| 摘要 | 第6-8页 |
| Abstracts | 第8-10页 |
| 第一部分 绪论 | 第18-41页 |
| 第1章 红腹锦鸡的研究背景概述 | 第18-22页 |
| 1.1 红腹锦鸡的生物学特征 | 第18-19页 |
| 1.2 红腹锦鸡的主要研究领域 | 第19-22页 |
| 第2章 MHC简介 | 第22-40页 |
| 2.1 MHC基因的分类、结构和功能 | 第22-24页 |
| 2.1.1 MHCⅠ类基因的表达分布、结构和功能 | 第22-23页 |
| 2.1.2 MHCⅡ类基因的表达分布、结构和功能 | 第23-24页 |
| 2.2 鸟类MHC基因组结构的进化 | 第24-29页 |
| 2.2.1 代表性鸟类MHC基因组结构布局简介 | 第25-28页 |
| 2.2.2 鸟类MHC多基因家族的进化机制 | 第28-29页 |
| 2.3 MHC多态性的维持机制探讨 | 第29-31页 |
| 2.4 基于MHC平衡选择作用的检测 | 第31-35页 |
| 2.4.1 物种进化史中的平衡选择作用的检测 | 第31-33页 |
| 2.4.2 现代种群内(间)选择作用的检测 | 第33-35页 |
| 2.5 鸟类MHC多样性研究进展 | 第35-38页 |
| 2.5.1 MHC序列正选择作用的研究 | 第35-36页 |
| 2.5.2 平衡选择作用下种群结构及种群历史的研究 | 第36-37页 |
| 2.5.3 基于MHC的性选择—配偶选择及亲缘识别 | 第37-38页 |
| 2.6 MHC研究中存在的问题 | 第38-40页 |
| 第3章 本研究的立项依据、研究目的及内容 | 第40-41页 |
| 第二部分 研究内容 | 第41-108页 |
| 第4章 红腹锦鸡新的Ⅰ类MHC基因座位的分离 | 第41-62页 |
| 4.1 实验材料 | 第41-42页 |
| 4.1.1 样品 | 第41页 |
| 4.1.2 试剂 | 第41-42页 |
| 4.1.3 仪器和设备 | 第42页 |
| 4.2 实验方法 | 第42-53页 |
| 4.2.1 血液基因组DNA(gDNA)的提取 | 第42-43页 |
| 4.2.2 红腹锦鸡MHCⅠ类基因全长gDNA序列的获取 | 第43-46页 |
| 4.2.2.1 红腹锦鸡MHCⅠ类基因全序列的扩增及克隆 | 第43-46页 |
| 4.2.3 红腹锦鸡MHCⅠ类基因DNA序列SSCP-HD带型的复原 | 第46-47页 |
| 4.2.4 红腹锦鸡MHCⅠ类基因数目的确认 | 第47-50页 |
| 4.2.4.1 跨基因扩增确定IA1和IA2两个已知座位的序列 | 第47-49页 |
| 4.2.4.2 确定其余序列的基因座位归属 | 第49-50页 |
| 4.2.5 组织总RNA(Total RNA)的提取 | 第50-51页 |
| 4.2.6 第一链cDNA(1st complementary DNA)的合成 | 第51-52页 |
| 4.2.7 红腹锦鸡MHCⅠ类基因的表达检测及全长cDNA序列的获取 | 第52-53页 |
| 4.2.7.1 红腹锦鸡MHCⅠ类基因的表达检测 | 第52-53页 |
| 4.2.7.2 红腹锦鸡MHCⅠ类基因全长cDNA序列的获取 | 第53页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第53-61页 |
| 4.3.1 红腹锦鸡MHCⅠ类基因全长gDNA序列的分析及IA基因数目的确定 | 第53-56页 |
| 4.3.2 红腹锦鸡MHC Ⅰ类基因的表达检测及全长cDNA的序列分析 | 第56-61页 |
| 4.3.2.1 IA位点表达验证 | 第56-58页 |
| 4.3.2.2 IA1和IA全长cDNA的获取 | 第58-61页 |
| 4.4 小结 | 第61-62页 |
| 第5章 红腹锦鸡MHCⅠ类基因exon 2和exon 3的群体调查 | 第62-108页 |
| 5.1 实验材料 | 第62-66页 |
| 5.1.1 样品采集 | 第62-65页 |
| 5.1.2 试剂 | 第65页 |
| 5.1.3 仪器和设备 | 第65-66页 |
| 5.2 实验方法 | 第66-77页 |
| 5.2.1 基因组DNA的提取与检测 | 第66页 |
| 5.2.1.1 血棉基因组DNA的提取与检测 | 第66页 |
| 5.2.1.2 其他组织(肌肉、脏器和爪等)基因组的提取与检测 | 第66页 |
| 5.2.2 红腹锦鸡经典MHCⅠ类基因座位特异性引物的设计 | 第66-70页 |
| 5.2.3 红腹锦鸡经典MHCⅠ类基因座位特异性引物扩增 | 第70-73页 |
| 5.2.3.1 Chpi-IA1-E2 | 第70页 |
| 5.2.3.2 Chpi-IA1-E3 | 第70-71页 |
| 5.2.3.3 Chpi-IA2-E2 | 第71-72页 |
| 5.2.3.4 Chpi-IA2-E3 | 第72-73页 |
| 5.2.4 红腹锦鸡经典MHCⅠ类基因外显子2和外显子3的SSCP分型 | 第73-75页 |
| 5.2.5 数据处理 | 第75-77页 |
| 5.2.5.1 等位基因序列比对与变异分析 | 第75页 |
| 5.2.5.2 座位选择作用分析 | 第75-76页 |
| 5.2.5.3 系统树的建立及重组分析 | 第76-77页 |
| 5.2.5.4 种群数据分析 | 第77页 |
| 5.3 结果分析 | 第77-101页 |
| 5.3.1 红腹锦鸡基因组DNA的提取 | 第77-78页 |
| 5.3.2 红腹锦鸡IA外显子2和3位点最佳特异性引物的筛选结果 | 第78-88页 |
| 5.3.2.1 引物的确定 | 第78-81页 |
| 5.3.2.2 群体PCR-SSCP分型 | 第81-88页 |
| 5.3.3 红腹锦鸡经典MHCⅠ类基因的序列变异 | 第88-90页 |
| 5.3.4 红腹锦鸡经典MHCⅠ类基因的选择作用 | 第90-92页 |
| 5.3.5 红腹锦鸡MHCⅠ类座位exon 2和exon 3等位基因序列的进化及重组分析 | 第92-95页 |
| 5.3.6 红腹锦鸡MHCⅠ类基因的种群多样性及种群结构分析 | 第95-101页 |
| 5.3.6.1 红腹锦鸡MHCⅠ类基因的种群等位基因频率及杂合度 | 第95-99页 |
| 5.3.6.2 红腹锦鸡MHCⅠ类基因的种群结构及种群分化 | 第99-101页 |
| 5.4 讨论 | 第101-106页 |
| 5.4.1 红腹锦鸡MHCⅠ类基因的遗传变异水平 | 第101-102页 |
| 5.4.2 红腹锦鸡MHCⅠ类基因的平衡选择 | 第102-104页 |
| 5.4.3 红腹锦鸡IA1和IA2基因间的重组 | 第104-105页 |
| 5.4.4 红腹锦鸡MHC的遗传分化及种群结构 | 第105-106页 |
| 5.5 本章小结 | 第106-108页 |
| 第三部分 结论 | 第108-110页 |
| 第6章 本研究的主要结论和创新点 | 第108-110页 |
| 6.1 主要结论 | 第108-109页 |
| 6.2 创新点 | 第109-110页 |
| 参考文献 | 第110-124页 |
| 致谢 | 第124-125页 |
