| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-11页 |
| 第1章 绪论 | 第11-23页 |
| ·引言 | 第11-12页 |
| ·细胞中重要的信号转导通路 | 第12-16页 |
| ·EGFR通路 | 第12-13页 |
| ·MAPK通路 | 第13-14页 |
| ·NF-κB通路 | 第14-16页 |
| ·系统生物学的一般研究方法 | 第16-17页 |
| ·计算系统生物学的数学原理 | 第16-17页 |
| ·常用数据库与计算工具 | 第17页 |
| ·计算机辅助药物设计方法 | 第17-19页 |
| ·计算机辅助药物设计方法概述 | 第17-18页 |
| ·计算机辅助药物设计方法在激酶抑制剂研发中的应用 | 第18-19页 |
| ·网络生物学的一般研究方法 | 第19-21页 |
| ·网络生物学概述 | 第19-20页 |
| ·常用软件和工具 | 第20页 |
| ·网络生物学的应用领域 | 第20-21页 |
| ·主要研究内容和工作 | 第21-23页 |
| 第2章 RSK2信号通路的系统生物学研究 | 第23-65页 |
| ·引言 | 第23-24页 |
| ·材料与方法 | 第24-27页 |
| ·计算部分 | 第24-25页 |
| ·生物实验部分 | 第25-27页 |
| ·结果 | 第27-61页 |
| ·RSK2计算模型 | 第27-31页 |
| ·模型的确证 | 第31-33页 |
| ·参数拟合 | 第33-36页 |
| ·模型的模拟分析 | 第36-39页 |
| ·灵敏度分析和参数扫描 | 第39-46页 |
| ·模型中各蛋白的in silico knockdown模拟 | 第46-60页 |
| ·在PC 3细胞中进行的PDK1 knockdown实验 | 第60-61页 |
| ·讨论 | 第61-64页 |
| ·系统生物学方法对于细胞信号转导研究的推动作用 | 第61页 |
| ·生物实验体系与考察指标的选择 | 第61-62页 |
| ·参数拟合与优化算法对模型的影响 | 第62页 |
| ·负反馈回路在模型中的作用 | 第62-63页 |
| ·PDK1作为癌症治疗靶标的可行性分析 | 第63-64页 |
| ·本章小结 | 第64-65页 |
| 第3章 新型RSK2抑制剂的结构设计与优化 | 第65-89页 |
| ·引言 | 第65-66页 |
| ·材料与方法 | 第66-68页 |
| ·计算部分 | 第66-67页 |
| ·生物活性测定部分 | 第67-68页 |
| ·结果 | 第68-87页 |
| ·天然产物类RSK2抑制剂的虚拟筛选 | 第68-73页 |
| ·苯甲酰肼类化合物的改造与构效关系探讨 | 第73-75页 |
| ·巴比妥类化合物的改造与构效关系探讨 | 第75-78页 |
| ·吲哚酮类化合物的改造与构效关系探讨 | 第78-87页 |
| ·讨论 | 第87-88页 |
| ·黄酮类化合物的生理活性特征 | 第87页 |
| ·分子对接模型的选择 | 第87-88页 |
| ·不同母核对化合物抑制活性的影响 | 第88页 |
| ·本章小结 | 第88-89页 |
| 第4章 基于DrugBank药物-靶标网络的药物安全性研究 | 第89-108页 |
| ·引言 | 第89-90页 |
| ·材料与方法 | 第90-91页 |
| ·数据集的准备 | 第90页 |
| ·网络创建与网络拓扑学分析 | 第90-91页 |
| ·化学信息学的应用 | 第91页 |
| ·结果 | 第91-106页 |
| ·药物-靶标网络的一般拓扑学性质分析 | 第91-94页 |
| ·药物-靶标网络的节点中心性研究 | 第94-96页 |
| ·基于上市药物-撤市药物网络的二维指纹相似性研究 | 第96-105页 |
| ·关于天然产物的药物安全指示 | 第105-106页 |
| ·讨论 | 第106-107页 |
| ·本章小结 | 第107-108页 |
| 第5章 全文总结与展望 | 第108-110页 |
| ·全文总结 | 第108-109页 |
| ·展望 | 第109-110页 |
| 参考文献 | 第110-128页 |
| 博士期间发表论文情况 | 第128-130页 |
| 致谢 | 第130-131页 |
| 附录 | 第131-134页 |
