| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-9页 |
| 第一章 绪论 | 第13-35页 |
| 1.1 引言 | 第13页 |
| 1.2 蛋白质界面吸附的应用背景 | 第13-15页 |
| 1.2.1 蛋白质的定向固定化 | 第14页 |
| 1.2.2 阻抗蛋白质吸附 | 第14-15页 |
| 1.3 影响蛋白质界面吸附的因素 | 第15-18页 |
| 1.3.1 蛋白质天然性质及浓度的影响 | 第15-16页 |
| 1.3.2 表面性质的影响 | 第16-17页 |
| 1.3.2.1 不同化学性质的表面 | 第16页 |
| 1.3.2.2 表面功能化设计 | 第16-17页 |
| 1.3.2.3 表面曲率和纳米级结构 | 第17页 |
| 1.3.3 溶液及外部环境的影响 | 第17-18页 |
| 1.3.3.1 离子强度 | 第18页 |
| 1.3.3.2 溶液pH值 | 第18页 |
| 1.4 多尺度的计算机模拟方法简介 | 第18-30页 |
| 1.4.1 粗粒化分子动力学（CGMD） | 第19-26页 |
| 1.4.1.1 蛋白质粗粒化模型的开发 | 第19页 |
| 1.4.1.2 MARTINI系列力场的发展 | 第19-20页 |
| 1.4.1.3 MARTINI力场的基本原理 | 第20-22页 |
| 1.4.1.4 BMW-MARTINI力场简介 | 第22-24页 |
| 1.4.1.5 MARTINI系列力场在蛋白质界面体系中的应用 | 第24-26页 |
| 1.4.2 耗散分子动力学（DPD） | 第26-28页 |
| 1.4.2.1 DPD方法的基本原理 | 第26-28页 |
| 1.4.2.2 DPD方法在蛋白质及纳米粒子体系中的应用 | 第28页 |
| 1.4.3 布朗分子动力学（BD） | 第28-30页 |
| 1.4.3.1 BD方法的基本原理 | 第28-29页 |
| 1.4.3.2 BD方法在蛋白质界面吸附中的应用 | 第29-30页 |
| 1.5 溶菌酶简介及其界面吸附的模拟进展 | 第30-32页 |
| 1.5.1 模型蛋白溶菌酶 | 第30页 |
| 1.5.2 溶菌酶界面吸附的模拟进展 | 第30-32页 |
| 1.6 选题意义及研究内容 | 第32-35页 |
| 第二章 介观粗粒化模拟溶菌酶在不同界面上的吸附现象 | 第35-53页 |
| 2.1 引言 | 第35-36页 |
| 2.2 模拟方法 | 第36-39页 |
| 2.2.1 结构模型 | 第36-38页 |
| 2.2.2 力场模型 | 第38页 |
| 2.2.3 模拟细节 | 第38-39页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第39-52页 |
| 2.3.1 溶菌酶在疏水表面和亲水表面的吸附行为 | 第40-43页 |
| 2.3.2 中性亲水表面和两性离子表面对溶菌酶的阻抗吸附行为 | 第43-45页 |
| 2.3.3 溶菌酶在正负电表面的吸附行为 | 第45-52页 |
| 2.3.3.1 溶液离子强度与离子界面分布的关系 | 第45-47页 |
| 2.3.3.2 溶菌酶与表面间的最小间距 | 第47-48页 |
| 2.3.3.3 溶菌酶在表面上的吸附位点 | 第48-51页 |
| 2.3.3.4 溶菌酶在表面上吸附的取向分布 | 第51-52页 |
| 2.4 本章小结 | 第52-53页 |
| 第三章 介观粗粒化模拟疏水性电荷诱导层析中的蛋白质分离纯化 | 第53-74页 |
| 3.1 引言 | 第53-54页 |
| 3.2 模拟方法 | 第54-58页 |
| 3.2.1 力场模型 | 第54-55页 |
| 3.2.2 蛋白质模型 | 第55页 |
| 3.2.3 HCIC吸附剂模型 | 第55-57页 |
| 3.2.4 模拟细节 | 第57-58页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第58-72页 |
| 3.3.1 蛋白质取向的影响 | 第58-64页 |
| 3.3.2 配基密度的影响 | 第64-68页 |
| 3.3.3 离子强度的影响 | 第68-72页 |
| 3.4 本章小结 | 第72-74页 |
| 第四章 二氧化硅纳米粒子大小和离子强度对溶菌酶吸附取向和构象影响的介观粗粒化模拟 | 第74-89页 |
| 4.1 引言 | 第74-75页 |
| 4.2 模拟方法 | 第75-78页 |
| 4.2.1 力场模型 | 第75-76页 |
| 4.2.2 二氧化硅纳米粒子（SNPs）表面模型 | 第76-77页 |
| 4.2.3 蛋白质模型 | 第77页 |
| 4.2.4 模拟细节 | 第77-78页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第78-88页 |
| 4.3.1 溶菌酶在不同大小SNPs上的吸附位点 | 第79-81页 |
| 4.3.2 对溶菌酶吸附取向和构象的影响 | 第81-83页 |
| 4.3.3 表面曲率和离子强度影响的内在机制 | 第83-88页 |
| 4.4 本章小结 | 第88-89页 |
| 第五章 溶菌酶浓度和离子强度对蛋白质冠形成机制影响的介观粗粒化模拟 | 第89-103页 |
| 5.1 引言 | 第89-90页 |
| 5.2 模拟方法 | 第90-93页 |
| 5.2.1 力场模型 | 第90-91页 |
| 5.2.2 SNPs表面模型 | 第91页 |
| 5.2.3 蛋白质模型 | 第91-93页 |
| 5.2.4 模拟细节 | 第93页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第93-102页 |
| 5.3.1 溶菌酶浓度和离子强度对其在不同大小SNPs上吸附构型的影响 | 第93-96页 |
| 5.3.2 溶菌酶浓度和离子强度对其在不同SNPs上吸附构象和取向的影响 | 第96-100页 |
| 5.3.3 离子强度对溶菌酶在相同大小SNPs上聚集行为的影响 | 第100-102页 |
| 5.4 本章小结 | 第102-103页 |
| 结论与展望 | 第103-106页 |
| 结论 | 第103-104页 |
| 展望 | 第104-106页 |
| 参考文献 | 第106-123页 |
| 攻读博士学位期间取得的研究成果 | 第123-125页 |
| 致谢 | 第125-126页 |
| Ⅳ－2答辩委员会对论文的评定意见 | 第126页 |
