| 摘要 | 第1-4页 |
| Abstract | 第4-7页 |
| 第一章 绪论 | 第7-9页 |
| ·研究的背景、目的及意义 | 第7页 |
| ·研究现状及内容 | 第7-8页 |
| ·本文研究的主要内容和论文结构 | 第8-9页 |
| 第二章 蛋白质相似性比较概述 | 第9-17页 |
| ·序列水平上的比较 | 第9-11页 |
| ·序列的两两比对 | 第9-11页 |
| ·序列的多重比对 | 第11页 |
| ·结构水平上的比较 | 第11-16页 |
| ·利用空间特征分布的比较 | 第12-13页 |
| ·利用几何特性的比较 | 第13-15页 |
| ·基于拓扑的比较 | 第15-16页 |
| ·本章小结 | 第16-17页 |
| 第三章 基于CGR 和结构字母表的蛋白质相似性比较 | 第17-31页 |
| ·结构字母表 | 第17-22页 |
| ·二级结构字母表 | 第17-19页 |
| ·(φ，ψ)角字母表 | 第19页 |
| ·超二级结构字母表 | 第19页 |
| ·骨架片段字母表 | 第19-22页 |
| ·基于CGR 的方法 | 第22-23页 |
| ·确定结构字母表 | 第22页 |
| ·CGR 游走 | 第22-23页 |
| ·试验与分析 | 第23-30页 |
| ·CGR 再现 | 第23-25页 |
| ·结构点的曲线拟合 | 第25-29页 |
| ·基于 Hausdorff 距离的比较 | 第29-30页 |
| ·实验结果比较和分析 | 第30-31页 |
| 第四章 多特征框架下的蛋白质相似性比较与分类 | 第31-43页 |
| ·模糊数学理论基础 | 第31-34页 |
| ·模糊相似矩阵的构造及聚类分析 | 第31-33页 |
| ·模糊等价关系 | 第33-34页 |
| ·传递闭包 | 第34页 |
| ·基于传递闭包的蛋白质相似性比较和分类 | 第34-37页 |
| ·模糊聚类分析 | 第34-35页 |
| ·模糊相似矩阵构造方法的选择 | 第35页 |
| ·方法具体过程 | 第35-37页 |
| ·实验与比较 | 第37-42页 |
| ·基于结构特征的比较 | 第37-40页 |
| ·基于图像特征的比较 | 第40-42页 |
| ·实验结果比较和分析 | 第42-43页 |
| 第五章 总结与展望 | 第43-45页 |
| ·总结研究内容 | 第43页 |
| ·尚待研究问题 | 第43-45页 |
| 致谢 | 第45-46页 |
| 参考文献 | 第46-50页 |
| 附录：作者在攻读硕士学位期间发表的论文 | 第50页 |