生物信息学中多序列比对算法的研究
| 中文摘要 | 第1-3页 |
| Abstract | 第3-4页 |
| 目录 | 第4-12页 |
| 第1章 引言 | 第12-20页 |
| 1．1 研究背景 | 第12-17页 |
| 1．1．1 生物信息学介绍 | 第12-14页 |
| 1．1．2 序列比对 | 第14-16页 |
| 1．1．3 生物数据上的索引技术 | 第16-17页 |
| 1．2 国内外的研究现状 | 第17-18页 |
| 1．3 本文的贡献 | 第18-19页 |
| 1．4 论文结构 | 第19-20页 |
| 第2章 后缀树索引技术的研究 | 第20-46页 |
| 2．1 各种索引技术的介绍 | 第20-27页 |
| 2．1．1 Inverted Index | 第20-22页 |
| 2．1．2 Suffix Tree | 第22-25页 |
| 2．1．3 Suffix Array | 第25-27页 |
| 2．2 后缀树的创建算法 | 第27-32页 |
| 2．2．1 Ukkonen算法 | 第27-31页 |
| 2．2．2 McCreight算法 | 第31-32页 |
| 2．3 部分后缀树算法 | 第32-43页 |
| 2．3．1 算法思想 | 第32-34页 |
| 2．3．2 部分后缀树的划分 | 第34-36页 |
| 2．3．3 部分后缀树的创建算法 | 第36-42页 |
| 2．3．4 算法复杂度分析 | 第42-43页 |
| 2．4 算法实现和实验分析 | 第43-46页 |
| 第3章 后缀树并行算法的研究 | 第46-56页 |
| 3．1 并行算法介绍 | 第46-47页 |
| 3．2 基于分段的后缀树并行算法 | 第47-49页 |
| 3．3 基于部分后缀树的并行算法 | 第49-51页 |
| 3．4 并行算法的复杂度分析 | 第51-52页 |
| 3．5 并行算法的实现和实验分析 | 第52-56页 |
| 第4章 多序列比对算法的研究 | 第56-79页 |
| 4．1 多序列比对问题定义 | 第56-58页 |
| 4．2 多序列比对算法的介绍 | 第58-69页 |
| 4．2．1 ClustalW比对算法 | 第60-65页 |
| 4．2．2 MAVID比对算法 | 第65-67页 |
| 4．2．3 基于知识的多序列比对算法 | 第67-69页 |
| 4．3 改进的ClustalW算法 | 第69-74页 |
| 4．3．1 改进思想 | 第69-72页 |
| 4．3．2 改进的两序列比较算法 | 第72-73页 |
| 4．3．3 算法复杂度分析 | 第73-74页 |
| 4．4 算法实现和实验分析 | 第74-79页 |
| 结论 | 第79-80页 |
| 攻读硕士学位期间所发表的论文 | 第80-81页 |
| 致谢 | 第81-82页 |
| 参考文献 | 第82-89页 |
| 独创性声明 | 第89页 |
