基于转录组数据筛选蝇类核DNA序列标记
| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 第1章 绪论 | 第12-23页 |
| 1.1 蝇类系统发育研究进展 | 第12-17页 |
| 1.1.1 基于形态学性状的蝇类系统发育研究 | 第13-14页 |
| 1.1.2 基于分子系统学初期的蝇类系统发育研究 | 第14-15页 |
| 1.1.3 基于多基因数据的蝇类系统发育研究 | 第15-16页 |
| 1.1.4 基于大数据集的蝇类系统发育研究 | 第16-17页 |
| 1.2 转录组学及转录组测序技术 | 第17-19页 |
| 1.2.1 转录组和转录组学 | 第17-18页 |
| 1.2.2 新一代转录组测序技术 | 第18-19页 |
| 1.3 基于转录组数据筛选蝇类分子标记 | 第19-22页 |
| 1.3.1 鉴定分类 | 第20页 |
| 1.3.2 系统发育 | 第20-21页 |
| 1.3.3 种群遗传 | 第21页 |
| 1.3.4 杀虫剂抗性 | 第21-22页 |
| 1.4 本论文研究的目的和意义 | 第22-23页 |
| 第2章 蛆症异蚤蝇转录组测序 | 第23-42页 |
| 2.1 实验材料与设备 | 第23-25页 |
| 2.1.1 实验材料 | 第23页 |
| 2.1.2 实验试剂 | 第23-24页 |
| 2.1.3 实验仪器 | 第24页 |
| 2.1.4 分析软件 | 第24-25页 |
| 2.2 实验方法 | 第25-30页 |
| 2.2.1 蛆症异蚤蝇RNA提取 | 第25-26页 |
| 2.2.2 mRNA纯化及cDNA文库的构建 | 第26-28页 |
| 2.2.3 文库质检 | 第28-29页 |
| 2.2.4 转录组测序及序列处理和质量控制 | 第29-30页 |
| 2.2.5 转录本拼接 | 第30页 |
| 2.3 结果与分析 | 第30-41页 |
| 2.3.1 蛆症异蚤蝇文库质检 | 第30-32页 |
| 2.3.2 转录组测序质量评估 | 第32-36页 |
| 2.3.3 拼接转录本长度分布 | 第36-38页 |
| 2.3.4 参考序列比对分析 | 第38-39页 |
| 2.3.5 测序饱和度分析 | 第39-40页 |
| 2.3.6 均一化分布 | 第40-41页 |
| 2.4 小结与讨论 | 第41-42页 |
| 第3章 单拷贝直系同源核DNA的筛选与分析 | 第42-87页 |
| 3.1 实验材料及分析软件 | 第42-43页 |
| 3.1.1 实验材料 | 第42页 |
| 3.1.2 分析软件 | 第42-43页 |
| 3.2 实验方法 | 第43-46页 |
| 3.2.1 近缘类群确定 | 第43页 |
| 3.2.2 近缘类群序列下载 | 第43-44页 |
| 3.2.3 筛选同源序列 | 第44-45页 |
| 3.2.4 数据分析 | 第45-46页 |
| 3.3 结果与分析 | 第46-85页 |
| 3.3.1 近缘类群筛选 | 第46-47页 |
| 3.3.2 同源基因Cluster | 第47-48页 |
| 3.3.3 位点分析 | 第48-50页 |
| 3.3.4 碱基组成分析 | 第50-52页 |
| 3.3.5 饱和性分析 | 第52-56页 |
| 3.3.6 NJ树构建 | 第56-64页 |
| 3.3.7 MP树构建 | 第64-74页 |
| 3.3.8 ML树构建 | 第74-85页 |
| 3.4 小结与讨论 | 第85-87页 |
| 第4章 引物的设计与验证 | 第87-113页 |
| 4.1 实验材料及设备 | 第87-90页 |
| 4.1.1 实验材料 | 第87页 |
| 4.1.2 实验试剂 | 第87-88页 |
| 4.1.3 实验仪器 | 第88-89页 |
| 4.1.4 分析软件 | 第89-90页 |
| 4.2 实验方法 | 第90-96页 |
| 4.2.1 引物设计 | 第90-91页 |
| 4.2.2 DNA提取 | 第91-92页 |
| 4.2.3 PCR扩增 | 第92-93页 |
| 4.2.4 PCR产物纯化回收 | 第93-94页 |
| 4.2.5 DNA分子克隆 | 第94-96页 |
| 4.3 结果与分析 | 第96-111页 |
| 4.3.1 引物设计与合成 | 第96-99页 |
| 4.3.2 DNA提取 | 第99-100页 |
| 4.3.3 引物验证 | 第100-111页 |
| 4.4 小结与结论 | 第111-113页 |
| 第5章 结论 | 第113-115页 |
| 5.1 蛆症异蚤蝇转录组测序 | 第113页 |
| 5.2 单拷贝直系同源核DNA的筛选与分析 | 第113-114页 |
| 5.3 引物的设计与验证 | 第114-115页 |
| 参考文献 | 第115-119页 |
| 附录 | 第119-121页 |
| 在学期间研究成果 | 第121-122页 |
| 致谢 | 第122-124页 |
