| 中文摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 前言 | 第11-13页 |
| 第一章 文献综述 | 第13-20页 |
| 1.1 种带真菌的多样性 | 第13页 |
| 1.2 种带真菌对牧草和草坪草种子的影响 | 第13-14页 |
| 1.3 种带真菌传统检测鉴定方法 | 第14-15页 |
| 1.4 高通量测序技术简介 | 第15-16页 |
| 1.5 高通量测序技术研究现状 | 第16-18页 |
| 1.5.1 高通量测序在动植物领域的应用 | 第16-17页 |
| 1.5.2 高通量测序在微生物学中的应用 | 第17页 |
| 1.5.3 高通量测序在检验检疫中的应用 | 第17-18页 |
| 1.6 DNA条形码技术简介 | 第18页 |
| 1.7 DNA条形码在真菌学分类中的应用 | 第18-20页 |
| 第二章 多年生黑麦草和白三叶种带真菌鉴定 | 第20-34页 |
| 2.1 材料与方法 | 第20-22页 |
| 2.1.1 供试草种 | 第20页 |
| 2.1.2 主要试剂和仪器 | 第20-21页 |
| 2.1.3 草种携带真菌的分离培养 | 第21页 |
| 2.1.4 真菌DNA的提取 | 第21页 |
| 2.1.5 ITS扩增和测序 | 第21-22页 |
| 2.1.6 ITS序列分析与系统发育树构建 | 第22页 |
| 2.2 结果与分析 | 第22-32页 |
| 2.2.1 草种携带真菌种类及分离率 | 第22-23页 |
| 2.2.2 种带真菌形态学观察结果 | 第23-27页 |
| 2.2.3 构建系统发育树 | 第27-32页 |
| 2.3 讨论 | 第32-34页 |
| 第三章 草种基因组DNA三种提取方法的比较 | 第34-40页 |
| 3.1 材料与方法 | 第34-36页 |
| 3.1.1 供试草种 | 第34-35页 |
| 3.1.2 主要试剂和仪器 | 第35页 |
| 3.1.3 尿素提取法 | 第35-36页 |
| 3.1.4 CTAB提取法 | 第36页 |
| 3.1.5 试剂盒提取法 | 第36页 |
| 3.1.6 DNA电泳分析及含量测定 | 第36页 |
| 3.2 结果与分析 | 第36-38页 |
| 3.2.1 三种方法基因组DNA纯度和浓度比较 | 第36-37页 |
| 3.2.2 琼脂糖凝胶电泳检测 | 第37-38页 |
| 3.2.3 三种方法提取步骤比较 | 第38页 |
| 3.2.4 ITS基因扩增效果 | 第38页 |
| 3.3 讨论 | 第38-40页 |
| 第四章 基于高通量测序技术分析多年生黑麦草和白三叶种带真菌多样性 | 第40-53页 |
| 4.1 材料与方法 | 第40-43页 |
| 4.1.1 供试草种 | 第40-41页 |
| 4.1.2 主要试剂和仪器 | 第41页 |
| 4.1.3 基因组DNA提取 | 第41页 |
| 4.1.4 ITS基因扩增和Illumina MiSeq测序 | 第41页 |
| 4.1.5 分析流程 | 第41-42页 |
| 4.1.6 序列优化和OTU聚类 | 第42页 |
| 4.1.7 样品多样性分析 | 第42-43页 |
| 4.2 结果与分析 | 第43-51页 |
| 4.2.1 序列统计 | 第43-44页 |
| 4.2.2 OTU聚类分析 | 第44-45页 |
| 4.2.3 样品Alpha多样性分析 | 第45-46页 |
| 4.2.4 基于门分类等级的真菌群落结构分析 | 第46-47页 |
| 4.2.5 基于科分类等级的真菌群落结构分析 | 第47-48页 |
| 4.2.6 基于属分类等级的真菌群落结构分析 | 第48-49页 |
| 4.2.7 Beta多样性分析 | 第49-51页 |
| 4.3 讨论 | 第51-53页 |
| 第五章 基于DNA条形码技术对镰刀菌属的检测鉴定 | 第53-61页 |
| 5.1 材料与方法 | 第53-56页 |
| 5.1.1 供试菌株 | 第53-54页 |
| 5.1.2 主要试剂和仪器 | 第54页 |
| 5.1.3 DNA提取及PCR扩增 | 第54-55页 |
| 5.1.4 候选基因序列的PCR扩增与测序成功率 | 第55页 |
| 5.1.5 系统发育树构建及遗传距离分析 | 第55页 |
| 5.1.6 EF-1α 基因对镰刀菌属的检测鉴定验证 | 第55-56页 |
| 5.2 结果与分析 | 第56-59页 |
| 5.2.1 候选基因序列获得的难易程度 | 第56页 |
| 5.2.2 基于EF-1α 基因系统发育树构建 | 第56-58页 |
| 5.2.3 种内与种间距离频率分布 | 第58-59页 |
| 5.2.4 EF-1α 基因对镰刀菌属的检测鉴定能力 | 第59页 |
| 5.3 讨论 | 第59-61页 |
| 第六章 结论与展望 | 第61-63页 |
| 6.1 主要结论 | 第61页 |
| 6.2 研究展望 | 第61-63页 |
| 参考文献 | 第63-72页 |
| 在学期间的研究成果 | 第72-73页 |
| 在学期间参与的科研项目 | 第73-74页 |
| 致谢 | 第74-75页 |
| 附录 | 第75-79页 |
