| 摘要 | 第4-6页 |
| ABSTRACT | 第6-8页 |
| 符号和缩略词说明 | 第15-16页 |
| 第一章 绪论 | 第16-30页 |
| 1.1 跨膜蛋白简介 | 第16-19页 |
| 1.1.1 跨膜蛋白的分类 | 第16-17页 |
| 1.1.2 跨膜蛋白的自组装过程 | 第17页 |
| 1.1.3 跨膜蛋白的相互作用机制 | 第17-19页 |
| 1.1.3.1 极性残基相互作用 | 第17-18页 |
| 1.1.3.2 GxxxG基序 | 第18页 |
| 1.1.3.3 亮氨酸拉链 | 第18-19页 |
| 1.1.4 跨膜蛋白的研究现状 | 第19页 |
| 1.2 KITL简介 | 第19-20页 |
| 1.3 神经氨酸苷酶(NA)简介 | 第20-22页 |
| 1.4 跨膜区序列预测 | 第22页 |
| 1.5 跨膜蛋白相互作用的TOXCAT检测方法 | 第22-23页 |
| 1.6 跨膜蛋白的分子动力学模拟 | 第23-27页 |
| 1.6.1 GROMACS模拟软件简介 | 第23-26页 |
| 1.6.1.1 周期性边界条件 | 第24页 |
| 1.6.1.2 组(group)的设定 | 第24页 |
| 1.6.1.3 GROMACS模拟跨膜蛋白的常规流程 | 第24-26页 |
| 1.6.2 粗粒化模拟 | 第26页 |
| 1.6.2.1 粒子类型 | 第26页 |
| 1.6.2.2 MARTINI粗粒化力场 | 第26页 |
| 1.6.3 全原子模拟 | 第26-27页 |
| 1.7 本论文的研究目的及意义 | 第27页 |
| 1.8 本论文的主要研究内容 | 第27-30页 |
| 第二章 KITL跨膜螺旋的二聚自组装机制研究 | 第30-50页 |
| 2.1 引言 | 第30页 |
| 2.2 实验方法 | 第30-34页 |
| 2.2.1 KITL跨膜区序列的选择 | 第30-31页 |
| 2.2.1.1 KITL跨膜序列长度鉴定 | 第30页 |
| 2.2.1.2 KITL跨膜序列保守性分析 | 第30-31页 |
| 2.2.2 KITL跨膜螺旋的分子动力学模拟研究 | 第31-34页 |
| 2.2.2.1 实验设备及系统软件 | 第31页 |
| 2.2.2.2 粗粒化模拟 | 第31-32页 |
| 2.2.2.3 粗粒化结构转化为全原子结构 | 第32-33页 |
| 2.2.2.4 全原子模拟 | 第33页 |
| 2.2.2.5 分子动力学模拟的数据处理 | 第33-34页 |
| 2.3 实验结果及讨论 | 第34-48页 |
| 2.3.1 KITL跨膜序列的确定 | 第34-36页 |
| 2.3.2 野生型KITL跨膜螺旋在DPPC双分子层中的二聚自组装粗粒化模拟研究 | 第36-39页 |
| 2.3.3 野生型KITL跨膜螺旋在DPPC双分子层中的二聚自组装全原子模拟研究 | 第39-40页 |
| 2.3.4 KITL跨膜螺旋突变体的二聚自组装粗粒化模拟研究 | 第40-42页 |
| 2.3.5 Tyr22对KITL跨膜螺旋二聚自组装体的影响探究 | 第42-45页 |
| 2.3.6 Pro7对KITL跨膜螺旋二聚自组装体的影响探究 | 第45-48页 |
| 2.4 本章小结 | 第48-50页 |
| 第三章 NA跨膜区的四聚自组装分子动力学模拟研究 | 第50-62页 |
| 3.1 引言 | 第50页 |
| 3.2 实验方法 | 第50-51页 |
| 3.2.1 粗粒化模拟 | 第50页 |
| 3.2.2 将NA四聚体的粗粒化结构转化为全原子模型 | 第50-51页 |
| 3.2.3 全原子模拟 | 第51页 |
| 3.3 实验结果及讨论 | 第51-60页 |
| 3.3.1 野生型aN5跨膜区的四聚化研究 | 第51-54页 |
| 3.3.2 野生型aN5跨膜区四螺旋束的结构细节研究 | 第54-56页 |
| 3.3.3 aN5跨膜区突变体对四聚体的影响 | 第56-60页 |
| 3.4 本章小结 | 第60-62页 |
| 第四章 总结与展望 | 第62-64页 |
| 参考文献 | 第64-70页 |
| 致谢 | 第70-72页 |
| 硕士研究生期间的研究成果及发表的学术论文 | 第72-74页 |
| 作者和导师简介 | 第74-76页 |
| 附件 | 第76-77页 |
