| 摘要 | 第5-6页 |
| ABSTRACT | 第6页 |
| 符号表 | 第13-14页 |
| 1 水稻基因组序列及高通量测序概述 | 第14-32页 |
| 1.1 水稻基因组序列 | 第14-24页 |
| 1.1.1 日本晴基因组序列 | 第15-17页 |
| 1.1.2 Kasalath基因组序列 | 第17-18页 |
| 1.1.3 93-11和PA64s基因组序列 | 第18-19页 |
| 1.1.4 明恢63和珍汕97基因组序列 | 第19-20页 |
| 1.1.5 HR-12基因组 | 第20页 |
| 1.1.6 IR64和DJ123基因组序列 | 第20-21页 |
| 1.1.7 稻属基因组计划 | 第21-23页 |
| 1.1.8 “Rice3K”泛基因组序列 | 第23-24页 |
| 1.2 高通量测序技术 | 第24-32页 |
| 1.2.1 高通量技术在DNA变异检测中的应用 | 第25-28页 |
| 1.2.2 高通量技术在DNA甲基化检测中的应用 | 第28-29页 |
| 1.2.3 高通量技术在与蛋白质互作的DNA区域检测中的应用 | 第29-30页 |
| 1.2.4 高通量技术在基因表达检测中的应用 | 第30-32页 |
| 2 天优华占优良性状遗传基础的解析 | 第32-50页 |
| 2.1 前言 | 第32页 |
| 2.2 材料与方法 | 第32-34页 |
| 2.2.1 DNA测序、数据预处理和组装 | 第32-33页 |
| 2.2.2 亲本间功能互补的候选基因分析 | 第33页 |
| 2.2.3 华占和热研重组自交系群体Bin图的构建、QTL定位 | 第33-34页 |
| 2.3 结果与分析 | 第34-48页 |
| 2.3.1 亲本间功能互补的候选基因 | 第34-38页 |
| 2.3.2 RILs群体Bin图的构建和17个性状的QTL | 第38-48页 |
| 2.4 结论与讨论 | 第48-50页 |
| 3 分蘖突变体相关多组学数据的联合分析 | 第50-67页 |
| 3.1 前言 | 第50页 |
| 3.2 材料与方法 | 第50-53页 |
| 3.2.1 转录组分析 | 第50-51页 |
| 3.2.2 CHIP-seq的分析 | 第51页 |
| 3.2.3 DNA甲基化的分析 | 第51-52页 |
| 3.2.4 变异频率分析 | 第52-53页 |
| 3.3 结果与分析 | 第53-66页 |
| 3.3.1 表达量与分蘖表型变化一致的基因 | 第53-58页 |
| 3.3.2 H3K27ME3结合的DNA区段 | 第58-60页 |
| 3.3.3 甲基化程度与分蘖边型变化一致的DNA区段和基因 | 第60-63页 |
| 3.3.4 变异频率与分蘖表型变化一致的DNA区段 | 第63-66页 |
| 3.4 结论与讨论 | 第66-67页 |
| 致谢 | 第67-68页 |
| 参考文献 | 第68-80页 |
| 个人简历 | 第80-83页 |
| 个人简介 | 第80页 |
| 博士期间工作相关文章 | 第80-81页 |
| 博士后期间发表文章 | 第81-83页 |
| 通信地址 | 第83页 |
