| 内容提要 | 第1-9页 |
| 第一章 引言 | 第9-25页 |
| ·生物信息学简介 | 第9-10页 |
| ·蛋白质结构预测 | 第10-17页 |
| ·计算机模拟概述 | 第17-19页 |
| ·生物信息学在药物领域的应用 | 第19-23页 |
| ·研究目的和论文内容 | 第23-25页 |
| 第二章 理论基础和计算方法 | 第25-76页 |
| ·同源模建 | 第25-27页 |
| ·序列比对 | 第27-34页 |
| ·双序列比对 | 第29-32页 |
| ·多序列比对 | 第32-34页 |
| ·量子化学从头计算 | 第34-52页 |
| ·定态Shr(o|¨)dinger方程 | 第35页 |
| ·分子轨道法在物理模型上的三个基本近似 | 第35-42页 |
| ·从头计算方法 | 第42-44页 |
| ·密度泛函理论（DFT） | 第44-52页 |
| ·分子力场 | 第52-56页 |
| ·力场简述 | 第52-54页 |
| ·常用力场介绍 | 第54-56页 |
| ·分子力学 | 第56-61页 |
| ·分子动力学 | 第61-70页 |
| ·基本理论 | 第62-63页 |
| ·积分方法 | 第63-67页 |
| ·初始化 | 第67-70页 |
| ·分子对接 | 第70-76页 |
| ·分子对接的原理 | 第70页 |
| ·分子对接的类型 | 第70-76页 |
| 第三章 人类酸性哺乳动物壳多糖水解酶的同源模建及其分子对接研究 | 第76-93页 |
| ·引言 | 第76-77页 |
| ·理论方法 | 第77-80页 |
| ·hAMCase的氨基酸序列 | 第77-78页 |
| ·hAMCase三维结构的同源模建 | 第78页 |
| ·hAMCase三维结构的优化和评估 | 第78-79页 |
| ·活性位点的预测 | 第79页 |
| ·与抑制剂的对接研究 | 第79-80页 |
| ·结果与讨论 | 第80-92页 |
| ·hAMCase的三维结构 | 第80-85页 |
| ·hAMCase活性位点预测 | 第85页 |
| ·对接研究 | 第85-92页 |
| ·本章小结 | 第92-93页 |
| 第四章 丝氨酸消旋酶的同源模建及其与多肽类抑制剂的分子对接研究 | 第93-106页 |
| ·引言 | 第93-94页 |
| ·理论方法 | 第94-96页 |
| ·hSR的氨基酸序列 | 第94页 |
| ·hSR三维结构的同源模建 | 第94-95页 |
| ·hSR三维结构的优化和评估 | 第95页 |
| ·活性位点的预测 | 第95页 |
| ·hSR和多肽类抑制剂的分子对接研究 | 第95-96页 |
| ·量子化学计算 | 第96页 |
| ·结果与讨论 | 第96-105页 |
| ·hSR的三维结构 | 第96-99页 |
| ·hSR活性位点的确定 | 第99-101页 |
| ·hSR与多肽类抑制剂的分子对接 | 第101-105页 |
| ·本章小结 | 第105-106页 |
| 第五章 人类脂肪酰胺水解酶的理论研究 | 第106-122页 |
| ·引言 | 第106-107页 |
| ·理论方法 | 第107-110页 |
| ·hFAAH的一级序列 | 第107页 |
| ·同源模建 | 第107-108页 |
| ·hFAAH三维结构的优化和评估 | 第108-109页 |
| ·活性位点分析 | 第109页 |
| ·与抑制剂的对接研究 | 第109-110页 |
| ·结果与讨论 | 第110-121页 |
| ·hFAAH的三维结构 | 第110-114页 |
| ·hFAAH活性位点的确定 | 第114-115页 |
| ·hFAAH与抑制剂二异丙酚的对接研究 | 第115-117页 |
| ·hFAAH与二异丙酚结构类似物的分子对接研究 | 第117-121页 |
| ·本章小结 | 第121-122页 |
| 第六章 Sirtuins蛋白酶催化机理的理论研究 | 第122-135页 |
| ·引言 | 第122-125页 |
| ·量子化学模型的建立 | 第125-127页 |
| ·理论和方法 | 第127页 |
| ·结果与讨论 | 第127-134页 |
| ·第一步反应 | 第127-130页 |
| ·Phe33 在催化反应中的作用 | 第130-131页 |
| ·第二步反应 | 第131-134页 |
| ·本章小结 | 第134-135页 |
| 参考文献 | 第135-172页 |
| 第一章参考文献 | 第135-147页 |
| 第二章参考文献 | 第147-154页 |
| 第三章参考文献 | 第154-158页 |
| 第四章参考文献 | 第158-161页 |
| 第五章参考文献 | 第161-167页 |
| 第六章参考文献 | 第167-172页 |
| 攻读博士学位期间发表和完成的论文 | 第172-174页 |
| 致谢 | 第174-175页 |
| 论文摘要 | 第175-178页 |
| Abstract | 第178-180页 |