黑龙江立克次体基因组与感染小鼠转录组研究
| 目录 | 第1-5页 |
| 缩略词表 | 第5-7页 |
| 摘要 | 第7-10页 |
| Abstract | 第10-13页 |
| 前言 | 第13-20页 |
| 第一章 黑龙江立克次体基因组研究 | 第20-47页 |
| 1. 材料 | 第20页 |
| 2. 方法 | 第20-25页 |
| ·基因组测序样品制备 | 第20-21页 |
| ·高通量测序 | 第21页 |
| ·基因组草图的绘制 | 第21-22页 |
| ·基因组完成图绘制 | 第22页 |
| ·基因组注释 | 第22页 |
| ·基因组基本特征分析 | 第22-24页 |
| ·比较基因组研究 | 第24页 |
| ·泛基因组分析 | 第24-25页 |
| 3. 结果 | 第25-43页 |
| ·基因组测序样品质量分析 | 第25页 |
| ·基因组草图 | 第25-27页 |
| ·基因组完成图 | 第27页 |
| ·基因组基本特征 | 第27-38页 |
| ·比较基因组分析结果 | 第38-41页 |
| ·泛基因组分析结果 | 第41-42页 |
| ·基于泛基因组的立克次体系统进化分析 | 第42-43页 |
| 4. 讨论 | 第43-46页 |
| 5. 结论 | 第46-47页 |
| 第二章 黑龙江立克次体感染小鼠脾脏转录组研究 | 第47-90页 |
| 1. 材料 | 第47-48页 |
| ·菌株和小鼠 | 第47页 |
| ·主要试剂和仪器 | 第47-48页 |
| 2. 方法 | 第48-52页 |
| ·测序材料准备 | 第48-49页 |
| ·病理学检查 | 第49页 |
| ·高通量测序 | 第49页 |
| ·mRNA和1ncRNA分析 | 第49-51页 |
| ·miRNA分析 | 第51-52页 |
| 3. 结果 | 第52-85页 |
| ·RNA质量检测结果 | 第52-53页 |
| ·病理学检查结果 | 第53页 |
| ·mRNA和1ncRNA分析 | 第53-71页 |
| ·miRNA分析 | 第71-85页 |
| 4. 讨论 | 第85-89页 |
| ·mRNA的转录差异分析 | 第86-88页 |
| ·1ncRNA的转录差异分析 | 第88页 |
| ·miRNA的转录差异分析 | 第88-89页 |
| 5. 结论 | 第89-90页 |
| 参考文献 | 第90-100页 |
| 附录 | 第100-109页 |
| 附表1. 黑龙江立克次体基因组中的假基因 | 第100-103页 |
| 附表2. 15种立克次体的Ⅳ分泌系统蛋白组成表 | 第103-104页 |
| 附表3. 黑龙江立克次体含有β-桶结构域的蛋白 | 第104-106页 |
| 附表4. 原始reads数目及回贴比例 | 第106-107页 |
| 附表5. miRNA原始reads数目及回贴比例 | 第107-108页 |
| 附图1. 感染小鼠器官病理分析 | 第108-109页 |
| 综述 | 第109-114页 |
| 参考文献 | 第111-114页 |
| 个人简历 | 第114-115页 |
| 致谢 | 第115页 |
