| 摘要 | 第1-8页 |
| Abstract | 第8-19页 |
| 第一章 文献综述 | 第19-42页 |
| ·蛋白质吸附的应用 | 第19-22页 |
| ·生物学过程中的蛋白质吸附现象 | 第19页 |
| ·生物技术应用中的蛋白质吸附现象 | 第19-22页 |
| ·生物医学植入物 | 第19-20页 |
| ·药物控释 | 第20页 |
| ·蛋白质/酶的固定化 | 第20页 |
| ·隐形眼镜 | 第20-21页 |
| ·海洋生物防污 | 第21页 |
| ·蛋白质分离 | 第21-22页 |
| ·蛋白质吸附的研究方法 | 第22-24页 |
| ·实验研究方法 | 第22-23页 |
| ·理论研究方法 | 第23页 |
| ·计算机模拟研究方法 | 第23-24页 |
| ·实验方法的局限 | 第23-24页 |
| ·理论方法的局限 | 第24页 |
| ·计算机分子模拟的优势 | 第24页 |
| ·分子模拟蛋白质吸附的模型和算法 | 第24-30页 |
| ·结构模型 | 第24-28页 |
| ·水模型 | 第25-26页 |
| ·表面模型 | 第26页 |
| ·蛋白质模型 | 第26-28页 |
| ·力场模型 | 第28-30页 |
| ·全原子力场 | 第28页 |
| ·粗粒化力场 | 第28页 |
| ·力场的验证 | 第28-29页 |
| ·极化力场 | 第29-30页 |
| ·算法 | 第30页 |
| ·分子模拟蛋白质吸附的研究现状 | 第30-39页 |
| ·蛋白质的可控吸附 | 第30-38页 |
| ·吸附量 | 第30-31页 |
| ·吸附取向 | 第31-35页 |
| ·吸附构象 | 第35-38页 |
| ·阻抗蛋白质吸附 | 第38-39页 |
| ·本论文的研究内容和创新之处 | 第39-42页 |
| ·研究内容 | 第40-41页 |
| ·特色与创新之处 | 第41-42页 |
| 第二章 并行退火Monte Carlo 模拟溶菌酶在带电表面的吸附取向 | 第42-60页 |
| ·引言 | 第42-44页 |
| ·模拟方法 | 第44-47页 |
| ·结构和力场模型 | 第44-46页 |
| ·结构模型 | 第44页 |
| ·力场模型 | 第44-46页 |
| ·模拟细节 | 第46-47页 |
| ·并行退火模拟细节 | 第46页 |
| ·蒙特卡罗模拟细节 | 第46页 |
| ·副本个数和温度分布 | 第46-47页 |
| ·结果与讨论 | 第47-59页 |
| ·PTMC 模拟性能测试 | 第48-53页 |
| ·准确性 | 第48-49页 |
| ·重复性 | 第49-53页 |
| ·溶菌酶在负电表面的吸附 | 第53-56页 |
| ·溶菌酶在正电表面的吸附 | 第56-59页 |
| ·本章小结 | 第59-60页 |
| 第三章 副本交换Monte Carlo 模拟葡萄糖氧化酶在带电表面的吸附取向 | 第60-75页 |
| ·引言 | 第60-61页 |
| ·模拟方法 | 第61-63页 |
| ·结构和力场模型 | 第61-62页 |
| ·结构模型 | 第61-62页 |
| ·力场模型 | 第62页 |
| ·模拟细节 | 第62-63页 |
| ·蒙特卡罗模拟细节 | 第62页 |
| ·副本交换模拟细节 | 第62-63页 |
| ·结果与讨论 | 第63-73页 |
| ·Hamiltonian REMC 性能测试 | 第64页 |
| ·Hamiltonian REMC 模拟GOx 在正电表面的吸附取向 | 第64-68页 |
| ·Hamiltonian REMC 模拟GOx 在负电表面的吸附取向 | 第68-70页 |
| ·GOx 在表面吸附取向的分析 | 第70-73页 |
| ·GOx 的分子结构 | 第70-71页 |
| ·模拟结果分析 | 第71-73页 |
| ·本章小结 | 第73-75页 |
| 第四章 分子动力学模拟外加电场对溶菌酶在带电表面吸附行为的影响 | 第75-94页 |
| ·引言 | 第75-77页 |
| ·模拟方法 | 第77-78页 |
| ·模拟模型 | 第77页 |
| ·模拟细节 | 第77-78页 |
| ·结果与讨论 | 第78-92页 |
| ·蛋白质－表面距离 | 第78-80页 |
| ·反号离子与蛋白质的共吸附 | 第80-83页 |
| ·蛋白质吸附取向及吸附位点 | 第83-88页 |
| ·蛋白质构象变化 | 第88-91页 |
| ·溶菌酶分子RMSD 值 | 第89-90页 |
| ·溶菌酶分子的偶极矩 | 第90-91页 |
| ·表面性质 | 第91-92页 |
| ·本章小结 | 第92-94页 |
| 第五章 分子动力学模拟神经介肽-B 与自组装单分子膜表面的相互作用 | 第94-106页 |
| ·引言 | 第94-95页 |
| ·模拟方法 | 第95-96页 |
| ·模拟模型 | 第95页 |
| ·模拟细节 | 第95-96页 |
| ·结果与讨论 | 第96-104页 |
| ·多肽-表面距离 | 第96-97页 |
| ·力－距离曲线 | 第97-99页 |
| ·表面力曲线 | 第97-99页 |
| ·水分子力曲线 | 第99页 |
| ·多肽结构 | 第99-100页 |
| ·水结构和动力学 | 第100-103页 |
| ·水分子的径向分布函数 | 第101-102页 |
| ·表面和水分子之间的氢键 | 第102页 |
| ·水分子的自扩散系数 | 第102-103页 |
| ·表面结构和性质 | 第103-104页 |
| ·本章小结 | 第104-106页 |
| 结论 | 第106-109页 |
| 展望 | 第109-110页 |
| 参考文献 | 第110-141页 |
| 攻读博士学位期间取得的研究成果 | 第141-142页 |
| 致谢 | 第142页 |
