| 致谢 | 第1-6页 |
| 摘要 | 第6-8页 |
| Abstract | 第8-14页 |
| 缩写、术语表 | 第14-15页 |
| 第1章 绪论 | 第15-32页 |
| ·引言 | 第15页 |
| ·药物及其靶点蛋白 | 第15-17页 |
| ·单药物调控多靶点 | 第16页 |
| ·多药物联合调控多靶点 | 第16-17页 |
| ·识别化合物作用靶点 | 第17-23页 |
| ·反向对接 | 第17-18页 |
| ·反向对接的应用 | 第18-21页 |
| ·针对反向对接的打分函数优化 | 第21-23页 |
| ·基于Glide的分子对接 | 第23-28页 |
| ·Glide的对接流程 | 第24-27页 |
| ·Glide打分函数 | 第27-28页 |
| ·课题目的 | 第28-29页 |
| ·研究策略 | 第29-30页 |
| ·论文内容及结构安排 | 第30-32页 |
| ·论文内容 | 第30页 |
| ·论文结构 | 第30-32页 |
| 第2章 反向对接的流程 | 第32-40页 |
| ·引言 | 第32页 |
| ·标准数据集选择 | 第32-37页 |
| ·现有标准数据集 | 第32-33页 |
| ·Astex Diverse数据集 | 第33-37页 |
| ·分子结构的预处理 | 第37页 |
| ·识别活性结合位点 | 第37-39页 |
| ·基于Glide的分子对接 | 第39页 |
| ·本章小结 | 第39-40页 |
| 第3章 Glide打分函数中“蛋白间”的噪音及修正 | 第40-76页 |
| ·引言 | 第40页 |
| ·精简Astex Diverse数据集 | 第40-45页 |
| ·构建精简数据集的意义 | 第40页 |
| ·Glide打分函数重复结合构象的准确率 | 第40-44页 |
| ·精简Astex Diverse数据集的特性 | 第44-45页 |
| ·反向对接准确率 | 第45-50页 |
| ·反向对接准确率的定义 | 第45页 |
| ·非共结晶小分子和蛋白结合的可能性 | 第45-47页 |
| ·Glide打分函数的反向对接准确率 | 第47-50页 |
| ·GlideScore中“蛋白间”的噪音 | 第50-54页 |
| ·基于靶点预测结果的蛋白分类 | 第50-52页 |
| ·GlideScore中的“蛋白间”的噪音 | 第52-54页 |
| ·成功的靶点蛋白预测的模式 | 第54-55页 |
| ·配体-受体结构特性 | 第54页 |
| ·成功/失败反向对接例子的分类 | 第54-55页 |
| ·“Balance”与靶点预测 | 第55页 |
| ·Balance-Corrected GlideScore | 第55-58页 |
| ·修正项函数的形式 | 第55-57页 |
| ·修正项参数的估计 | 第57-58页 |
| ·BCGlideScore预测靶点 | 第58-64页 |
| ·精简Astex Diverse数据集评估BCGlideScore | 第58-61页 |
| ·独立测试数据集评估BCGlideScore | 第61-64页 |
| ·BCGlideScore的特性 | 第64-67页 |
| ·修正项减少“蛋白间”噪音 | 第64页 |
| ·修正项减少“Balance”与BCGlideScore间的相关性 | 第64-65页 |
| ·修正项潜在理化意义 | 第65-67页 |
| ·靶点预测与亲和力和对接分数的关系 | 第67-71页 |
| ·讨论“蛋白间”噪音与GlideScore中其他噪音的区别 | 第71-73页 |
| ·打分函数的三个目标 | 第71-72页 |
| ·准确预测结合构象的模式 | 第72页 |
| ·成功正向对接的模式 | 第72-73页 |
| ·开发专门功能的打分函数 | 第73页 |
| ·本章小结 | 第73-76页 |
| 第4章 “额外精度”模式中的Glide打分函数 | 第76-83页 |
| ·引言 | 第76页 |
| ·“额外精度”模式的特性 | 第76页 |
| ·XP精简Astex Diverse数据集 | 第76-77页 |
| ·XP Glide打分函数反向对接的准确率 | 第77页 |
| ·XPEmodelScore中的“蛋白间”噪音 | 第77-79页 |
| ·修正XPEmodelScore中的"蛋白间"噪音 | 第79-80页 |
| ·XPGlideScore靶点预测准确性低的原因 | 第80-81页 |
| ·本章小结 | 第81-83页 |
| 第5章 局限性,结论和展望 | 第83-89页 |
| ·局限性 | 第83-86页 |
| ·反向对接的实际复杂性 | 第83页 |
| ·Astex Diverse数据集中蛋白结构质量 | 第83-86页 |
| ·结论与展望 | 第86-89页 |
| 参考文献 | 第89-95页 |
| 附录 | 第95-104页 |
| 作者简历 | 第104页 |
