| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 第一章 前言 | 第13-28页 |
| 1 细菌密度感应及其淬灭 | 第13-19页 |
| 1.1 细菌密度感应概述 | 第13-14页 |
| 1.2 细菌密度感应淬灭研究现状 | 第14-18页 |
| 1.3 细菌密度感应淬灭的应用 | 第18-19页 |
| 2 新菌的分类鉴定 | 第19-24页 |
| 2.1 新菌分类鉴定的基本原则与流程 | 第19-20页 |
| 2.2 新菌分类鉴定的方法 | 第20-23页 |
| 2.3 新菌分类鉴定的发展方向 | 第23-24页 |
| 3 微生物基因组研究进展 | 第24-26页 |
| 3.1 微生物基因组研究概述 | 第24-25页 |
| 3.2 微生物基因组的生物信息学分析 | 第25-26页 |
| 4 本论文研究的目的和意义 | 第26-28页 |
| 第二章 密度感应淬灭新种牙鲆肠黄枝菌(Flaviramulus ichthyoenteri sp. nov.) 的分类鉴定 | 第28-47页 |
| 1 实验材料与仪器 | 第29-31页 |
| 1.1 菌株 | 第29页 |
| 1.2 试剂及培养基 | 第29-30页 |
| 1.3 主要仪器 | 第30-31页 |
| 2 实验方法 | 第31-35页 |
| 2.1 菌株的分离、纯化及保藏 | 第31页 |
| 2.2 遗传学特征的分类鉴定 | 第31-32页 |
| 2.3 表型特征的分类鉴定 | 第32-35页 |
| 2.4 密度感应淬灭活性的检测 | 第35页 |
| 3 实验结果及分析 | 第35-43页 |
| 3.1 遗传学特征的分类鉴定结果 | 第35-39页 |
| 3.2 表型特征的分类鉴定结果 | 第39-43页 |
| 3.3 密度感应淬灭活性的检测结果 | 第43页 |
| 4 讨论 | 第43-46页 |
| 5 小结 | 第46-47页 |
| 第三章 密度感应淬灭新属新种鱼深海短杆菌(Thalassotalea piscium gen. nov., sp. nov.)的分类鉴定 | 第47-61页 |
| 1 实验材料与仪器 | 第48页 |
| 1.1 菌株 | 第48页 |
| 1.2 试剂及培养基 | 第48页 |
| 1.3 主要仪器 | 第48页 |
| 2 实验方法 | 第48-49页 |
| 2.1 菌株的分离、纯化与保藏 | 第48页 |
| 2.2 遗传学特征的分类鉴定 | 第48-49页 |
| 2.3 表型特征的分类鉴定 | 第49页 |
| 2.4 密度感应淬灭活性的检测 | 第49页 |
| 3 实验结果及分析 | 第49-57页 |
| 3.1 遗传学特征的分类鉴定结果 | 第49-53页 |
| 3.2 表型特征的分类鉴定结果 | 第53-57页 |
| 3.3 密度感应淬灭活性的检测结果 | 第57页 |
| 4 讨论 | 第57-60页 |
| 5 小结 | 第60-61页 |
| 第四章 密度感应淬灭菌株牙鲆肠黄枝菌 Th78T的全基因组测序及分析 | 第61-73页 |
| 1 实验材料与仪器 | 第62页 |
| 1.1 菌株 | 第62页 |
| 1.2 试剂与培养基 | 第62页 |
| 1.3 主要仪器 | 第62页 |
| 2 实验方法 | 第62-63页 |
| 2.1 基因组 DNA 的提取及检测 | 第62页 |
| 2.2 菌株全基因组测序及组装 | 第62页 |
| 2.3 基因组组分分析及基因功能预测 | 第62页 |
| 2.4 基因组序列分析 | 第62-63页 |
| 3 实验结果与分析 | 第63-71页 |
| 3.1 菌株 Th78T基因组 DNA 的提取与检测 | 第63页 |
| 3.2 菌株 Th78T基因组一般特征 | 第63-64页 |
| 3.3 菌株 Th78T基本代谢途径分析 | 第64-66页 |
| 3.4 菌株 Th78T中密度感应淬灭酶的预测 | 第66-67页 |
| 3.5 菌株 Th78T在肠道环境中潜在的作用 | 第67-69页 |
| 3.6 菌株 Th78T的比较基因组学分析 | 第69-71页 |
| 4 讨论 | 第71-72页 |
| 5 小结 | 第72-73页 |
| 第五章 牙鲆肠黄枝菌 Th78T中密度感应淬灭酶的克隆表达 | 第73-84页 |
| 1 实验材料与仪器 | 第73-74页 |
| 1.1 菌株及质粒 | 第73-74页 |
| 1.2 试剂与培养基 | 第74页 |
| 1.3 主要仪器 | 第74页 |
| 2 实验方法 | 第74-76页 |
| 2.1 基因 GL001211 的结构分析 | 第74-75页 |
| 2.2 基因 GL001211 的克隆 | 第75页 |
| 2.3 基因 GL001211 的重组表达 | 第75-76页 |
| 3 实验结果与分析 | 第76-81页 |
| 3.1 基因 GL001211 的结构分析 | 第76-77页 |
| 3.2 基因 GL001211 的克隆 | 第77-78页 |
| 3.3 基因 GL001211 的重组表达 | 第78页 |
| 3.4 表达蛋白的 SDS-PAGE 检测 | 第78-79页 |
| 3.5 表达蛋白的密度感应淬灭活性检测 | 第79-81页 |
| 4 讨论 | 第81-83页 |
| 5 小结 | 第83-84页 |
| 全文总结 | 第84-86页 |
| 参考文献 | 第86-96页 |
| 附录 溶液配方 | 第96-98页 |
| 致谢 | 第98-99页 |
| 个人简历 | 第99页 |
| 已发表的学术成果 | 第99-100页 |
