| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-11页 |
| Contents | 第11-14页 |
| Chapter 1 Introduction | 第14-20页 |
| ·From Self-assembly to Molecular-Scale Electronics | 第14-15页 |
| ·Organic Thin Films | 第15-16页 |
| ·Current Theoretical Models and Challenges | 第16-18页 |
| ·Dissertation Overview | 第18-20页 |
| Chapter 2 Theoretical Methods | 第20-30页 |
| ·Calculations of Binding Energies | 第20-26页 |
| ·Quantum Mechanics | 第20-25页 |
| ·Molecular Mechanics | 第25-26页 |
| ·Simulations of Packing Structures | 第26-30页 |
| ·Statistical Mechanics | 第26-28页 |
| ·Molecular Dynamics | 第28-30页 |
| Chapter 3 The Role of Substrate in Packing Structures of Oligothiophenes on the Ag(lll) Surface on the Ag(111)Surface | 第30-46页 |
| ·Introduction | 第30-31页 |
| ·Computational Details and Surface Models | 第31-35页 |
| ·QM vs MM | 第31-33页 |
| ·The Influence of Cluster Size | 第33-35页 |
| ·MD simulations | 第35页 |
| ·Results and Discussions | 第35-43页 |
| ·Adsorption Height and Orientations | 第35-37页 |
| ·Monolayer Morphology:4T vs 6T | 第37-38页 |
| ·Growth from Monolayer to Bilayer | 第38-41页 |
| ·Chain Conformations:6T/Ag(111)vs Amorphous Solid | 第41-43页 |
| ·Summary | 第43-46页 |
| Chapter 4 Sexithiophene Template Effects on Packings and Orientations of C6o Molecules on the Ag(111) Surface | 第46-62页 |
| ·Introduction | 第46-47页 |
| ·Computational Details | 第47-49页 |
| ·MD Simulations | 第47-48页 |
| ·QM Calculations | 第48-49页 |
| ·Results and Discussion | 第49-60页 |
| ·C60 on the Ag(111) Surface | 第49-53页 |
| ·C60-Thiophene on the Ag(111) | 第53-56页 |
| ·C60 Molecular Chanis on 6T Prepatterned the Ag(111) | 第56-59页 |
| ·Effect of Deposition Order | 第59-60页 |
| ·Summary | 第60-62页 |
| Chapter 5 Modulating Morphology of Thiol-Based Monolayers in Honey-comb Hydrogen-Bonded Nanoporous Templates on Au(111) Surface | 第62-84页 |
| ·Introduction | 第62-64页 |
| ·Modified Force Field and Computational Details | 第64-71页 |
| ·Parameters for Intermolecular Interactions | 第65-66页 |
| ·Parameters for Interfacial Interactions | 第66-67页 |
| ·Validations of the Modified Force Field | 第67-70页 |
| ·Molecular Dynamics Simulations | 第70-71页 |
| ·Results and Discussions | 第71-83页 |
| ·Bimolecular Network on the Au(111) Surface | 第71-77页 |
| ·Various Thiols on Template/Au(111) Surface | 第77-83页 |
| ·Summary | 第83-84页 |
| Chapter 6 Light and Electric Field Induced Switching of Thiolated Azoben-zene Self-Assembled Monolayer | 第84-102页 |
| ·Introduction | 第84-85页 |
| ·Computational Methods | 第85-90页 |
| ·TD-DFT calculations of isomerization reaction paths | 第85-86页 |
| ·MD simulations of dynamics switching process | 第86-90页 |
| ·Results and Discussions | 第90-100页 |
| ·Isomerization Mechanism | 第90-96页 |
| ·On-Off Switching Self-AssembledMonolayers on Au(111)Sur-face | 第96-99页 |
| ·Simulations in Junction between Au Surface and a Hg Drop Electrode | 第99-100页 |
| ·Summary | 第100-102页 |
| Chapter 7 Molecular Dynamics Simulations of Self-Assembled Aggregates in Solution | 第102-121页 |
| ·Self-Assembly of Pt-Coordination Supramolecules | 第102-109页 |
| ·Background | 第102-104页 |
| ·Computational Details | 第104-105页 |
| ·Results | 第105-108页 |
| ·Summary | 第108-109页 |
| ·Catalysis of Radical Reactions with Li+ Cations | 第109-113页 |
| ·Background | 第109-111页 |
| ·Computational Details | 第111页 |
| ·Results | 第111-112页 |
| ·Summary | 第112-113页 |
| ·Counterion Effects on Cryptophane Host Properties | 第113-121页 |
| ·Background | 第113-114页 |
| ·Computational Details | 第114-115页 |
| ·Results | 第115-119页 |
| ·Summary | 第119-121页 |
| Chapter 8 Perspective | 第121-122页 |
| Bibliography | 第122-147页 |
| Publications and Conferences | 第147-149页 |
| Acknowledgment | 第149-150页 |
