| 中文摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-13页 |
| 第一章 G蛋白偶联受体的功能及其小分子调控机制的研究进展 | 第13-36页 |
| ·G蛋白偶联受体分类 | 第13-21页 |
| ·G蛋白偶联受体的功能和信号通路 | 第21-24页 |
| ·GPCRs的分子模拟研究进展 | 第24-30页 |
| ·GPCRs的激活机制与药物靶点的研究 | 第24-26页 |
| ·分子模拟方法概述 | 第26-30页 |
| ·本论文的主要内容 | 第30页 |
| 参考文献 | 第30-36页 |
| 第二章 不同配体诱导的β2肾上腺素受体和G蛋白复合物构象变化的分子机制研究 | 第36-55页 |
| ·研究背景 | 第36-38页 |
| ·实验材料和方法 | 第38-41页 |
| ·蛋白质模型的构建 | 第38页 |
| ·膜复合物的搭建 | 第38-39页 |
| ·分子动力学模拟 | 第39-40页 |
| ·氢键和口袋体积的计算 | 第40页 |
| ·交互主成份动力学 | 第40-41页 |
| ·势能面图分析 | 第41页 |
| ·结果与讨论 | 第41-50页 |
| ·β2肾上腺素受体与Gs蛋白的复合物结构 | 第41-43页 |
| ·不同配体在β2肾上腺素受体口袋中的结合模式 | 第43-45页 |
| ·不同配体诱导β2肾上腺素受体的构象变化 | 第45-47页 |
| ·Gαs和Gβγ的势能而图 | 第47-48页 |
| ·Gαs和Gβγ复合物的相互分离运动 | 第48-50页 |
| ·结论 | 第50-51页 |
| 参考文献 | 第51-55页 |
| 第三章 配体诱导的β2肾上腺素受体构象变化与水通道打开机制的分子模拟研究 | 第55-79页 |
| ·研究背景 | 第55-57页 |
| ·实验材料和方法 | 第57-61页 |
| ·蛋白质模型的构建 | 第57页 |
| ·膜复合物的搭建 | 第57-58页 |
| ·分子动力学模拟 | 第58页 |
| ·半径测量算法 | 第58-59页 |
| ·自由能计算 | 第59-60页 |
| ·主成份分析和平均势力 | 第60页 |
| ·马尔科夫模型 | 第60-61页 |
| ·结果与讨论 | 第61-73页 |
| ·β2肾上腺素受体的结晶水分析 | 第61-63页 |
| ·β2肾上腺素受体孔道半径的测量 | 第63-65页 |
| ·自由能计算 | 第65-68页 |
| ·马尔科夫模型和势能面图 | 第68-69页 |
| ·能量和亚稳态路径分解 | 第69-71页 |
| ·Gαs和Gβγ的运动以及孔道水的流动 | 第71-73页 |
| ·结论 | 第73-74页 |
| 参考文献 | 第74-79页 |
| 第四章 促肾上腺皮质激素释放因子受体1与其拮抗剂的相互作用机制和解离路径的研究 | 第79-95页 |
| ·研究背景 | 第79-80页 |
| ·材料和方法 | 第80-83页 |
| ·分子模型的构建 | 第80页 |
| ·分子动力学模拟 | 第80-81页 |
| ·动态网络分析 | 第81页 |
| ·平均力势(PMF) | 第81页 |
| ·随机加速的分子动力学模拟(RAMD) | 第81-82页 |
| ·自由能计算 | 第82-83页 |
| ·结果与讨论 | 第83-91页 |
| ·CRF_1R的结构特点 | 第83-85页 |
| ·保守氨基酸和动态网络分析 | 第85-87页 |
| ·CRF_1R和拮抗剂之间的相互作用 | 第87-88页 |
| ·拮抗剂CP-376395的解离路径 | 第88-90页 |
| ·自由能计算 | 第90-91页 |
| ·结论 | 第91-92页 |
| 参考文献 | 第92-95页 |
| 第五章 人类SMO受体与拮抗剂结合机制的研究 | 第95-113页 |
| ·研究背景 | 第95-96页 |
| ·材料和方法 | 第96-99页 |
| ·蛋白质模型的构建 | 第96页 |
| ·分子动力学模拟 | 第96-97页 |
| ·动态网络分析 | 第97页 |
| ·平均力势(PMF) | 第97页 |
| ·Metadynamics模拟 | 第97-98页 |
| ·自由能计算 | 第98-99页 |
| ·结果与讨论 | 第99-108页 |
| ·SMO受体的结构特点 | 第99-101页 |
| ·SMO受体关键氨基酸残基的分析 | 第101-104页 |
| ·SMO受体和拮抗剂LY2940680的相互作用 | 第104-106页 |
| ·Metadynamics模拟 | 第106-107页 |
| ·自由能计算 | 第107-108页 |
| ·结论 | 第108-109页 |
| 参考文献 | 第109-113页 |
| 在学期间的研究成果 | 第113-114页 |
| 致谢 | 第114页 |
