基于新一代测序的数字基因表达谱生物信息学分析平台的建立及应用
| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 1 前言 | 第9-23页 |
| ·测序技术进展 | 第9-16页 |
| ·传统Sanger测序 | 第9-11页 |
| ·第二代测序技术 | 第11-15页 |
| ·第三代测序技术 | 第15-16页 |
| ·数字基因表达谱技术 | 第16-20页 |
| ·数字基因表达谱简介 | 第16-17页 |
| ·数字基因表达谱的应用 | 第17-18页 |
| ·数字基因表达谱后续分析软件简介 | 第18-20页 |
| ·棉花概述 | 第20-22页 |
| ·本研究的目的及意义 | 第22-23页 |
| 2 生物信息学分析平台的构建 | 第23-31页 |
| ·流程简介 | 第23-24页 |
| ·测序数据的质量控制与评估 | 第24-25页 |
| ·原始数据fastq介绍 | 第24页 |
| ·原始数据预处理 | 第24-25页 |
| ·比对分析 | 第25-28页 |
| ·比对流程 | 第25-26页 |
| ·基因表达量统计 | 第26-27页 |
| ·基因测序覆盖度统计 | 第27-28页 |
| ·基因表达的差异分析 | 第28-29页 |
| ·差异表达基因的注释 | 第29-31页 |
| ·GO功能注释 | 第29-30页 |
| ·KEGG pathway分析 | 第30-31页 |
| 3 平台应用示例 | 第31-38页 |
| ·数据集 | 第31页 |
| ·测序结果及质量控制 | 第31-33页 |
| ·基因表达量统计 | 第33-35页 |
| ·基因表达的差异分析 | 第35页 |
| ·差异表达基因的注释 | 第35-38页 |
| ·GO功能注释及分类 | 第35-37页 |
| ·KEGG Pathway分析 | 第37-38页 |
| 4 讨论 | 第38-42页 |
| ·平台的优缺点评价 | 第38页 |
| ·实验流程的总结与探讨 | 第38-41页 |
| ·平台的应用展望 | 第41-42页 |
| 参考文献 | 第42-52页 |
| 致谢 | 第52页 |
