| 摘要 | 第2-4页 |
| ABSTRACT | 第4-5页 |
| 符号说明 | 第8-10页 |
| 第一章 文献综述 | 第10-23页 |
| 1.1 长雄蕊野生稻研究利用进展 | 第10-14页 |
| 1.1.1 野生水稻的生物学和分子生物学特征 | 第10-12页 |
| 1.1.2 长雄蕊野生稻研究利用现状 | 第12-14页 |
| 1.1.2.1 长雄蕊野生稻白叶枯病抗性基因研究进展 | 第12页 |
| 1.1.2.2 长雄蕊野生稻稻瘟病抗性基因研究进展 | 第12-13页 |
| 1.1.2.3 长雄蕊野生稻地下茎基因研究进展 | 第13页 |
| 1.1.2.4 长雄蕊野生稻优异农艺性状研究进展 | 第13-14页 |
| 1.2 水稻穗长QTL定位方法及穗长QTL研究进展 | 第14-21页 |
| 1.2.1 QTL定位的原理 | 第14-15页 |
| 1.2.2 遗传标记 | 第15-16页 |
| 1.2.2.1 基于全基因序列的分子标记 | 第15-16页 |
| 1.2.2.2 基于简单重复序列的标记 | 第16页 |
| 1.2.2.3 基于单核苷酸的分子标记 | 第16页 |
| 1.2.2.4 基于已知特定序列的分子标记 | 第16页 |
| 1.2.3 QTL定位群体的选择 | 第16-17页 |
| 1.2.3.1 暂时群体 | 第16-17页 |
| 1.2.3.2 永久性群体 | 第17页 |
| 1.2.3.3 自然群体 | 第17页 |
| 1.2.4 QTL定位主要研究方法 | 第17-18页 |
| 1.2.5 水稻穗长QTL的研究进展 | 第18-21页 |
| 1.2.5.1 水稻穗的结构特点 | 第18-19页 |
| 1.2.5.2 控制穗长相关基因的研究现状 | 第19-21页 |
| 1.3 基因组重测序在遗传分析中的应用 | 第21-22页 |
| 1.4 本研究的目的和意义 | 第22-23页 |
| 第二章 长雄蕊野生稻基因组分析 | 第23-36页 |
| 2.1 前言 | 第23页 |
| 2.2 材料与方法 | 第23-26页 |
| 2.2.1 供试材料 | 第23页 |
| 2.2.2 测序仪器 | 第23页 |
| 2.2.3 全基因组测序策略 | 第23-24页 |
| 2.2.4 水稻基因组重测序数据的生物信息学分析 | 第24-26页 |
| 2.2.5.1 测序数据质量分析 | 第25页 |
| 2.2.5.2 参考基因组对比分析 | 第25-26页 |
| 2.2.5.3 全基因组区域SNP和InDel检测及注释 | 第26页 |
| 2.2.5.4 样本间差异SNP和InDel统计 | 第26页 |
| 2.3 结果与分析 | 第26-35页 |
| 2.3.1 基因组DNA提取 | 第26页 |
| 2.3.2 测序数据质量分析 | 第26-29页 |
| 2.3.3 参考基因组比对分析 | 第29-31页 |
| 2.3.4 全基因组区域SNP/InDel检测及注释 | 第31页 |
| 2.3.5 样本间差异性SNP/InDel统计 | 第31-35页 |
| 2.4 实验小结 | 第35-36页 |
| 第三章 长雄野生稻穗长QTLs定位 | 第36-46页 |
| 3.1 前言 | 第36页 |
| 3.2 实验材料与方法 | 第36-39页 |
| 3.2.1 实验材料 | 第36页 |
| 3.2.2 实验主要设备与试剂 | 第36-37页 |
| 3.2.2.1 主要实验设备 | 第36页 |
| 3.2.2.2 主要实验试剂 | 第36-37页 |
| 3.2.3 实验方法 | 第37-38页 |
| 3.2.3.1 无性系群体的构建 | 第37-38页 |
| 3.2.3.2 田间农艺性状的调查统计 | 第38页 |
| 3.2.4 多态性标记筛选、遗传图谱构建及QTL定位 | 第38-39页 |
| 3.2.4.1 水稻总DNA的提取 | 第38页 |
| 3.2.4.2 PCR反应体系及电泳分析 | 第38-39页 |
| 3.2.4.3 多态性分子标记的选择 | 第39页 |
| 3.2.4.4 数据的处理分析 | 第39页 |
| 3.2.4.5 QTL的命名 | 第39页 |
| 3.3 结果与分析 | 第39-44页 |
| 3.3.1 亲本和分离群体的性状比较及遗传分析 | 第39-41页 |
| 3.3.2 性状间的相关性分析 | 第41-42页 |
| 3.3.3 分子标记连锁图谱的构建 | 第42-44页 |
| 3.4 小结与讨论 | 第44-46页 |
| 3.4.1 小结 | 第44页 |
| 3.4.2 讨论 | 第44-46页 |
| 3.4.2.1 水稻穗长QTL的定位以及与前人定位结果的比较 | 第44-45页 |
| 3.4.2.2 研究展望 | 第45-46页 |
| 参考文献 | 第46-52页 |
| 附录 | 第52-59页 |
| 致谢 | 第59-60页 |
