| 摘要 | 第4-5页 |
| abstract | 第5页 |
| 缩略词 | 第9-10页 |
| 第一章 绪论 | 第10-14页 |
| 1.1 生物信息学简介 | 第10页 |
| 1.2 转录组学研究 | 第10-11页 |
| 1.3 基因表达水平测量技术 | 第11页 |
| 1.4 基因表达数据分析 | 第11-12页 |
| 1.5 本文的主要研究工作 | 第12-13页 |
| 1.6 本文组织结构 | 第13-14页 |
| 第二章 背景介绍 | 第14-23页 |
| 2.1 生物背景知识 | 第14-16页 |
| 2.1.1 遗传信息的传递 | 第14-15页 |
| 2.1.2 选择性剪接 | 第15-16页 |
| 2.2 测序技术的发展 | 第16-17页 |
| 2.3 RNA-Seq技术 | 第17-22页 |
| 2.3.1 RNA-Seq测序实验过程 | 第18-19页 |
| 2.3.2 RNA-Seq数据处理分析 | 第19-21页 |
| 2.3.3 RNA-Seq数据读段非均匀分布现象 | 第21-22页 |
| 2.4 本章小结 | 第22-23页 |
| 第三章 基于RNA-Seq数据的多条件差异表达分析方法 | 第23-41页 |
| 3.1 研究背景 | 第23页 |
| 3.2 研究动机 | 第23-25页 |
| 3.3 相关工作 | 第25-27页 |
| 3.4 PUseqDE方法 | 第27-32页 |
| 3.4.1 模拟读段随机产生过程 | 第28-29页 |
| 3.4.2 LRT进行差异表达分析 | 第29-32页 |
| 3.5 数据集 | 第32-35页 |
| 3.5.1 模拟数据集 | 第32-35页 |
| 3.5.2 真实数据集 | 第35页 |
| 3.6 差异表达分析实验 | 第35-40页 |
| 3.6.1 模拟数据集实验结果与分析 | 第35-36页 |
| 3.6.2 真实数据集实验结果与分析 | 第36-40页 |
| 3.7 本章小结 | 第40-41页 |
| 第四章 基于RNA-Seq数据的聚类分析 | 第41-53页 |
| 4.1 研究背景 | 第41-42页 |
| 4.2 研究动机 | 第42-43页 |
| 4.3 相关工作 | 第43-44页 |
| 4.4 PUseqClust方法 | 第44-47页 |
| 4.4.1 基因表达水平及不确定性计算 | 第45-46页 |
| 4.4.2 差异表达基因检测 | 第46页 |
| 4.4.3 聚类分析 | 第46-47页 |
| 4.5 数据集 | 第47-49页 |
| 4.5.1 模拟数据集 | 第47-48页 |
| 4.5.2 真实数据集 | 第48-49页 |
| 4.6 聚类分析对比 | 第49-52页 |
| 4.6.1 模拟数据集实验结果与分析 | 第49-50页 |
| 4.6.2 真实数据集实验结果与分析 | 第50-52页 |
| 4.7 本章小结 | 第52-53页 |
| 第五章 总结和展望 | 第53-55页 |
| 5.1 工作总结 | 第53-54页 |
| 5.2 未来展望 | 第54-55页 |
| 参考文献 | 第55-60页 |
| 致谢 | 第60-61页 |
| 在学期间的研究成果及发表的学术论文 | 第61页 |