| 内容提要 | 第5-6页 |
| 中文摘要 | 第6-9页 |
| Abstract | 第9-11页 |
| 目录 | 第12-15页 |
| 英文缩写词表 | 第15-16页 |
| 前言 | 第16-18页 |
| 第一篇 文献综述 | 第18-52页 |
| 第1章 表观遗传修饰 | 第18-28页 |
| 1.1 发育中的表观遗传修饰 | 第18-20页 |
| 1.1.1 DNA 甲基化 | 第18-19页 |
| 1.1.2 组蛋白修饰 | 第19-20页 |
| 1.2 胚胎干细胞中的表观遗传修饰 | 第20-22页 |
| 1.3 ES 细胞中表观遗传景观 | 第22-25页 |
| 1.4 分化过程中表观遗传的动态变化 | 第25-28页 |
| 第2章 细胞重编程与 iPS | 第28-42页 |
| 2.1 细胞重编程历史 | 第28-31页 |
| 2.1.1 核移植与动物克隆 | 第28页 |
| 2.1.2 多能干细胞系与融合杂交 | 第28-29页 |
| 2.1.3 转录因子与谱系转换 | 第29-30页 |
| 2.1.4 iPS 细胞 | 第30-31页 |
| 2.2 产生 iPS 细胞的技术 | 第31-32页 |
| 2.3 iPS 形成的可能机制 | 第32-39页 |
| 2.3.1 精英模型与随机模型 | 第32-33页 |
| 2.3.2 重编程的屏障 | 第33-35页 |
| 2.3.3 重编程因子在表观遗传重塑中的作用 | 第35-37页 |
| 2.3.4 拮抗与协同因子 | 第37-39页 |
| 2.4 iPS 细胞应用 | 第39-42页 |
| 2.4.1 iPS 细胞与细胞疗法 | 第39-40页 |
| 2.4.2 使用 iPS 细胞的药物开发 | 第40-42页 |
| 第3章 5-羟甲基胞嘧啶与 TET 家族 | 第42-52页 |
| 3.1 5-羟甲基化的发现和历史 | 第42-43页 |
| 3.2 TET 家族蛋白的发现及其结构 | 第43-44页 |
| 3.3 5hmC 检测技术和发展 | 第44-46页 |
| 3.4 TET 蛋白作用机制 | 第46-48页 |
| 3.5 TET 蛋白和 5hmC 在小鼠发育中的作用 | 第48-52页 |
| 3.5.1 TET 蛋白在原始生殖细胞和配子中的作用 | 第48-49页 |
| 3.5.2 TET 蛋白在合子中的作用 | 第49页 |
| 3.5.3 TET 蛋白在植入前、植入后胚胎和 ES 中的作用 | 第49-50页 |
| 3.5.4 TET 蛋白在出生后发育中的作用 | 第50-51页 |
| 3.5.5 TET 家族蛋白和 5hmC 在人类癌症中的作用 | 第51-52页 |
| 第二篇 实验研究 | 第52-100页 |
| 第1章 猪 iPS 诱导与鉴定 | 第52-70页 |
| 1.1 材料试剂 | 第53-55页 |
| 1.1.1 实验动物 | 第53页 |
| 1.1.2 主要仪器 | 第53页 |
| 1.1.3 主要耗材 | 第53-54页 |
| 1.1.4 主要试剂及配制方法 | 第54-55页 |
| 1.2 实验方法 | 第55-60页 |
| 1.2.1 小鼠原代胎儿成纤维细胞（MEF）分离培养 | 第55-56页 |
| 1.2.2 小鼠饲养层细胞（Feeder）制备 | 第56页 |
| 1.2.3 约克夏猪原代胎儿成纤维细胞（PEF）分离培养 | 第56-57页 |
| 1.2.4 逆转录病毒包装 | 第57页 |
| 1.2.5 诱导 PEF 重编程为 iPS | 第57-58页 |
| 1.2.6 免疫荧光染色 | 第58页 |
| 1.2.7 拟胚体形成实验 | 第58页 |
| 1.2.8 畸胎瘤形成实验 | 第58-59页 |
| 1.2.9 HE 染色 | 第59-60页 |
| 1.2.10 嵌合体制备 | 第60页 |
| 1.3 结果 | 第60-68页 |
| 1.3.1 PEF 重编程为 iPS | 第60-61页 |
| 1.3.2 猪 iPS 多能性标记表达及体外分化能力鉴定 | 第61-63页 |
| 1.3.3 畸胎瘤形成实验 | 第63-65页 |
| 1.3.4 嵌合体猪制备 | 第65-68页 |
| 1.4 讨论 | 第68-69页 |
| 1.5 小结 | 第69-70页 |
| 第2章 Tet1 下调对猪 iPS 基因表达的影响 | 第70-86页 |
| 2.1 材料试剂 | 第70-72页 |
| 2.1.1 实验动物 | 第70页 |
| 2.1.2 主要仪器 | 第70-71页 |
| 2.1.3 主要耗材 | 第71页 |
| 2.1.4 主要试剂及配制方法 | 第71-72页 |
| 2.2 实验方法 | 第72-76页 |
| 2.2.1 siRNA 转染猪 iPS 细胞系 | 第72-73页 |
| 2.2.2 流式细胞仪筛选阳性细胞 | 第73页 |
| 2.2.3 RNA 提取与 cDNA 合成 | 第73-74页 |
| 2.2.4 常规 PCR 与荧光定量 PCR | 第74页 |
| 2.2.5 Western Blot | 第74-76页 |
| 2.3 结果 | 第76-82页 |
| 2.3.1 Tet1 在猪 iPS 中的表达 | 第76-78页 |
| 2.3.2 siRNA 转染 iPS | 第78-79页 |
| 2.3.3 siRNA 转染猪 iPS 后发生的形态学变化 | 第79-80页 |
| 2.3.4 siRNA 转染 iPS 后对谱系分化相关基因表达的影响 | 第80-81页 |
| 2.3.5 siRNA 转染 iPS 后对多能性相关基因表达的影响 | 第81-82页 |
| 2.4 讨论 | 第82-84页 |
| 2.5 小结 | 第84-86页 |
| 第3章 Tet1 下调对 iPS 的 DNA 甲基化状态的影响 | 第86-100页 |
| 3.1 材料试剂 | 第86-87页 |
| 3.1.1 实验动物 | 第86页 |
| 3.1.2 主要仪器 | 第86-87页 |
| 3.1.3 主要耗材 | 第87页 |
| 3.1.4 主要试剂及配制方法 | 第87页 |
| 3.2 实验方法 | 第87-90页 |
| 3.2.1 基因启动子区域 CpG 岛分析以及亚硫酸氢盐测序引物设计 | 第87-88页 |
| 3.2.2 甲基化分析：亚硫酸氢盐转化后 DNA 测序（BSP） | 第88页 |
| 3.2.3 羟甲基化分析：糖基化酶切 PCR | 第88-89页 |
| 3.2.4 Dot Blot | 第89-90页 |
| 3.3 结果 | 第90-96页 |
| 3.3.1 多能性相关基因启动子区域 5hmC 检测 | 第90-91页 |
| 3.3.2 Tet1 下调后，多能性相关基因启动子区域甲基化状态 | 第91-95页 |
| 3.3.3 Tet1 敲低后，基因组水平上的 5mC 与 5hmC 状态 | 第95-96页 |
| 3.4 讨论 | 第96-98页 |
| 3.5 小结 | 第98-100页 |
| 结论 | 第100-102页 |
| 参考文献 | 第102-130页 |
| 导师简介 | 第130-132页 |
| 攻读博士期间发表论文情况 | 第132-134页 |
| 附录 | 第134-136页 |
| 致谢 | 第136页 |
