| 郑重声明 | 第1-4页 |
| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-10页 |
| 引言 | 第10-11页 |
| 第一章 背景介绍 | 第11-24页 |
| 1． Ⅰ型内含子是一类具有催化活性的RNA分子 | 第11页 |
| 2． Ⅰ型内含子的二级结构 | 第11-12页 |
| 2．1 核心区二级结构 | 第11-12页 |
| 2．2 周边二级结构 | 第12页 |
| 3． Ⅰ型内含子都具有高度有序的空间结构 | 第12-14页 |
| 4． Ⅰ型内含子的折叠问题 | 第14-15页 |
| 5． 细胞环境组分对Ⅰ型内含子的在细胞内的结构及活性的影响 | 第15-17页 |
| 6． Ⅰ型内含子的分布与起源 | 第17-19页 |
| 6．1 Ⅰ型内含子随宿主基因的稳定遗传 | 第17页 |
| 6．2 Ⅰ型内含子在传播过程中可能发生过水平转移 | 第17-18页 |
| 6．3 Ⅰ型内含子在传代过程中的反复丢失与获得 | 第18页 |
| 6．4 Ⅰ型内含子水平转移的分子机制 | 第18-19页 |
| 7． Ⅰ型内含子序列的迅速积累与目前对它们的分类 | 第19-20页 |
| 8． Ⅰ型内含子的二级结构预测方法 | 第20-23页 |
| 8．1 基于动态归划的二级结构预测算法 | 第20-21页 |
| 8．2 基于协同变异模型(CM）的算法 | 第21-22页 |
| 8．3 Ⅰ型内含子二级结构预测的主要障碍和现有的预测方法 | 第22-23页 |
| 9． 本工作的主要内容及意义 | 第23-24页 |
| 第二章 材料与方法 | 第24-27页 |
| 1． 序列的获得与预处理 | 第24页 |
| 2． 二级结构预测 | 第24-25页 |
| 3． 基于二级结构的序列比对及二级结构的优化 | 第25页 |
| 4． 交互信息的计算 | 第25页 |
| 5． E亚类Ⅰ型内含子的亲缘关系分析 | 第25-26页 |
| 6． 系统发生树的构建 | 第26-27页 |
| 第三章 结果与讨论 | 第27-52页 |
| 1． 序列统计与错误排除 | 第27-28页 |
| 2． E亚类Ⅰ型内含子的特征二级结构与新结构花式(structural motif)的发现 | 第28-35页 |
| 2．1 E亚类Ⅰ型内含子的共有二级结构 | 第28-29页 |
| 2．2 E亚类内含子二级结构中的本地配对及其显著特征 | 第29-30页 |
| 2．3 E亚类内含子二级结构中的远距配对 | 第30-31页 |
| 2．4 参与空间作用的结构花式(structural motifs) | 第31-35页 |
| 3． 相互竞争的碱基配对——RNA折叠动态过程的反映 | 第35-37页 |
| 4． 对核心序列的分析揭示出3个小类的存在 | 第37-38页 |
| 5． 序列花式存在于若干组群的Ⅰ型内含子中——对结构与起源的暗示 | 第38-40页 |
| 6． E亚类Ⅰ型内含子在宿主中的分布 | 第40-49页 |
| 6．1 在rRNA中的同一插入位点内，E亚类Ⅰ型内含子保持较高的相似度 | 第40页 |
| 6．2 来自同一属的同插入位点内含子保持高度同源——E亚类Ⅰ型内含子长期稳定随宿主基因遗传的证据 | 第40-41页 |
| 6．3 某些插入位点间的外显子序列及所含内含子的结构相似性——早期发生的跨插入位点的内含子迁移 | 第41页 |
| 6．4 高度相似的Ⅰ型内含子发现于远缘宿主中——跨宿主的内含子水平转移 | 第41-42页 |
| 6．5 E亚类内含子在核糖体上的空间分布 | 第42-49页 |
| 7． 新homing endonuclease基因的发现 | 第49-52页 |
| 结论 | 第52-53页 |
| 参考文献 | 第53-59页 |
| 研究生期间发表的论文及会议摘要 | 第59-60页 |
| 致谢 | 第60-61页 |
| 附表 本工作所分析Ⅰ型内含子的来源与最终分类 | 第61-67页 |
| 附图 211个E亚类Ⅰ型内含子的二级结构 | 第67-119页 |
