| 摘要 | 第8-10页 |
| ABSTRACT | 第10-12页 |
| 缩略词表(Abbreviation) | 第13-15页 |
| 第一章 文献综述 | 第15-35页 |
| 1 植物miRNA及其功能 | 第15-16页 |
| 1.1 植物microRNA164家族 | 第15-16页 |
| 1.2 植物microRNA171家族 | 第16页 |
| 2 植物miRNA及其靶基因预测与验证的现状 | 第16-27页 |
| 2.1 miRNA的识别与验证方法 | 第17-23页 |
| 2.2 miRNA靶基因的识别 | 第23-27页 |
| 3 植物转录因子 | 第27-33页 |
| 3.1 植物转录因子的功能 | 第27-29页 |
| 3.2 NAC转录因子家族 | 第29-30页 |
| 3.3 GRAS转录因子家族 | 第30-32页 |
| 3.4 葡萄转录因子基因家族的鉴定与分析 | 第32-33页 |
| 4 研究意义 | 第33-35页 |
| 第二章 葡萄、拟南芥等植物microRNA164与microRNA171的进化分析 | 第35-63页 |
| 第一节 葡萄、拟南芥等植物microRNA164的进化分析 | 第35-49页 |
| 1 材料与方法 | 第36-37页 |
| 1.1 miR164成熟体和前体序列的鉴定 | 第36-37页 |
| 1.2 miR614序列比对系统发育分析 | 第37页 |
| 2 结果与分析 | 第37-48页 |
| 2.1 miR164成熟体的变异及保守性 | 第37-38页 |
| 2.2 miR164成熟体的系统发育及功能多样性 | 第38-40页 |
| 2.3 miR164前体的保守性与进化 | 第40-42页 |
| 2.4 miR164启动子分析 | 第42-48页 |
| 3 讨论 | 第48-49页 |
| 第二节 葡萄、拟南芥等植物microRNA171的进化分析 | 第49-63页 |
| 1 材料与方法 | 第50-51页 |
| 1.1 miR171成熟体和前体序列的鉴定 | 第50页 |
| 1.2 miR171序列比对系统发育分析 | 第50-51页 |
| 2 结果与分析 | 第51-57页 |
| 2.1 miR171成熟体的变异及保守性 | 第51-52页 |
| 2.2 miR171成熟体的系统发育及功能多样性 | 第52-54页 |
| 2.3 miR171前体的保守性与进化 | 第54-56页 |
| 2.4 miR171启动子分析 | 第56-57页 |
| 3 讨论 | 第57-63页 |
| 第三章 microRNA164和microRNA171靶基因的转录因子家族分析 | 第63-111页 |
| 第一节 葡萄NAC转录因子家族的预测与生物信息学分析 | 第63-81页 |
| 1 材料与方法 | 第65-66页 |
| 1.1 数据库的搜索 | 第65页 |
| 1.2 序列比对分析及系统发生树的构建 | 第65页 |
| 1.3 NAC蛋白质结构分析 | 第65-66页 |
| 1.4 miR164靶基因的预测 | 第66页 |
| 2 结果与分析 | 第66-80页 |
| 2.1 葡萄NAC转录因子家族蛋白序列的挖掘 | 第66-69页 |
| 2.2 葡萄NAC蛋白系统发生树的构建 | 第69-70页 |
| 2.3 葡萄NAC基因的染色体定位 | 第70页 |
| 2.4 蛋白质组成成分及理化性质分析 | 第70-78页 |
| 2.5 NAC蛋白结构预测分析 | 第78页 |
| 2.6 miR164靶基因的预测 | 第78-80页 |
| 3 讨论 | 第80-81页 |
| 第二节 葡萄GRAS转录因子家族的预测与分析 | 第81-111页 |
| 1 材料与方法 | 第82-85页 |
| 1.1 数据库的搜索 | 第82-83页 |
| 1.2 序列比对分析及系统发生树的构建 | 第83页 |
| 1.3 葡萄GRAS基因结构、染色体定位及基因重复分析 | 第83页 |
| 1.4 植物材料 | 第83页 |
| 1.5 总RNA的提取及cDNA | 第83-84页 |
| 1.6 cDNA第一链的合成 | 第84-85页 |
| 1.7 荧光定量分析 | 第85页 |
| 1.8 基于基因芯片数据库的葡萄GRAS基因分析 | 第85页 |
| 1.9 miR171靶基因的预测 | 第85页 |
| 2 结果与分析 | 第85-109页 |
| 2.1 葡萄VvGRAS基因的挖掘与注释 | 第85-95页 |
| 2.2 VvGRAS基因染色体定位及基因结构 | 第95页 |
| 2.3 VvGRAS系统发育的分析 | 第95-99页 |
| 2.4 VvGRAS基因在不同器官中的表达情况 | 第99-104页 |
| 2.5 VvGRAS基因在逆境条件下的表达分析 | 第104-105页 |
| 2.6 miR171靶基因的预测 | 第105-109页 |
| 3 讨论 | 第109-111页 |
| 第四章 葡萄microRNA164和microRNA171及其靶基因的研究 | 第111-147页 |
| 第一节 葡萄microRNA164调控其郎基因的功能分析 | 第111-127页 |
| 1 材料与方法 | 第113-117页 |
| 1.1 植物材料 | 第113页 |
| 1.2 分子生物学试剂 | 第113-114页 |
| 1.3 总RNA的提取及LMWRNA的分离 | 第114-115页 |
| 1.4 cDNA第一链的合成 | 第115页 |
| 1.5 mRNA纯化 | 第115-116页 |
| 1.6 目的片段的转化及克隆 | 第116页 |
| 1.7 VvmiR164靶基因(VvNAC1、VvNAC2)的克隆 | 第116-117页 |
| 1.8 VvmiR164及其靶基因的表达 | 第117页 |
| 1.9 PPM-RACE和RLM-RACE扩增确定miRNA剪切靶基因位点 | 第117页 |
| 1.10 VvNAC1、VvNAC2剪切产物的表达分析 | 第117页 |
| 2 结果分析 | 第117-124页 |
| 2.1 VvmiR164的表达分析 | 第117-118页 |
| 2.2 VvmiR164靶基因的预测与克隆 | 第118-120页 |
| 2.3 VvmiR164靶基因(VvNAC1、VvNAC2)的表达分析 | 第120-122页 |
| 2.4 VvmiR164与其靶基因作用模式分析 | 第122-124页 |
| 3 讨论 | 第124-127页 |
| 第二节 葡萄microRNA171及其靶基因的功能分析 | 第127-147页 |
| 1 材料与方法 | 第128-135页 |
| 1.1 植物材料 | 第128页 |
| 1.2 分子生物学试剂 | 第128-129页 |
| 1.3 总RNA的提取及LMWRNA的分离 | 第129页 |
| 1.4 mRNA纯化 | 第129页 |
| 1.5 cDNA第一链的合成 | 第129页 |
| 1.6 VvmiR171靶基因(VvSCL15、VvSCL22)的克隆 | 第129-130页 |
| 1.7 VvmiR171及其靶基因表达分析 | 第130页 |
| 1.8 PPM-RACE和RLM-RACE扩增确定miRNA剪切靶基因位点 | 第130页 |
| 1.9 VvSCL15、VvSCL22剪切产物的表达分析 | 第130页 |
| 1.10 亚细胞定位 | 第130-132页 |
| 1.11 根癌农杆菌介导的拟南芥转化 | 第132-135页 |
| 2 结果与分析 | 第135-144页 |
| 2.1 VvmiR171靶基因的预测与克隆 | 第135-138页 |
| 2.2 VvmiR171及其靶基因VvSCL15、VvSCL22的表达分析 | 第138-139页 |
| 2.3 VvmiR171与其靶基因作用模式分析 | 第139-141页 |
| 2.4 葡萄VvSCL15基因在拟南芥中过表达的研究 | 第141-144页 |
| 3 讨论 | 第144-147页 |
| 第五章 葡萄休眠期microRNAs的识别与鉴定 | 第147-165页 |
| 1 材料与方法 | 第148-150页 |
| 1.1 植物材料 | 第148-149页 |
| 1.2 方法 | 第149-150页 |
| 2 结果与分析 | 第150-162页 |
| 2.1 两个文库小RNA数据分析 | 第150-152页 |
| 2.2 miR164与miR171的表达 | 第152页 |
| 2.3 葡萄其它保守miRNAs的鉴定 | 第152-156页 |
| 2.4 葡萄新miRNAs的鉴定 | 第156-161页 |
| 2.5 qRT-PCR验证 | 第161页 |
| 2.6 miRNA靶基因的GO分析和KEGG分析 | 第161-162页 |
| 3 讨论 | 第162-165页 |
| 全文结论 | 第165-167页 |
| 主要创新点 | 第167-169页 |
| 参考文献 | 第169-189页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文目录 | 第189-191页 |
| 致谢 | 第191页 |
