| 摘要 | 第8-10页 |
| Abstract | 第10-11页 |
| 縮略词表 | 第12-14页 |
| 第1章 基因进化驱动力 | 第14-20页 |
| 1.1 中性、近中性理论 | 第14-16页 |
| 1.2 正选择驱动的基因 | 第16-17页 |
| 1.3 家畜性状适应性 | 第17-19页 |
| 1.4 研究假设、目的及意义 | 第19-20页 |
| 第2章 生殖轴基因进化驱动力研究 | 第20-36页 |
| 2.1 材料与方法 | 第22-25页 |
| 2.1.1 生殖轴基因的获取 | 第22-23页 |
| 2.1.2 基因序列的获取与比对 | 第23页 |
| 2.1.3 选择检验方法 | 第23-24页 |
| 2.1.4 正选择基因的功能 | 第24-25页 |
| 2.2 结果 | 第25-32页 |
| 2.2.1 生殖轴基因数目统计 | 第25页 |
| 2.2.2 生殖轴的正选择基因 | 第25页 |
| 2.2.3 生殖轴正选择基因的功能 | 第25-32页 |
| 2.3 讨论 | 第32-35页 |
| 2.3.1 性别选择对正选择基因的驱动 | 第32页 |
| 2.3.2 精子竞争对正选择基因的驱动 | 第32-33页 |
| 2.3.3 性别矛盾对正选择基因的驱动 | 第33-34页 |
| 2.3.4 其他驱动力因素 | 第34-35页 |
| 2.4 小结 | 第35-36页 |
| 第3章 生长轴基因进化驱动力研究 | 第36-54页 |
| 3.1 材料与方法 | 第39-42页 |
| 3.1.1 生长轴基因来源 | 第39-40页 |
| 3.1.2 基因序列的获取与比对 | 第40页 |
| 3.1.3 基因正选择检验方法 | 第40-41页 |
| 3.1.4 构建生长轴基因网络 | 第41-42页 |
| 3.2 结果 | 第42-51页 |
| 3.2.1 生长轴基因数目统计 | 第42-43页 |
| 3.2.2 位点模型正选择检验结果 | 第43-44页 |
| 3.2.3 枝-位点模型正选择检测结果 | 第44-46页 |
| 3.2.4 生长轴正选择基因的功能 | 第46-48页 |
| 3.2.5 生长轴基因间互作及对进化压力的约束 | 第48-51页 |
| 3.3 讨论 | 第51-53页 |
| 3.3.1 正选择检验方法的争论 | 第52页 |
| 3.3.2 基因功能注释方法的差异 | 第52-53页 |
| 3.4 小结 | 第53-54页 |
| 第4章 透明带蛋白(ZP)基因进化驱动力与功能 | 第54-75页 |
| 4.1 前言 | 第54-55页 |
| 4.2 材料与方法 | 第55-59页 |
| 4.2.1 研究材料 | 第55页 |
| 4.2.2 基因序列管理和系统发生关系构建 | 第55页 |
| 4.2.3 基因测序和分型 | 第55-57页 |
| 4.2.4 构建连锁图谱 | 第57页 |
| 4.2.5 基因效应分析 | 第57页 |
| 4.2.6 正选择检验方法 | 第57-59页 |
| 4.3 结果 | 第59-72页 |
| 4.3.1 哺乳动物ZP基因家族系统发生关系 | 第59-60页 |
| 4.3.2 ZP2、ZP3和ZP4物种间的正选择 | 第60-61页 |
| 4.3.3 等位基因频率和连锁图谱 | 第61-64页 |
| 4.3.4 种群内ZP2的中性进化 | 第64-66页 |
| 4.3.5 种群内ZP4经历正选择 | 第66-68页 |
| 4.3.6 ZP2和ZP4突变对猪产仔数的影响 | 第68-70页 |
| 4.3.7 ZP基因结构、进化与突变的关系 | 第70-72页 |
| 4.4 讨论 | 第72-74页 |
| 4.4.1 ZP基因系统发生关系的可靠性 | 第72页 |
| 4.4.2 ZP基因正选择对生殖的意义 | 第72-73页 |
| 4.4.3 连锁造成的正选择位点与具有显著产仔数效应的突变位点不重合 | 第73-74页 |
| 4.5 小结 | 第74-75页 |
| 第5章 乳铁蛋白基因(LF)进化驱动力与功能 | 第75-82页 |
| 5.1 前言 | 第75-76页 |
| 5.2 材料与方法 | 第76-77页 |
| 5.2.1 序列获取与比对 | 第76-77页 |
| 5.2.2 进化驱动力分析 | 第77页 |
| 5.2.3 乳铁蛋白结构分析 | 第77页 |
| 5.3 结果 | 第77-80页 |
| 5.3.1 乳铁蛋白受到正选择 | 第77-79页 |
| 5.3.2 受正选择的蛋白位点的功能 | 第79-80页 |
| 5.4 讨论 | 第80-81页 |
| 5.5 小结 | 第81-82页 |
| 结论 | 第82-83页 |
| 附录1 ZP基因家族系统发生关系 | 第83-84页 |
| 附录2 生长轴基因的获取 | 第84-85页 |
| 附录3 序列获取与比对 | 第85-90页 |
| 参考文献 | 第90-112页 |
| 在读期间完成和发表的论文 | 第112-113页 |
| 索引 | 第113-114页 |
| 致谢 | 第114页 |