要试剂 | 第21-22页 |
| 2.1.3 主要仪器 | 第22页 |
| 2.1.4 主要溶液配制 | 第22-23页 |
| 2.2 实验方法 | 第23-39页 |
| 2.2.1 样品的采集和预处理 | 第23-25页 |
| 2.2.1.1 采集临床样品 | 第23页 |
| 2.2.1.2 临床样品预处理 | 第23页 |
| 2.2.1.3 病毒RNA的提取 | 第23页 |
| 2.2.1.4 测定RNA浓度 | 第23-25页 |
| 2.2.2 下一代测序文库的制备 | 第25-33页 |
| 2.2.2.1 使用方法1构建测序文库 | 第25-28页 |
| 2.2.2.2 使用方法2构建测序文库 | 第28-30页 |
| 2.2.2.3 使用方法3构建测序文库 | 第30-33页 |
| 2.2.3 使用Ion OneTouch? 仪器做微乳液PCR | 第33-35页 |
| 2.2.4 使用Ion OneTouch? ES富集ISPs | 第35-36页 |
| 2.2.5 质控非富集的Ion PGM?模板OT2400 ISPs | 第36页 |
| 2.2.6 对实验文库进行下一代测序 | 第36-39页 |
| 2.2.7 测序数据分析 | 第39页 |
| 3 实验结果 | 第39-45页 |
| 3.1 RT-PCR鉴定采集样品中的病毒 | 第40-41页 |
| 3.2 RNase Ⅲ使RNA片段化酶切时间的确定 | 第41-43页 |
| 3.3 测得的reads和contigs数分析 | 第43页 |
| 3.4 鉴定样品中的病毒 | 第43-44页 |
| 3.5 测序深度 | 第44-45页 |
| 3.6 测序覆盖率 | 第45页 |
| 4 讨论 | 第45-47页 |
| 5 小结 | 第47-48页 |
| 第三章 病毒宏基因组学分析鸭子粪便样本中的病毒 | 第48-63页 |
| 1 背景 | 第48页 |
| 2 材料与方法 | 第48-50页 |
| 2.1 实验材料 | 第48-49页 |
| 2.1.1 实验样品 | 第48页 |
| 2.1.2 酶及主要试剂 | 第48页 |
| 2.1.3 主要仪器 | 第48页 |
| 2.1.4 主要溶液配制 | 第48-49页 |
| 2.2 实验方法 | 第49-50页 |
| 2.2.1 样品的采集和预处理 | 第49页 |
| 2.2.1.1 采集临床样品 | 第49页 |
| 2.2.1.2 临床样品预处理 | 第49页 |
| 2.2.1.3 病毒RNA的提取 | 第49页 |
| 2.2.2 下一代测序文库的构建 | 第49-50页 |
| 2.2.3 使用Ion OneTouch? 仪器做微乳液PCR | 第50页 |
| 2.2.4 使用Ion OneTouch? ES富集 | 第50页 |
| 2.2.5 质控 | 第50页 |
| 2.2.6 对实验文库进行下一代测序 | 第50页 |
| 2.2.7 测序数据分析 | 第50页 |
| 3 实验结果 | 第50-61页 |
| 3.1 测得的reads和contigs数 | 第51页 |
| 3.2 鉴定样品中的病毒 | 第51-61页 |
| 4 讨论 | 第61-62页 |
| 5 小结 | 第62-63页 |
| 第四章 病毒宏基因组学分析水貂粪便样本中的病毒 | 第63-76页 |
| 1 背景 | 第63页 |
| 2 材料与方法 | 第63-64页 |
| 2.1 实验材料 | 第63页 |
| 2.1.1 实验样品 | 第63页 |
| 2.1.2 酶及主要试剂 | 第63页 |
| 2.1.3 主要仪器 | 第63页 |
| 2.1.4 主要溶液配制 | 第63页 |
| 2.2 实验方法 | 第63-64页 |
| 3 实验结果 | 第64-72页 |
| 3.1 测得的reads和contigs数 | 第64-65页 |
| 3.2 鉴定样品中的病毒 | 第65-72页 |
| 4 讨论 | 第72-75页 |
| 5 小结 | 第75-76页 |
| 全文小结 | 第76-77页 |
| 附录 | 第77-84页 |
| 附录 1 | 第77-80页 |
| 附录 2 | 第80-84页 |
| 参考文献 | 第84-91页 |
| 致谢 | 第91-92页 |
| 作者简介 | 第92-94页 |
| 导师简介 | 第94-95页 |
