| 摘要 | 第8-10页 |
| ABSTRACT | 第10-11页 |
| 1. 前言 | 第12-21页 |
| 1.1. 课题提出及研究背景 | 第12-14页 |
| 1.2. 前人的研究进展 | 第14-20页 |
| 1.2.1. 各类动植物信息分析平台 | 第14-15页 |
| 1.2.2. 辣椒基因组学 | 第15-16页 |
| 1.2.3. 转录组测序技术 | 第16-17页 |
| 1.2.4. 通用的网站环境—LAMP | 第17-18页 |
| 1.2.5. 基因组可视化工具——GBrowse | 第18-19页 |
| 1.2.6. 网页设计 | 第19-20页 |
| 1.3. 本课题的目的和意义 | 第20-21页 |
| 2. 材料和方法 | 第21-42页 |
| 2.1. 网站环境的配置 | 第21-25页 |
| 2.1.1. 服务器的购置 | 第21页 |
| 2.1.2. Ubuntu系统的安装 | 第21-22页 |
| 2.1.3. AMP环境的搭建 | 第22页 |
| 2.1.4. Apache的安装 | 第22-23页 |
| 2.1.5. MySQL的安装 | 第23-24页 |
| 2.1.6. PHP安装 | 第24页 |
| 2.1.7. Perl安装 | 第24页 |
| 2.1.8. 服务器的网络配置 | 第24-25页 |
| 2.2. GBrowse的安装 | 第25-28页 |
| 2.2.1. 安装前的准备 | 第25-26页 |
| 2.2.2. 手动安装GBrowse | 第26-28页 |
| 2.3. GBrowse的页面简介和使用简述 | 第28-32页 |
| 2.3.1 | 第28-32页 |
| 2.3.1.1. 主页面 | 第28页 |
| 2.3.1.2. Browser功能区 | 第28-30页 |
| 2.3.1.3. Select Tracks | 第30页 |
| 2.3.1.4. Snapshots | 第30页 |
| 2.3.1.5. Community Tracks | 第30页 |
| 2.3.1.6. Custom Tracks | 第30-31页 |
| 2.3.1.7. Preferences | 第31-32页 |
| 2.4. GBrowse的配置 | 第32-38页 |
| 2.4.1. 全局配置 | 第32-35页 |
| 2.4.1.1. GBrowse.conf介绍 | 第32页 |
| 2.4.1.2. 路径和目录 | 第32页 |
| 2.4.1.3. 会话设置 | 第32页 |
| 2.4.1.4. 性能设置 | 第32-33页 |
| 2.4.1.5. 外观设置 | 第33页 |
| 2.4.1.6. Track快速平移设置 | 第33页 |
| 2.4.1.7. 清理设置 | 第33页 |
| 2.4.1.8. 上传数据库的设置 | 第33页 |
| 2.4.1.9. 调试设置 | 第33-34页 |
| 2.4.1.10. 配置基因组区域 | 第34页 |
| 2.4.1.11. HTML自定义设置 | 第34-35页 |
| 2.4.1.12. 数据源部分的配置 | 第35页 |
| 2.4.2. 数据源配置 | 第35-38页 |
| 2.4.2.1. 数据源配置文件介绍 | 第35页 |
| 2.4.2.2. [GENERAL]部分 | 第35-36页 |
| 2.4.2.3. 数据库自定义 | 第36-37页 |
| 2.4.2.4. 自定义Track | 第37-38页 |
| 2.4.3. 数据库的上传 | 第38页 |
| 2.5. 辣椒基因组数据的准备 | 第38-39页 |
| 2.6. 辣椒转录组数据的准备 | 第39-41页 |
| 2.6.1. 植物材料 | 第39页 |
| 2.6.2. 植物材料的取样 | 第39-40页 |
| 2.6.3. 提取RNA送测序 | 第40-41页 |
| 2.7. Blast安装 | 第41-42页 |
| 2.7.1. BLAST简介 | 第41页 |
| 2.7.2. BLAST本地化安装 | 第41-42页 |
| 3. 结果和分析 | 第42-66页 |
| 3.1. Genome模块的搭建和使用 | 第42-50页 |
| 3.1.1. Genome中的GBrowse的搭建和使用 | 第42-47页 |
| 3.1.1.1. 数据处理 | 第42页 |
| 3.1.1.2. 上传zunla和CM334数据 | 第42-43页 |
| 3.1.1.3. 添加辣椒数据源 | 第43页 |
| 3.1.1.4. 自定义数据源配置文件 | 第43-45页 |
| 3.1.1.5. 使用Genome中的GBrowse | 第45-47页 |
| 3.1.2. Genome中的BLAST工具配置和使用 | 第47-50页 |
| 3.1.2.1. 配置本地BLAST数据库 | 第47页 |
| 3.1.2.2. 建立网页端BLAST工具 | 第47-48页 |
| 3.1.2.3. 使用网页端BLAST | 第48-50页 |
| 3.2. Transcriptome模块的搭建和使用 | 第50-55页 |
| 3.2.1. Transcriptome模块简介 | 第50页 |
| 3.2.2 Profile Cartoon | 第50-51页 |
| 3.2.3. Profile Heatmap | 第51-52页 |
| 3.2.4. Profile Chart | 第52-53页 |
| 3.2.5. CoExpNetwork | 第53-55页 |
| 3.2.6. Download | 第55页 |
| 3.3. sRNome模块的搭建和使用 | 第55-60页 |
| 3.3.1. sRNome中的GBrowse的搭建和使用 | 第55-59页 |
| 3.3.1.1. 数据处理 | 第55-56页 |
| 3.3.1.2. 上传mi RNA注释数据 | 第56页 |
| 3.3.1.3. 添加sRNA数据源 | 第56页 |
| 3.3.1.4. 自定义sRNA数据源配置文件 | 第56-59页 |
| 3.3.2. sRNome的Target | 第59-60页 |
| 3.4. Variome模块的搭建和使用 | 第60-64页 |
| 3.4.1. Variome中的Gbrowse | 第60-62页 |
| 3.4.1.1. 数据处理 | 第60页 |
| 3.4.1.2. 上传SNP、InDel注释数据 | 第60页 |
| 3.4.1.3. 添加辣椒数据源 | 第60页 |
| 3.4.1.4. 自定义sRNA数据源配置文件 | 第60-62页 |
| 3.4.2. Variome中的SNP和InDel | 第62-64页 |
| 3.5. Pepper Hub的搭建 | 第64-66页 |
| 4. 讨论 | 第66-68页 |
| 4.1. 综合信息平台的必要性 | 第66页 |
| 4.2. Pepper Hub的作用 | 第66页 |
| 4.3. 小结与展望 | 第66-68页 |
| 参考文献 | 第68-71页 |
| 附录 | 第71-84页 |
| 致谢 | 第84页 |
