| 摘要 | 第6-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 第一章 文献综述 | 第11-21页 |
| 1.1 动物乳腺与乳头发育 | 第11-13页 |
| 1.1.1 动物乳腺的胚胎发育和乳头形成 | 第11-12页 |
| 1.1.2 乳头形成的调控 | 第12-13页 |
| 1.2 四乳头研究进展 | 第13-15页 |
| 1.2.1 副乳的发生率 | 第13-14页 |
| 1.2.2 副乳与产奶量的关系 | 第14页 |
| 1.2.3 副乳相关分子标记的研究 | 第14-15页 |
| 1.3 全基因组测序技术 | 第15-20页 |
| 1.3.1 第一代测序技术 | 第15-16页 |
| 1.3.2 第二代测序技术 | 第16-17页 |
| 1.3.3 第三代测序技术 | 第17-19页 |
| 1.3.4 全基因组重测序的应用 | 第19-20页 |
| 1.4 本研究的目的和意义 | 第20-21页 |
| 第二章 基于全基因组重测序筛选四乳头性状相关基因 | 第21-45页 |
| 2.1 引言 | 第21页 |
| 2.2 材料和方法 | 第21-25页 |
| 2.2.1 材料和试剂 | 第21-22页 |
| 2.2.2 湖羊基因组全测序 | 第22-23页 |
| 2.2.3 数据分析 | 第23-25页 |
| 2.2.4 技术路线 | 第25页 |
| 2.3 结果与分析 | 第25-42页 |
| 2.3.1 DNA质量检测 | 第25-26页 |
| 2.3.2 测序深度 | 第26页 |
| 2.3.3 质量控制（Quality control） | 第26-28页 |
| 2.3.4 MAPPING（短序列对比）率 | 第28页 |
| 2.3.5 Reads在染色体上的分布 | 第28-29页 |
| 2.3.6 拷贝数变异（CNV）分析 | 第29-31页 |
| 2.3.7 染色体结构变异（SV）分析 | 第31-36页 |
| 2.3.8 SNP/ Indel统计 | 第36-37页 |
| 2.3.9 编码区SNP/ Indel统计 | 第37页 |
| 2.3.10 试验组组特有SNP/InDel统计 | 第37-40页 |
| 2.3.11 试验组特有突变基因注释 | 第40-42页 |
| 2.4 讨论 | 第42-44页 |
| 2.5 小结 | 第44-45页 |
| 第三章 四乳头湖羊特有SNP初步验证 | 第45-57页 |
| 3.1 引言 | 第45页 |
| 3.2 材料和方法 | 第45-49页 |
| 3.2.1 主要试剂和溶液配制 | 第45-46页 |
| 3.2.2 试验仪器 | 第46页 |
| 3.2.3 样品采集和乳头记录 | 第46页 |
| 3.2.4 血液DNA提取 | 第46页 |
| 3.2.5 引物设计 | 第46-47页 |
| 3.2.6 位点sheep11-5803550、sheep11-5803553、sheep11-5803555 片段扩增 | 第47页 |
| 3.2.7 SNaPshot试验步骤 | 第47-49页 |
| 3.2.8 资料统计与分析 | 第49页 |
| 3.3 结果与分析 | 第49-54页 |
| 3.3.1 血液DNA质量检测 | 第49页 |
| 3.3.2 位点sheep11-5803550、sheep11-5803553、sheep11-5803555 片段扩增 | 第49页 |
| 3.3.3 测序分析 | 第49-52页 |
| 3.3.4 位点突变统计 | 第52-53页 |
| 3.3.5 ZEB1，DEPDC7基因变异位点与四乳头性状的相关分析 | 第53-54页 |
| 3.4 讨论 | 第54-56页 |
| 3.5 小结 | 第56-57页 |
| 结论 | 第57-58页 |
| 研究创新点 | 第58-59页 |
| 进一步研究的问题 | 第59-60页 |
| 参考文献 | 第60-65页 |
| 附录 | 第65-68页 |
| 缩略词 | 第68-69页 |
| 致谢 | 第69-70页 |
| 作者简介 | 第70页 |
