| 摘要 | 第1-11页 |
| Abstract | 第11-14页 |
| 第1章 文献综述 | 第14-44页 |
| 1 结核病 | 第14页 |
| ·结核分枝杆菌 | 第14页 |
| ·结核病流行病学 | 第14页 |
| 2 分泌蛋白的潘多拉魔盒——分枝杆菌分泌系统 | 第14-23页 |
| ·SecA1分泌系统 | 第15-16页 |
| ·SecA2分泌系统 | 第16-18页 |
| ·Tat分泌系统 | 第18-20页 |
| ·ESX分泌系统 | 第20-22页 |
| ·小结 | 第22-23页 |
| 3 分泌蛋白介导的结核分枝杆菌操控宿主的主要策略 | 第23-30页 |
| ·宿主与结核杆菌之间的“博弈” | 第23页 |
| ·宿主的重要杀菌手段——吞噬体与溶酶体的融合 | 第23-24页 |
| ·结核杆菌的反击——参与抑制吞噬溶酶体融合的效应分子 | 第24-29页 |
| ·对于新药物开发的启示 | 第29-30页 |
| ·小结 | 第30页 |
| 参考文献 | 第30-44页 |
| 第2章 绪论 | 第44-48页 |
| 1 选题依据、研究目的与意义 | 第44页 |
| 2 科学问题 | 第44页 |
| 3 研究内容与技术路线 | 第44-45页 |
| 4 本文创新点 | 第45页 |
| 5 本文不足之处 | 第45-48页 |
| 第3章 生物信息学预测结核分枝杆菌与宿主相互作用的关键胞外蛋白 | 第48-76页 |
| 1 引言 | 第48-49页 |
| 2 实验材料及方法 | 第49-53页 |
| ·疾病模型中表达上调基因 | 第49-51页 |
| ·胞内存活必需基因 | 第51页 |
| ·结核杆菌蛋白质亚细胞定位分析 | 第51-52页 |
| ·临床菌株丢失基因 | 第52页 |
| ·胞外生存必需基因 | 第52页 |
| ·结核杆菌与宿主及宿主肠道菌群蛋白质组的同源分析 | 第52-53页 |
| 3 结果与讨论 | 第53-63页 |
| ·一个基于大量文献的复杂数据集的建立 | 第53-57页 |
| ·所选基因的功能分类 | 第57-62页 |
| ·与其它生物信息学结果比较 | 第62-63页 |
| 4 结论 | 第63页 |
| 参考文献 | 第63-76页 |
| 第4章 结核分枝杆菌Rv3402c蛋白在宿主-病原菌相互作用中的功能研究 | 第76-104页 |
| 1 引言 | 第76-77页 |
| 2 实验材料 | 第77-79页 |
| ·实验质粒、菌株与细胞系 | 第77页 |
| ·主要试剂 | 第77-78页 |
| ·主要溶液与培养基配制 | 第78-79页 |
| ·主要仪器 | 第79页 |
| 3 实验方法 | 第79-85页 |
| ·基因克隆 | 第79-80页 |
| ·蛋白表达与纯化 | 第80-81页 |
| ·重组耻垢分枝杆菌亚细胞结构的分离与鉴定 | 第81页 |
| ·蛋白酶K与胰蛋白酶敏感性分析 | 第81-82页 |
| ·重组耻垢分枝杆菌菌落形态及脂肪酸组成的分析 | 第82-83页 |
| ·重组耻垢分枝杆菌巨噬细胞内存活分析 | 第83页 |
| ·重组耻垢分枝杆菌胞外生长及应力分析 | 第83-84页 |
| ·巨噬细胞存活实验 | 第84页 |
| ·利用semi-RT-PCR和ELISA对细胞因子表达的分析 | 第84页 |
| ·生物信息学与统计学分析 | 第84-85页 |
| 4 结果与分析 | 第85-96页 |
| ·Rv3402c的基本特性 | 第85-86页 |
| ·Rv3402c成功表达于模式菌株耻垢分枝杆菌 | 第86页 |
| ·Rv3402c增强重组耻垢分枝杆菌在巨噬细胞内的存活率 | 第86-87页 |
| ·Rv3402c不能增强重组耻垢分枝杆菌的抗压能力 | 第87-89页 |
| ·Rv3402c部分定位于重组耻垢分枝杆菌细胞表面 | 第89-90页 |
| ·Rv3402c对重组耻垢分枝杆菌菌落形态及脂肪酸组成没有影响 | 第90-92页 |
| ·表达Rv3402c蛋白的重组耻垢分枝杆菌促进巨噬细胞死亡 | 第92-93页 |
| ·表达Rv3402c蛋白的重组耻垢分枝杆菌影响巨噬细胞的细胞因子分泌 | 第93-94页 |
| ·表达Rv3402c蛋白的重组耻垢分枝杆菌通过NF-κB,ERK和p38途径促进巨噬细胞分泌TNF-α和IL-1β | 第94-96页 |
| 5 讨论 | 第96-98页 |
| 参考文献 | 第98-104页 |
| 第5章 结核分枝杆菌蛋白酪氨酸激酶A的底物鉴定及其生理学作用研究 | 第104-130页 |
| 1 引言 | 第104-105页 |
| 2 实验材料 | 第105-106页 |
| ·主要试剂 | 第105页 |
| ·实验菌株及培养条件 | 第105页 |
| ·抗体 | 第105-106页 |
| 3 实验方法 | 第106-112页 |
| ·基因克隆,蛋白表达与纯化 | 第106-107页 |
| ·结核菌全菌体裂解液及滤液蛋白的制备 | 第107页 |
| ·基因定点突变实验 | 第107-109页 |
| ·体外蛋白激酶实验 | 第109页 |
| ·放射性双向电泳分析 | 第109-110页 |
| ·磷酸化氨基酸分析(phospho-animo acid analysis) | 第110页 |
| ·pull-down实验分析 | 第110-111页 |
| ·硫氧还蛋白还原酶活性分析(DTNB法) | 第111页 |
| ·Western blot分析蛋白质的亚细胞定位 | 第111-112页 |
| 4 结果与分析 | 第112-124页 |
| ·以放射性双向电泳为基础的磷酸化蛋白质组学方法鉴定PtkA的底物 | 第112-113页 |
| ·PtkA体外蛋白激酶条件的优化 | 第113-116页 |
| ·使用蛋白质组学方法无法找到PtkA底物的原因 | 第116-118页 |
| ·借助生物信息学方法寻找PtkA的底物 | 第118-121页 |
| ·TrxB2是PtkA的特异性酪氨酸磷酸化底物 | 第121-122页 |
| ·磷酸化作用不影响TrxB2的酶活性 | 第122-123页 |
| ·磷酸化作用抑制TrxB2的分泌 | 第123-124页 |
| 5 讨论 | 第124-126页 |
| 参考文献 | 第126-130页 |
| 附录 | 第130-134页 |
| 致谢 | 第134-136页 |
| 在学期间发表的论文 | 第136-138页 |
| 在学期间参加的课题 | 第138页 |
