| 摘要 | 第1-14页 |
| ABSTRACT | 第14-19页 |
| 符号及缩写汇总 | 第19-21页 |
| 引言 | 第21-23页 |
| 第一部分 文献综述 | 第23-67页 |
| 第一章 水产养殖现状及草鱼养殖中存在的问题 | 第23-37页 |
| 1 水产养殖现状及在国民经济中的地位 | 第23-25页 |
| ·我国是世界淡水渔业的龙头 | 第24页 |
| ·发展淡水渔业是稳定我国粮食安全的重要举措 | 第24页 |
| ·发展淡水渔业是构建我国健康食品和安全食品体系的重要环节 | 第24-25页 |
| 2 淡水渔业存在的问题 | 第25-27页 |
| ·鱼类多样性迫切需要保护 | 第25-26页 |
| ·水产种质资源衰退现象严重 | 第26-27页 |
| 3 草鱼生物学特性 | 第27-30页 |
| ·分类地位 | 第27-28页 |
| ·形态特征 | 第28-29页 |
| ·生活习性 | 第29-30页 |
| 4 草鱼养殖状况及存在的问题 | 第30-31页 |
| 5 草鱼遗传多样性研究现状 | 第31-35页 |
| ·生化遗传分析 | 第31-33页 |
| ·分子遗传变异分析 | 第33-35页 |
| 参考文献 | 第35-37页 |
| 第二章 群体遗传学及其研究方法 | 第37-55页 |
| 1 群体遗传学的概念及其应用 | 第37-39页 |
| ·物种及种群的概念 | 第37页 |
| ·群体遗传学的概念及研究内容 | 第37-38页 |
| ·群体遗传学的应用 | 第38-39页 |
| ·群体的判别和遗传分化 | 第38页 |
| ·有效群体的确定 | 第38页 |
| ·杂合度的评估 | 第38-39页 |
| ·渔业管理和资源利用 | 第39页 |
| ·保护生物学 | 第39页 |
| 2 群体遗传学研究中的分子方法 | 第39-46页 |
| ·DNA分子标记的种类及原理 | 第40-42页 |
| ·微卫星DNA标记(Microsatellite DNA) | 第40页 |
| ·简单重复序列间扩增(Inter-Simple Sequence Repeats ISSR) | 第40-41页 |
| ·随机扩增多态性DNA(RAPD) | 第41页 |
| ·扩增片段长度多态(Amplified Fragment Length Polymorphism,AFLP) | 第41页 |
| ·序列相关扩增多态(sequence-related amplified polymorphism,SRAP) | 第41-42页 |
| ·靶位区域扩增多态性(target region amplified polymorphism,TRAP) | 第42页 |
| ·分子标记技术与生物多样性保护 | 第42-44页 |
| ·分子标记技术的发展前景 | 第44页 |
| ·分子标记技术在比较水产生物野生和养殖群体遗传多样性的应用 | 第44-46页 |
| 3 养殖群体的近交生物学效应 | 第46-48页 |
| 4 有效繁殖群体的概念及应用 | 第48-50页 |
| 参考文献 | 第50-55页 |
| 第三章 微卫星标记在水产养殖上的应用 | 第55-67页 |
| 1 微卫星的概念及其发展历史 | 第55页 |
| 2 微卫星分子标记的特点及类型 | 第55-56页 |
| ·特点 | 第55-56页 |
| ·分类 | 第56页 |
| 3 微卫星DNA标记的分离和筛选 | 第56-57页 |
| 4.微卫星分子标记国内外研究现状及在水产养殖中应用前景 | 第57-61页 |
| ·遗传图谱的构建 | 第57-58页 |
| ·群体遗传结构及生物多样性分析 | 第58-59页 |
| ·家系分析及亲子鉴定 | 第59页 |
| ·QTL(quantitative trait loci)定位及标记辅助育种 | 第59-60页 |
| ·养殖群体和野生群体遗传差异的研究 | 第60-61页 |
| 参考文献 | 第61-67页 |
| 第二部分 论文实验部分 | 第67-147页 |
| 第一章 草鱼基因组提取及(CA)重复微卫星富集文库的构建 | 第67-83页 |
| 1.实验材料 | 第68-69页 |
| ·实验动物 | 第68页 |
| ·引物合成 | 第68页 |
| ·接头序列 | 第68页 |
| ·生物素标记探针 | 第68页 |
| ·菌株、载体 | 第68页 |
| ·试剂盒及药品 | 第68页 |
| ·主要仪器 | 第68-69页 |
| 2.实验方法 | 第69-75页 |
| ·草鱼基因组DNA的提取 | 第69-71页 |
| ·草鱼血液DNA的提取(传统酚仿抽提) | 第69页 |
| ·草鱼鳍条DNA的提取(传统酚仿抽提) | 第69-70页 |
| ·试剂盒抽提草鱼血液基因组 | 第70页 |
| ·琼脂糖凝胶电泳 | 第70-71页 |
| ·草鱼基因组微卫星富集文库的构建 | 第71-75页 |
| ·草鱼基因组DNA的酶切 | 第71页 |
| ·酶切片段的回收纯化(用Genl Extraction Kit回收试剂盒) | 第71-72页 |
| ·酶切片段和接头的连接 | 第72页 |
| ·亲和捕捉 | 第72页 |
| ·克隆富集的微卫星DNA片段 | 第72页 |
| ·氯化钙法制备大肠杆菌感受态细胞 | 第72-73页 |
| ·连接产物的转化 | 第73-74页 |
| ·重组质粒的筛选 | 第74页 |
| ·保菌 | 第74页 |
| ·质粒DNA的提取(碱裂解法) | 第74-75页 |
| ·微卫星富集文库的抽样鉴定 | 第75页 |
| 3.结果与分析 | 第75-79页 |
| ·基因组DNA提取的效果 | 第75-77页 |
| ·草鱼基因组酶切 | 第77-78页 |
| ·酶切片段与接头的连接 | 第78页 |
| ·亲和捕捉 | 第78页 |
| ·富集文库的抽样鉴定 | 第78-79页 |
| 4 讨论 | 第79-80页 |
| ·影响基因组提取效果的因素 | 第79页 |
| ·酶切片段的最佳大小 | 第79页 |
| ·草鱼微卫星富集文库 | 第79-80页 |
| 参考文献 | 第80-83页 |
| 第二章 草鱼野生和养殖群体间遗传变异的微卫星分析 | 第83-99页 |
| 1 材料和方法 | 第84-89页 |
| ·样品来源 | 第84页 |
| ·基因组DNA提取 | 第84-85页 |
| ·SSR引物序列 | 第85页 |
| ·PCR反应体系及反应程序 | 第85页 |
| ·扩增产物的检测 | 第85-88页 |
| ·准备制胶玻璃板 | 第86页 |
| ·配制聚丙烯酰胺凝胶 | 第86-87页 |
| ·预电泳 | 第87页 |
| ·聚丙烯酰胺凝胶电泳 | 第87页 |
| ·银染 | 第87-88页 |
| ·数据统计与分析 | 第88-89页 |
| 2 结果与分析 | 第89-93页 |
| ·微卫星PCR扩增结果及等位基因频率的计算 | 第89-91页 |
| ·3个草鱼群体内遗传变异分析 | 第91-92页 |
| ·3个草鱼群体间遗传分化 | 第92-93页 |
| 3 讨论 | 第93-95页 |
| ·微卫星标记的选择 | 第93-94页 |
| ·草鱼野生和养殖群体内及群体间的遗传分化 | 第94-95页 |
| 参考文献 | 第95-99页 |
| 第三章 草鱼TRAP-PCR反应体系的建立 | 第99-108页 |
| 1 材料与方法 | 第99-101页 |
| ·材料 | 第99-100页 |
| ·实验材料 | 第99-100页 |
| ·试剂 | 第100页 |
| ·仪器 | 第100页 |
| ·方法 | 第100-101页 |
| ·DNA的提取 | 第100页 |
| ·PCR扩增程序选择 | 第100页 |
| ·TRAP-PCR反应参数的优化 | 第100-101页 |
| ·TRAP产物的检测 | 第101页 |
| 2 结果与分析 | 第101-104页 |
| ·模板DNA浓度的确定 | 第101-102页 |
| ·最适Mg2+浓度的确定 | 第102-103页 |
| ·dNTPs浓度 | 第103页 |
| ·引物浓度 | 第103-104页 |
| ·退火温度 | 第104页 |
| 3 讨论 | 第104-105页 |
| 参考文献 | 第105-108页 |
| 第四章 TRAP及SSCP检测草鱼微卫星及相关序列多态性 | 第108-119页 |
| 1 材料与方法 | 第109-110页 |
| ·材料来源 | 第109页 |
| ·DNA的提取 | 第109页 |
| ·引物序列 | 第109-110页 |
| ·SSCP不对称PCR扩增 | 第110页 |
| ·TRAP-PCR扩增 | 第110页 |
| ·聚丙烯酰胺凝胶电泳检测 | 第110页 |
| 2 结果 | 第110-112页 |
| ·微卫星引物扩增结果 | 第110-111页 |
| ·TRAP引物与微卫星标记引物组合对草鱼基因组扩增结果 | 第111-112页 |
| ·SSCP分型结果 | 第112页 |
| 3 讨论 | 第112-115页 |
| ·微卫星扩增存在的问题 | 第112页 |
| ·与新型标记结合解决多态性不足的问题 | 第112-113页 |
| ·新型分子标记TRAP在水产养殖动物草鱼中适用性探讨 | 第113-114页 |
| ·SSCP在检测草鱼微卫星构象多态方面的引用 | 第114-115页 |
| 参考文献 | 第115-119页 |
| 第五章 不同群体草鱼遗传结构的TRAP分析 | 第119-130页 |
| 1 材料和方法 | 第119-122页 |
| ·材料来源 | 第119页 |
| ·基因组DNA提取 | 第119-120页 |
| ·TRAP反应流程 | 第120-121页 |
| ·TRAP引物 | 第120页 |
| ·TRAP-PCR扩增 | 第120-121页 |
| ·电泳分析 | 第121页 |
| ·数据处理 | 第121页 |
| ·野生群体特有或养殖群体基因频率下降明显位点的回收 | 第121页 |
| ·二次PCR扩增 | 第121-122页 |
| ·克隆测序 | 第122页 |
| 2 结果 | 第122-126页 |
| ·不同TRAP引物组合对草鱼3群体的扩增结果 | 第122-123页 |
| ·草鱼3群体间的遗传相似系数及遗传距离 | 第123-124页 |
| ·草鱼不同群体各位点基因频率的比较 | 第124-125页 |
| ·草鱼野生群体特有或养殖群体基因频率下降明显的位点回收测序 | 第125-126页 |
| 3 讨论 | 第126-127页 |
| 参考文献 | 第127-130页 |
| 第六章 新型标记SRAP在草鱼遗传多样性评价的适用性分析 | 第130-147页 |
| 1 材料与方法 | 第131-132页 |
| ·材料来源 | 第131页 |
| ·基因组DNA提取 | 第131页 |
| ·SRAP引物序列 | 第131页 |
| ·电泳分析 | 第131页 |
| ·数据处理 | 第131-132页 |
| ·野生群体特有或养殖群体基因频率下降明显位点的回收、二次扩增、克隆测序 | 第132页 |
| 2 结果 | 第132-140页 |
| ·引物筛选 | 第132-136页 |
| ·不同引物组合对草鱼3群体的扩增结果 | 第136-138页 |
| ·草鱼不同群体扩增位点显性基因型频率的分布规律 | 第138页 |
| ·3群体遗传相似系数及遗传距离的计算 | 第138-139页 |
| ·野生群体特有或基因频率下降明显的条带测序结果 | 第139-140页 |
| 3 讨论 | 第140-141页 |
| ·新型标记SRAP原理及其应用 | 第140页 |
| ·草鱼野生及养殖群体间遗传分化 | 第140-141页 |
| 参考文献 | 第141-147页 |
| 附录：实验试剂及配置 | 第147-152页 |
| 攻读学位期间发表论文目录 | 第152-153页 |
| 致谢 | 第153页 |
