| 声明 | 第1页 |
| 论文版权使用授权书 | 第3-4页 |
| 摘要 | 第4-6页 |
| ABSTRACT | 第6-8页 |
| 目录 | 第8-11页 |
| 图目录 | 第11-14页 |
| 表目录 | 第14-15页 |
| 第一章 引言 | 第15-21页 |
| ·基于质谱技术的蛋白质鉴定 | 第15-16页 |
| ·串联质谱 | 第16页 |
| ·串联质谱数据的预处理 | 第16-18页 |
| ·本文的贡献 | 第18-19页 |
| ·本文的组织 | 第19-21页 |
| 第二章 基于质谱技术的蛋白质鉴定问题的概述 | 第21-45页 |
| ·基于质谱技术的蛋白质鉴定流程 | 第21-22页 |
| ·蛋白质和多肽 | 第22-25页 |
| ·质谱技术 | 第25-30页 |
| ·质谱分析原理 | 第25页 |
| ·质谱技术发展历史 | 第25-27页 |
| ·质谱仪重要性能指标 | 第27-28页 |
| ·串联质谱及质谱数据特点 | 第28-30页 |
| ·基于质谱的多肽和蛋白质鉴定方法及计算问题 | 第30-35页 |
| ·肽质指纹鉴定 | 第30-31页 |
| ·串联质谱上的肽序列鉴定 | 第31-35页 |
| ·基于串联质谱的肽序列鉴定算法 | 第35-40页 |
| ·碎裂规律的研究以及理论谱构造 | 第40-41页 |
| ·质谱数据预处理 | 第41-45页 |
| ·原始质谱数据的预处理 | 第41-43页 |
| ·谱峰中心化后的质谱数据的预处理 | 第43-45页 |
| 第三章 串联质谱有效峰选取算法PeakSelect | 第45-75页 |
| ·质谱有效峰选取问题 | 第45-46页 |
| ·已有的有效峰选取算法及软件系统 | 第46-48页 |
| ·有效峰选取的决策树方法PeakSelect | 第48-61页 |
| ·质谱中的同位素信息及同位素模式向量IPV概念 | 第49-52页 |
| ·混合高斯模型的质谱噪声基线的识别 | 第52-54页 |
| ·基于噪声基线及同位素模式的有效峰特征选取 | 第54-58页 |
| ·质谱中离子同位素谱峰的重叠模式 | 第58-60页 |
| ·有效峰选取的决策树方法 | 第60-61页 |
| ·PeakSelect算法的性能分析 | 第61-72页 |
| ·PeakSelect的谱峰选取正确率 | 第61-63页 |
| ·PeakSelect与ProteinLynx的比较 | 第63-67页 |
| ·详细分析PeakSelect在大规模酵母全细胞水解数据上的性能 | 第67-72页 |
| ·进一步提高PeakSelect算法性能的讨论 | 第72-75页 |
| 第四章 基于同位素模式的串联质谱碎片离子分子式预测算法FFP | 第75-95页 |
| ·分子式预测问题及相关研究工作 | 第75-77页 |
| ·FFP的数学建模及求解 | 第77-86页 |
| ·分子式预测问题的优化模型 | 第77-80页 |
| ·碎片离子理论同位素模式分布的统计分析 | 第80-85页 |
| ·局部搜索和多重约束过滤器 | 第85-86页 |
| ·FFP算法的性能分析 | 第86-91页 |
| ·实验数据 | 第86页 |
| ·性能评价指标 | 第86-87页 |
| ·FFP与MS_Enumerate和AC的比较 | 第87-89页 |
| ·保证FFP性能优越的关键原因 | 第89-90页 |
| ·局部搜索和多重过滤器在FFP中的相对功效 | 第90-91页 |
| ·FFP的应用 | 第91-93页 |
| ·对多肽解序的De novo方法提供有用信息 | 第91-93页 |
| ·对质谱质量测量误差分析提供有用信息 | 第93页 |
| ·进一步改进FFP算法的讨论 | 第93-95页 |
| 第五章 串联质谱质量测量误差的预测算法QMass | 第95-115页 |
| ·质谱质量测量误差及校准 | 第95-99页 |
| ·质谱质量测量误差 | 第95-97页 |
| ·已有的误差估计及校准方法 | 第97-99页 |
| ·QMass的数学模型 | 第99-100页 |
| ·QMass在Q-TOF串联质谱上的应用 | 第100-104页 |
| ·Q-TOF串联质谱的系统误差分布函数 | 第100-102页 |
| ·系统误差参数的求解方法 | 第102-103页 |
| ·离子的测量质量和理论质量数对的求法 | 第103-104页 |
| ·误差预测的迭代算法 | 第104页 |
| ·QMass算法的性能分析 | 第104-113页 |
| ·算法在标准肽串联质谱上的预测精度 | 第105页 |
| ·算法在大规模酵母全细胞水解数据上的性能 | 第105-109页 |
| ·通过QMass对没有被Mascot可靠解释的质谱的分析 | 第109-113页 |
| ·进一步改进QMass算法的讨论 | 第113-115页 |
| 第六章 串联质谱数据预处理系统 | 第115-119页 |
| ·预处理系统体系构架 | 第115-116页 |
| ·算法流程 | 第116-119页 |
| ·质谱有效峰选取算法模块的流程 | 第116-117页 |
| ·碎片离子分子式预测算法模块的流程 | 第117-118页 |
| ·质谱质量测量误差预测算法模块的流程 | 第118-119页 |
| 第七章 结束语 | 第119-121页 |
| ·本文工作总结 | 第119-120页 |
| ·下一步研究方向 | 第120-121页 |
| 参考文献 | 第121-133页 |
| 致谢 | 第133-135页 |
| 作者简历 | 第135-136页 |
