| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-9页 |
| 1. 引言 | 第10-15页 |
| 1.1. 植物与病原菌的互作机制 | 第10-11页 |
| 1.2. 小立碗藓被灰霉菌侵染后的前期研究 | 第11-12页 |
| 1.3. 转录组测序技术 | 第12-13页 |
| 1.4. 研究目的及意义 | 第13-15页 |
| 2. 材料和方法 | 第15-24页 |
| 2.1. 实验材料 | 第15-16页 |
| 2.1.1. 植物材料与病原菌 | 第15页 |
| 2.1.2. 主要仪器设备 | 第15页 |
| 2.1.3. 主要试剂 | 第15-16页 |
| 2.2. 实验方法 | 第16-24页 |
| 2.2.1. 植物材料与病原菌的培养 | 第16-17页 |
| 2.2.1.1. 小立碗藓培养 | 第16-17页 |
| 2.2.1.2. 灰霉菌培养 | 第17页 |
| 2.2.2. 植物材料与病原菌接种 | 第17-18页 |
| 2.2.2.1. 孢子悬浮液制备 | 第17-18页 |
| 2.2.2.2. 小立碗藓与灰霉菌接种 | 第18页 |
| 2.2.3. 总RNA提取、IIIumina测序及转录组数据分析 | 第18-22页 |
| 2.2.3.1. 总RNA提取 | 第18-19页 |
| 2.2.3.2. RNA琼脂糖凝胶电泳检测 | 第19-20页 |
| 2.2.3.3. cDNA文库构建 | 第20页 |
| 2.2.3.4. 文库质控 | 第20-21页 |
| 2.2.3.5. 上机测序 | 第21页 |
| 2.2.3.6. 测序数据生物信息学分析 | 第21-22页 |
| 2.2.4. qRT-PCR验证 | 第22-24页 |
| 2.2.4.1. 总RNA提取 | 第22页 |
| 2.2.4.2. RNA琼脂糖凝胶电泳检测 | 第22页 |
| 2.2.4.3. 逆转录 | 第22-23页 |
| 2.2.4.4. 实时荧光定量PCR | 第23-24页 |
| 3. 结果与分析 | 第24-56页 |
| 3.1. 总RNA质量评估 | 第24页 |
| 3.1.1. RNA琼脂糖凝胶电泳检测 | 第24页 |
| 3.2. 灰霉菌胁迫下小立碗藓转录组的初步分析 | 第24-45页 |
| 3.2.1. 测序数据产出统计 | 第24-25页 |
| 3.2.2. 与参考基因组比对效率统计 | 第25-26页 |
| 3.2.3. 差异表达基因分析 | 第26-27页 |
| 3.2.4. 接种灰霉菌不同时间的差异表达基因的分析 | 第27-45页 |
| 3.2.4.1. 接种灰霉菌 12h的差异表达基因GO及COG分析 | 第27-31页 |
| 3.2.4.2. 接种灰霉菌 1d的差异表达基因GO及COG分析 | 第31-34页 |
| 3.2.4.3. 接种灰霉菌 2d的差异表达基因GO及COG分析 | 第34-38页 |
| 3.2.4.4. 接种灰霉菌 3d的差异表达基因GO及COG分析 | 第38-43页 |
| 3.2.4.5. 差异表达基因的KEGG分析 | 第43-45页 |
| 3.3. 接种灰霉菌后特定差异表达基因分析 | 第45-55页 |
| 3.3.1. 特定时期差异表达基因筛选及分析 | 第45-46页 |
| 3.3.2. 特定时期差异表达基因GO分析 | 第46-53页 |
| 3.3.3. 防御相关代谢途径及基因分析 | 第53-55页 |
| 3.4. qRT-PCR验证 | 第55-56页 |
| 3.4.1. qRT-PCR对RNA-seq数据的验证 | 第55-56页 |
| 4. 讨论与结论 | 第56-63页 |
| 4.1. 基因的差异表达分析 | 第56-57页 |
| 4.2. 防御相关代谢途径及基因 | 第57-63页 |
| 4.2.1. p53信号通路相关基因 | 第57-58页 |
| 4.2.2. 苯丙烷类生物合成路径相关基因 | 第58-59页 |
| 4.2.3. 植物与病原菌互作路径相关基因 | 第59-60页 |
| 4.2.4. 植物激素信号转导路径相关基因 | 第60-63页 |
| 参考文献 | 第63-69页 |
| 致谢 | 第69-70页 |
| 附录 | 第70-76页 |
