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天蓝色链霉菌nsdA基因的研究及TTA密码子的生物信息学分析

摘要第1-8页
ABSTRACT第8-10页
缩略语第10-13页
1 文献综述第13-27页
   ·链霉菌及其模式菌株天蓝色链霉菌A3(2)的概述第13-14页
   ·链霉菌中与分化相关的调节基因第14-22页
     ·途经专一性调节因子第14-16页
     ·全局性调节因子第16-18页
     ·交互调控第18页
     ·调控网络第18-22页
   ·天蓝色链霉菌中bldA基因的研究背景第22-25页
   ·天蓝色链霉菌中TTA密码子的研究背景第25页
   ·本课题研究的立论依据、目的、意义第25-27页
2 材料与方法第27-50页
   ·菌株第27页
   ·质粒与引物第27-31页
   ·培养基与生化试剂第31-33页
   ·链霉菌的基本遗传操作第33页
     ·菌种培养及保藏第33页
   ·DNA基本操作第33-35页
     ·大肠杆菌质粒的抽提第33-34页
     ·链霉菌总DNA的提取第34页
     ·氯化锂纯化DNA第34页
     ·酶连反应第34-35页
     ·DNA片段凝胶回收(试剂盒回收)第35页
   ·PCR及相关技术第35-36页
   ·基因片段转移技术第36-38页
     ·大肠杆菌CaCl_2法制备感受态细胞及DNA转化第36-37页
     ·PCR-targeting中大肠杆菌电转化感受态的制备及电转化第37-38页
     ·大肠杆菌和链霉菌的两亲本属间接合转移第38页
   ·荧光蛋白的显微观察第38页
   ·菌体中XYLE酶活定量测定方法第38-39页
   ·RNA基本操作第39-45页
     ·链霉菌的RNA抽提第39-40页
     ·RNA样品的DNAse Ⅰ处理第40-41页
     ·RNA样品定量第41页
     ·RT-PCR第41-42页
     ·Northern杂交第42-45页
   ·蛋白质操作第45-50页
     ·IPTG诱导大肠杆菌蛋白表达第45页
     ·用包涵体重折叠的方法纯化蛋白第45-46页
     ·SDS-PAGE第46-48页
     ·链霉菌总蛋白提取第48页
     ·Western杂交第48-50页
3 结果与分析第50-95页
   ·天蓝色链霉菌NSDA基因的功能研究第50-81页
     ·nsdA基因中断载体pHL123的构建第50-52页
     ·nsdA基因中断菌株LW9的筛选第52-53页
     ·nsdA基因中断菌株的PCR验证第53页
     ·nsdA基因互补载体pHL128的构建第53-56页
     ·nsdA基因中断菌株及互补菌株的表型观察第56-57页
     ·nsdA基因链霉菌高拷贝载体pHL122的构建第57-60页
     ·nsdA基因高拷贝对链霉菌分化的影响第60页
     ·nsdA启动子与egfp报告基因融合载体pHL117的构建第60-63页
     ·nsdA表达的空间位置的EGFP荧光观察第63-64页
     ·nsdA启动子与xylE+egfp融合双重报告载体pHL134-PnsdA的构建第64-66页
     ·用xylE报告基因研究不同时间nsdA表达的规律第66页
     ·用RT-PCR检测不同时间nsdA表达的规律第66-68页
     ·用Northern Blot检测nsdA基因中断对actⅡ-orf4表达的影响第68-69页
     ·定点突变的NsdA(S458A)对nsdA基因中断菌株的互补实验第69-70页
     ·NsdA与NsdA(S458A)蛋白大肠杆菌与链霉菌表达载体的构建第70-72页
     ·NsdA蛋白在大肠杆菌中的表达与纯化第72页
     ·NsdA与NsdA(S458A)蛋白在链霉菌中表达以及磷酸化的Western杂交分析第72-75页
     ·阿维链霉菌中nsdA直系同源基因SAV2652对天蓝色链霉菌nsdA基因中断菌株LW9的互补实验第75-76页
     ·天蓝色链霉菌中nsdA类似基因SCO4114的基因中断载体的构建第76-77页
     ·SCO4114基因中断菌株的PCR验证以及表型观察第77-79页
     ·天蓝色链霉菌NsdA类似蛋白的生物信息分析第79-81页
   ·天蓝色链霉菌含TTA密码子基因的生物信息学分析第81-95页
     ·寻找天蓝色链霉菌中所有含TTA密码子的基因第81-83页
     ·TTA密码子在不同生物中的的期望频率与实际频率第83-85页
     ·含TTA密码子的基因的功能分类及与所有基因的比较第85-87页
     ·含TTA密码子的基因的密码子使用频率与表达量预测第87-89页
     ·含TTA密码子的基因在阿维链霉菌中的直系同源基因(orthologue)第89-92页
     ·已中断含TTA密码子的基因的总结及中断无表型的原因第92-94页
     ·TTA密码子在链霉菌进化过程中角色的推测第94-95页
4 总结与展望第95-98页
   ·总结第95-96页
   ·展望第96-98页
参考文献第98-106页
致谢第106-107页
附录(作者简介)第107页

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