| 摘要 | 第9-11页 |
| Abstract | 第11-12页 |
| 第一章 研究背景与目的 | 第13-23页 |
| 1.1 减数分裂的介绍 | 第13-15页 |
| 1.1.1 减数分裂的定义及进化意义 | 第13页 |
| 1.1.2 减数分裂的研究历史及进展 | 第13页 |
| 1.1.3 真核生物经典的减数分裂方式 | 第13-14页 |
| 1.1.4 纤毛虫作为研究减数分裂基因分子进化的“魅力” | 第14-15页 |
| 1.2 嗜热四膜虫的遗传学基础 | 第15-19页 |
| 1.2.1 嗜热四膜虫简介 | 第15-16页 |
| 1.2.2 嗜热四膜虫的性别决定方式 | 第16页 |
| 1.2.3 嗜热四膜虫的有性生殖方式 | 第16-19页 |
| 1.2.4 嗜热四膜虫减数分裂功能基因的研究进展 | 第19页 |
| 1.3 纤毛虫基因组数据的介绍 | 第19-20页 |
| 1.4 分子进化的研究进展 | 第20-22页 |
| 1.4.1 分子进化的研究内容 | 第20-21页 |
| 1.4.2 生物信息学在分子进化领域中的运用 | 第21-22页 |
| 1.5 研究目的及意义 | 第22-23页 |
| 第二章 减数分裂同源基因的鉴定 | 第23-36页 |
| 2.1 引言 | 第23-24页 |
| 2.1.1 四膜虫作为研究减数分裂模式生物的优点 | 第23页 |
| 2.1.2 基因预测可能出现的缺陷 | 第23-24页 |
| 2.1.3 鉴定同源基因的工具 | 第24页 |
| 2.2 材料与方法 | 第24-29页 |
| 2.2.1 用于分析的嗜热四膜虫减数分裂功能基因介绍 | 第24-26页 |
| 2.2.2 十五种纤毛虫基因组数据介绍 | 第26-28页 |
| 2.2.3 基于蛋白质的同源比对 | 第28页 |
| 2.2.4 基于基因从头预测的重新注释 | 第28-29页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第29-35页 |
| 2.3.0 基因重新预测的结果 | 第29页 |
| 2.3.1 纤毛虫减数分裂同源基因鉴定的结果 | 第29-31页 |
| 2.3.2 基因丢失的模型分析 | 第31-32页 |
| 2.3.3 基因复制的模型分析 | 第32-34页 |
| 2.3.4 纤毛虫可能的减数分裂类型 | 第34-35页 |
| 2.4 结论 | 第35-36页 |
| 第三章 dN/d S计算 | 第36-49页 |
| 3.1 引言 | 第36-37页 |
| 3.2 材料和方法 | 第37-38页 |
| 3.2.1 模型选择 | 第37页 |
| 3.2.2 密码子序列的比对 | 第37页 |
| 3.2.3 卡方检验 | 第37-38页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第38-47页 |
| 3.3.1 基于两种模型的核酸替换比率 | 第38-47页 |
| 3.3.2 dN/dS的保守性分析 | 第47页 |
| 3.4 结论 | 第47-49页 |
| 第四章 系统进化分析 | 第49-60页 |
| 4.1 引言 | 第49-50页 |
| 4.2 材料与方法 | 第50-52页 |
| 4.2.1 多序列的比对与处理 | 第50页 |
| 4.2.2 基因树的构建 | 第50-52页 |
| 4.2.3 物种树的构建 | 第52页 |
| 4.2.4 系统树的可视化与编辑 | 第52页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第52-59页 |
| 4.3.1 物种树的分析 | 第52-54页 |
| 4.3.2 基于系统发育的基因复制模型 | 第54页 |
| 4.3.3 比较基因树和物种树的差异 | 第54-59页 |
| 4.4 结论 | 第59-60页 |
| 第五章 总结 | 第60-61页 |
| 参考文献: | 第61-67页 |
| 附录1 新预测的16个减数分裂基因的蛋白序列 | 第67-75页 |
| 附录2 将FASTA格式改成NEX格式（mrbayes的输入格式）的脚本程序 | 第75-77页 |
| 附录3 纤毛虫减数分裂基因的名称对应 | 第77-82页 |
| 硕士期间发表的论文情况 | 第82-83页 |
| 致谢 | 第83页 |
