| 第一章 文献综述 | 第1-37页 |
| 前言 | 第9页 |
| 1 植物抗病分子机制与抗病基因 | 第9-13页 |
| ·植物抗病分子机制 | 第9-11页 |
| ·植物的抗病基因 | 第11-12页 |
| ·抗病基因的信号传导 | 第12-13页 |
| 2 DNA 测序技术 | 第13-15页 |
| ·Sanger 双脱氧链终止法原理 | 第13页 |
| ·DNA测序仪的的产生与发展 | 第13-14页 |
| ·ABI公司的DNA测序技术 | 第14-15页 |
| 3 EST 技术及其应用 | 第15-28页 |
| ·EST 技术的原理与方法 | 第16-17页 |
| ·EST 技术原理 | 第16-17页 |
| ·EST 研究的主要步骤 | 第17页 |
| ·EST 技术的主要应用 | 第17-20页 |
| ·EST 标记的建立 | 第17-18页 |
| ·分离与鉴定新基因 | 第18-19页 |
| ·基因差异表达的研究 | 第19页 |
| ·比较基因组学研究 | 第19页 |
| ·用于制备 DNA 芯片 | 第19-20页 |
| ·生物信息学在EST 研究中的应用 | 第20-25页 |
| ·生物信息学 | 第20页 |
| ·公共数据库 | 第20-21页 |
| ·生物信息学在EST数据分析中的应用 | 第21-25页 |
| ·植物基因组研究计划 | 第25-28页 |
| ·林木 EST 研究进展 | 第25-27页 |
| ·杨属 EST 研究进展 | 第27-28页 |
| 4 基因芯片技术及其在植物研究中的应 | 第28-34页 |
| ·基因芯片简介 | 第28-29页 |
| ·基因芯片技术在植物研究中的应用 | 第29-32页 |
| ·特异性相关基因的检测 | 第30页 |
| ·基因差异表达及新基因的发现 | 第30-31页 |
| ·突变性和多态性检测 | 第31页 |
| ·DNA 序列分析 | 第31-32页 |
| ·功能基因组研究 | 第32页 |
| ·生物信息学在基因芯片研究中的应用 | 第32-34页 |
| ·确定待检测的目标序列 | 第33页 |
| ·基因芯片设计 | 第33页 |
| ·基因芯片检测结果分析及数据管理 | 第33-34页 |
| 5 本课题研究立题意义与技术路线 | 第34-37页 |
| ·立题意义 | 第34-35页 |
| ·技术路线 | 第35-37页 |
| 第二章 杨树黑斑病菌诱导叶片的大规模EST序列测 | 第37-49页 |
| 1 材料与方法 | 第37-43页 |
| ·实验材料 | 第37页 |
| ·实验方法 | 第37-43页 |
| ·质粒 DNA 提取 | 第37-40页 |
| ·EST 序列测定基本方案确定 | 第40-41页 |
| ·EST 序列测定条件优化 | 第41-43页 |
| ·EST 序列测定 | 第43页 |
| 2 结果与分析 | 第43-47页 |
| ·大规模质粒DNA 提取 | 第43页 |
| ·EST 测序反应条件优化 | 第43-46页 |
| ·不同反应体系比较 | 第43-44页 |
| ·不同 BigDye 类型比较 | 第44页 |
| ·不同 BigDye 用量比较 | 第44页 |
| ·不同测序板及其它注意事项 | 第44-46页 |
| ·大规模 EST 序列测定 | 第46-47页 |
| 3 讨论 | 第47-49页 |
| ·cDNA 文库质量 | 第47页 |
| ·质粒提取 | 第47页 |
| ·菌株活力对质粒提取的影响 | 第47页 |
| ·质粒 DNA 的多带现象 | 第47页 |
| ·测序条件 | 第47-49页 |
| ·模板用量与引物用量 | 第47-48页 |
| ·测序产物纯化 | 第48-49页 |
| 第三章 杨树抗黑斑病相关基因表达谱分析 | 第49-90页 |
| 1 材料与方法 | 第49-51页 |
| ·实验分析材料 | 第49页 |
| ·生物信息学分析 | 第49-51页 |
| ·序列拼接 | 第49页 |
| ·功能注释及功能分类 | 第49-50页 |
| ·序列提交 GenBank 数据库 | 第50页 |
| ·标记开发 | 第50-51页 |
| ·抗病相关序列分析 | 第51页 |
| 2 结果与分析 | 第51-72页 |
| ·有效 EST 序列获得 | 第51-54页 |
| ·EST 序列拼接分析 | 第54-56页 |
| ·基因表达频率及高丰度表达基因分析 | 第56-61页 |
| ·基因表达功能分析 | 第61-62页 |
| ·EST 序列递交数据库 | 第62-63页 |
| ·SNP 标记开发 | 第63-67页 |
| ·SSR 标记开发 | 第67-70页 |
| ·受黑斑病菌诱导杨树叶片组织中与植物抗病相关的基因分析 | 第70-72页 |
| 3 讨论 | 第72-90页 |
| ·EST 序列冗余度及表达基因丰度 | 第72-85页 |
| ·杨树黑斑病菌诱导叶片抗病相关基因表达 | 第85-88页 |
| ·EST-SNP 及EST-SSR 标记开发 | 第88-90页 |
| 第四章 利用cDNA芯片检测杨树抗病与感病无性系叶片基因表达谱 | 第90-111页 |
| 1 材料与方法 | 第90-93页 |
| ·实验材料 | 第90页 |
| ·主要仪器及试剂 | 第90页 |
| ·cDNA 芯片克隆制备 | 第90-91页 |
| ·总 RNA 抽提、纯化及质量检测 | 第91页 |
| ·荧光探针的制备 | 第91-92页 |
| ·芯片杂交与洗涤 | 第92-93页 |
| ·数据分析 | 第93页 |
| 2 结果与分析 | 第93-105页 |
| ·cDNA 克隆的 PCR 扩增 | 第93-94页 |
| ·杂交检出率及相关性分析 | 第94-98页 |
| ·差异基因表达分析 | 第98-105页 |
| 3 讨论 | 第105-109页 |
| ·芯片结果与 EST 测序结果的一致性分析 | 第105-109页 |
| ·谐调互作与非谐调互作中的应答先后分析 | 第109页 |
| 4 存在的问题及展望 | 第109-111页 |
| 参考文献 | 第111-121页 |
| 详细摘要 | 第121-130页 |