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利用差异显示与RNA-Seq技术进行萝卜铬胁迫响应相关基因鉴定

目录第1-7页
摘要第7-9页
ABSTRACT第9-12页
缩略词表第12-13页
引言第13-15页
第一章 文献综述第15-23页
 1 土壤中铬污染第15页
 2 铬对植物的毒害第15-18页
   ·铬胁迫对生理功能的破坏第15-17页
     ·铬胁迫对抗氧化酶系的影响第16页
     ·铬胁迫对光合作用的影响第16页
     ·铬胁迫对细胞结构的影响第16-17页
   ·铬胁迫对植物生长发育的影响第17-18页
 3 植物对铬的胁迫响应机制第18-19页
   ·植物对重金属的吸收第18页
   ·植物对重金属的积累第18-19页
   ·植物对重金属的忍耐第19页
 4 DDRT和表达谱技术在植物环境胁迫响应机制中的应用第19-21页
   ·DDRT-PCR技术在植物环境胁迫响应机制中的应用第19-20页
   ·表达谱技术在植物环境胁迫响应机制中的应用第20-21页
 5 本研究的目的和意义第21-23页
第二章 萝卜铬吸收累积的基因型差异研究第23-29页
 摘要第23-24页
 1 材料与方法第24-26页
   ·供试材料第24-25页
   ·植物培养与处理第25页
   ·测定项目与方法第25-26页
     ·铬含量测定第25-26页
     ·数据统计第26页
 2 结果与分析第26-28页
   ·形态学观察第26页
   ·萝卜铬胁迫下肉质根和地上部的生物量变化第26-27页
   ·火焰式原子吸收光谱法测定各品种中铬的含量第27-28页
 3 讨论第28-29页
第三章 利用DDRT-PCR技术分离萝卜铬胁迫响应相关基因第29-43页
 摘要第29-30页
 1 材料与方法第30-32页
   ·植物材料与铬胁迫处理第30页
   ·mRNA的提取及纯化第30-31页
   ·RNA的检测第31页
   ·cDNA第一条链的合成与DDRT-RCR第31页
   ·PCR产物电泳检测第31-32页
   ·差异条带的回收、二次扩增第32页
   ·qRT-PCR分析第32页
 2 结果与分析第32-40页
   ·‘Nau-XZH’在不同浓度铬胁迫下的形态学特征第32-33页
   ·萝卜总RNA的提取与检测第33页
   ·萝卜不同浓度及不同时间铬胁迫下的mRNA差异显示分析第33-34页
   ·差异片段的回收再扩增第34-35页
   ·铬响应的差异片段分析第35-37页
   ·铬胁迫响应差异表达基因片段功能分类第37-38页
   ·差异片段的qRT-PCR表达分析第38-40页
     ·QRT-PCR引物的设计第38页
     ·QRT-PCR引物的检测第38-39页
     ·QRT-PCR验证结果第39-40页
 3 讨论第40-43页
   ·转录和表达因子第41页
   ·信号转导第41页
   ·逆境胁迫第41-42页
   ·细胞和组织代谢第42-43页
第四章 RNA-SEQ鉴定铬胁迫响应相关基因第43-65页
 摘要第43-44页
 1 材料与方法第44-49页
   ·植物材料与主要试剂第44-45页
   ·萝卜肉质根总RNA的提取与质量检测第45页
     ·RNA的提取第45页
     ·RNA质量检测第45页
   ·Read文库制备及测序第45-46页
   ·测序数据分析第46-49页
     ·表达谱信息分析流程第46页
     ·原始序列数据处理第46-47页
     ·差异表达基因统计分析第47页
     ·GO功能注释分析第47页
     ·Pathway途径分析第47-48页
     ·荧光定量PCR对表达谱数据的验证第48-49页
 2 结果与分析第49-60页
   ·萝卜总RNA质量分析第49-50页
     ·琼脂糖检测第49页
     ·定量检测第49-50页
   ·RNA-Seq文库制备及测序第50页
   ·测序结果拼接及统计第50-52页
   ·Unigene功能注释第52-53页
   ·Unigene的GO分类第53页
   ·铬胁迫响应的差异基因统计分析第53-56页
     ·差异表达基因数量统计分析第53-54页
     ·差异基因表达水平分布第54页
     ·差异基因GO功能显著性富集分析第54-55页
     ·差异基因KEGG功能显著性富集分析第55-56页
     ·差异基因pathway途径分析第56页
   ·QRT-PCR分析第56-60页
 3 讨论第60-65页
   ·表达谱中基因差异表达的分布第60页
   ·差异表达基因的GO功能分析第60-63页
     ·与植物光合作用相关的酶类和蛋白基因第61页
     ·与抗氧化相关酶类和蛋白基因第61-62页
     ·与信号转导、调控元件相关蛋白基因第62页
     ·与离子跨膜转运相关酶类和蛋白基因第62-63页
   ·差异表达基因的KEGG功能分析第63-65页
全文结论第65-67页
参考文献第67-73页
攻读硕士学位期间发表的论文第73-75页
致谢第75页

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