| 摘要 | 第3-5页 |
| ABSTRACT | 第5-6页 |
| 引言 | 第9-11页 |
| 第一章 文献综述 | 第11-32页 |
| 1.1 羚牛秦岭亚种生物学研究进展 | 第11-15页 |
| 1.1.1 羚牛秦岭亚种简介及分类地位 | 第11-12页 |
| 1.1.2 羚牛秦岭亚种分布、种群数量及栖息地选择 | 第12-13页 |
| 1.1.3 羚牛秦岭亚种繁殖生态和集群行为 | 第13-14页 |
| 1.1.4 羚牛秦岭亚种分子生物学研究 | 第14-15页 |
| 1.2 遗传多样性研究 | 第15-20页 |
| 1.2.1 种群遗传学概念及研究内容 | 第15-18页 |
| 1.2.2 种群遗传学研究的理论基础 | 第18-19页 |
| 1.2.3 种群遗传学研究在野生动物保护方面的意义 | 第19-20页 |
| 1.3 遗传多样性研究中的分子标记技术 | 第20-30页 |
| 1.3.1 分子标记技术概述 | 第20页 |
| 1.3.2 限制性片段长度多态性 | 第20-21页 |
| 1.3.3 随机扩增片段长度多态性 | 第21页 |
| 1.3.4 扩增片段长度多态性 | 第21-22页 |
| 1.3.5 微卫星标记 | 第22-27页 |
| 1.3.6 DNA测序及序列分析 | 第27-29页 |
| 1.3.7 单核苷酸多态性 | 第29-30页 |
| 1.4 本项目的研究目的和意义 | 第30-32页 |
| 第二章 材料与方法 | 第32-50页 |
| 2.1 样品采集与处理 | 第32页 |
| 2.2 仪器与试剂 | 第32-34页 |
| 2.2.1 仪器 | 第32-33页 |
| 2.2.2 试剂 | 第33-34页 |
| 2.2.3 主要配制的试剂 | 第34页 |
| 2.3 实验方法 | 第34-43页 |
| 2.3.1 羚牛基因组DNA提取 | 第35-37页 |
| 2.3.2 引物设计和PCR反应体系 | 第37-42页 |
| 2.3.3 拼接和注释 | 第42-43页 |
| 2.3.4 微卫星基因分型 | 第43页 |
| 2.4 数据分析 | 第43-50页 |
| 2.4.1 mtDNA基因组全序列分析 | 第43-44页 |
| 2.4.2 mtDNA D-Loop区序列遗传多样性分析 | 第44-45页 |
| 2.4.3 微卫星的遗传多样性分析 | 第45-50页 |
| 第三章 实验结果 | 第50-73页 |
| 3.1 羚牛总DNA提取结果 | 第50页 |
| 3.2 mtDNA基因组全序列拼接注释结果 | 第50-56页 |
| 3.2.1 mtDNA基因组全序列测序结果 | 第50-51页 |
| 3.2.2 mtDNA基因组全序列注释结果 | 第51-53页 |
| 3.2.3 tRNA和rRNA基因及二级结构 | 第53-54页 |
| 3.2.4 蛋白质编码基因和非编码区 | 第54-55页 |
| 3.2.5 系统发育分析 | 第55-56页 |
| 3.3 mtDNA D-Loop区序列遗传多样性分析结果 | 第56-63页 |
| 3.3.1 mtDNA D-Loop区序列碱基组成 | 第56页 |
| 3.3.2 位点变异分析 | 第56-57页 |
| 3.3.3 单倍型及分布 | 第57-58页 |
| 3.3.4 mtDNA D-loop区全序列的单倍型网络关系分析 | 第58-59页 |
| 3.3.5 秦岭羚牛种群遗传多样性 | 第59-61页 |
| 3.3.6 秦岭羚牛种群历史动态 | 第61-63页 |
| 3.4 羚牛秦岭亚种STR遗传多样性分析结果 | 第63-73页 |
| 3.4.1 基因分型结果图 | 第63-64页 |
| 3.4.2 无效等位基因 | 第64-65页 |
| 3.4.3 20个微卫星座位等位基因数与等位基因变异分析 | 第65-68页 |
| 3.4.4 基因连锁情况分析 | 第68页 |
| 3.4.5 遗传多样性分析 | 第68-71页 |
| 3.4.6 群体遗传结构分析 | 第71页 |
| 3.4.7 瓶颈效应分析 | 第71-73页 |
| 第四章 讨论与结论 | 第73-85页 |
| 4.1 讨论 | 第73-81页 |
| 4.1.1 羚牛秦岭亚种的分布和样品采集 | 第73页 |
| 4.1.2 羚牛秦岭亚种mtDNA基因组特征与系统进化 | 第73-74页 |
| 4.1.3 羚牛秦岭亚种mtDNA D-Loop区序列特征与遗传多样性 | 第74-76页 |
| 4.1.4 秦岭羚牛种群历史动态及中性检验 | 第76-77页 |
| 4.1.5 STR图谱判读与无效等位基因对实验结果的影响 | 第77-79页 |
| 4.1.6 微卫星分析秦岭羚牛遗传多样性 | 第79页 |
| 4.1.7 哈迪-温伯格平衡检测 | 第79-80页 |
| 4.1.8 两种分子标记的比较 | 第80页 |
| 4.1.9 秦岭羚牛保护建议 | 第80-81页 |
| 4.2 结论与研究创新点 | 第81-83页 |
| 4.3 不足之处 | 第83页 |
| 4.4 未来的工作计划 | 第83-85页 |
| 参考文献 | 第85-101页 |
| 附表 | 第101-105页 |
| 致谢 | 第105-106页 |
| 攻读博士期间取得的成果 | 第106页 |
