| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-9页 |
| 第1章 绪论 | 第9-18页 |
| ·课题背景及研究意义和目的 | 第9-10页 |
| ·国内外研究现状 | 第10-16页 |
| ·生物过程的建模方法 | 第10-12页 |
| ·现有模拟方法及模拟软件 | 第12-16页 |
| ·主要研究内容 | 第16-18页 |
| 第2章 生物过程建模方法研究 | 第18-32页 |
| ·生物过程特点及传统的建模方法 | 第18-19页 |
| ·生物过程的特点 | 第18-19页 |
| ·生物过程的传统建模方法 | 第19页 |
| ·Petri网表达生物过程 | 第19-23页 |
| ·Petri网及混合函数Petri(HFPN)网简介 | 第20-23页 |
| ·生物过程表达中的面向对象Petri网(OOHFPN) | 第23-28页 |
| ·基于HFPN添加随机与扩散变迁 | 第23-24页 |
| ·生物过程表达的面向对象思想 | 第24-25页 |
| ·表达生物过程的面向对象混合函数Petri网(OOHFPN)定义 | 第25-27页 |
| ·OOHFPN中各的各种元素的连接规则 | 第27-28页 |
| ·自定义OOHFPN的XML结构 | 第28-31页 |
| ·本章小结 | 第31-32页 |
| 第3章 随机扩散方法的研究 | 第32-45页 |
| ·扩散的基本原理及模型描述 | 第32-34页 |
| ·扩散的基本原理 | 第32-34页 |
| ·模型描述 | 第34页 |
| ·算法模型中的反应 | 第34-38页 |
| ·绑定半径与解绑定半径 | 第34-36页 |
| ·绑定半径与解绑定半径的确定 | 第36-38页 |
| ·其它反应 | 第38页 |
| ·Smoldyn模拟方法 | 第38-39页 |
| ·基于Smoldyn的随机扩散模拟方法 | 第39-43页 |
| ·模拟方法细节介绍 | 第39-42页 |
| ·随机扩散方法模拟流程 | 第42-43页 |
| ·本章小结 | 第43-45页 |
| 第4章 CellMatlab软件系统的设计与实现 | 第45-63页 |
| ·软件系统需求分析及框架 | 第45-46页 |
| ·CellMatlab模拟系统中主要模块设计 | 第46-55页 |
| ·模型包及主要类元素 | 第49-50页 |
| ·视图包及建模过程 | 第50-51页 |
| ·建模与模拟的接口 | 第51-53页 |
| ·I/O包保存及写入模型 | 第53-55页 |
| ·OOHFPN模型与SBML之间的转换 | 第55-59页 |
| ·SBML中主要的元素及结构 | 第55-57页 |
| ·从SBML与OOHFPN间的转换 | 第57-59页 |
| ·建模结果及文档输出结果 | 第59-62页 |
| ·本章小结 | 第62-63页 |
| 第5章 随机扩散模拟实验及结果分析 | 第63-75页 |
| ·随机扩散模拟方法的比较 | 第63-68页 |
| ·Lotka-Voltera模型系统及建模结果示意图 | 第63-65页 |
| ·模拟结果分析比较 | 第65-68页 |
| ·随机扩散算法在生物过程模拟中的应用 | 第68-74页 |
| ·模型建立 | 第68-69页 |
| ·模拟结果分析 | 第69-74页 |
| ·本章小结 | 第74-75页 |
| 结论 | 第75-76页 |
| 参考文献 | 第76-80页 |
| 附录 OOHFPN运行规则 | 第80-88页 |
| 致谢 | 第88页 |
