| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5页 |
| 第一章 文献综述 | 第8-18页 |
| 1.1 鲤鱼简介 | 第8页 |
| 1.2 鱼类体色的成因与研究进展 | 第8-12页 |
| 1.2.1 色素细胞的分类 | 第9-10页 |
| 1.2.2 鱼类体色的机制 | 第10-12页 |
| 1.3 RNA-Seq技术 | 第12-13页 |
| 1.3.1 RNA-Seq技术简介 | 第12页 |
| 1.3.2 RNA-Seq技术在体色研究中的应用 | 第12-13页 |
| 1.4 DNA甲基化研究以及进展 | 第13-16页 |
| 1.4.1 表观遗传学 | 第13页 |
| 1.4.2 DNA甲基化与去甲基化 | 第13-14页 |
| 1.4.3 甲基化的作用机制与生物学功能 | 第14页 |
| 1.4.4 DNA甲基化的检测方法 | 第14-16页 |
| 1.4.5 DNA甲基化目前在鱼类的研究进展 | 第16页 |
| 1.5 本研究的目的与意义 | 第16-18页 |
| 1.5.1 本研究的目的与意义 | 第16-17页 |
| 1.5.2 主要研究内容与技术路线 | 第17-18页 |
| 第二章 转录组装配与基因注释 | 第18-28页 |
| 2.1 材料与方法 | 第18-20页 |
| 2.1.1 样品采集与RNA提取 | 第18页 |
| 2.1.2 转录组文库的构建与测序 | 第18页 |
| 2.1.3 转录组装配 | 第18-19页 |
| 2.1.4 新基因的挖掘与注释 | 第19页 |
| 2.1.5 测序饱和度分析 | 第19页 |
| 2.1.6 基因本体论（Gene Ontology, GO）注释 | 第19-20页 |
| 2.2 序列组装与分析 | 第20-26页 |
| 2.2.1 RNA提取与检测结果 | 第20页 |
| 2.2.2 Reads质量评估 | 第20-22页 |
| 2.2.3 转录组装配 | 第22页 |
| 2.2.4 新蛋白编码基因与非编码基因的挖掘 | 第22-23页 |
| 2.2.5 转录组饱和度评估 | 第23-25页 |
| 2.2.6 功能注释 | 第25-26页 |
| 2.3 讨论 | 第26-28页 |
| 第三章 红白皮差异基因分析 | 第28-39页 |
| 3.1 实验材料与方法 | 第28-31页 |
| 3.1.1 DEGs分析 | 第28页 |
| 3.1.2 DEGs的表达谱验证 | 第28-30页 |
| 3.1.3 DEGs结构注释与鉴定 | 第30页 |
| 3.1.4 DEGs的GO富集分析 | 第30-31页 |
| 3.2 结果 | 第31-36页 |
| 3.2.1 DEGs挖掘及功能注释 | 第31-32页 |
| 3.2.2 DEGs表达模式分析 | 第32页 |
| 3.2.3 DEGs功能注释与分析 | 第32-35页 |
| 3.2.4 DEGs定量结果分析 | 第35-36页 |
| 3.3 讨论 | 第36-39页 |
| 第四章 体色相关基因甲基化分析 | 第39-45页 |
| 4.1 材料与方法 | 第39-41页 |
| 4.1.1 DNA的提取 | 第39页 |
| 4.1.2 DNA重亚硫酸盐修饰 | 第39-40页 |
| 4.1.3 DEGs CpG岛分析 | 第40页 |
| 4.1.4 BSP引物设计与基因扩增 | 第40-41页 |
| 4.1.5 甲基化数据分析 | 第41页 |
| 4.2 结果 | 第41-43页 |
| 4.2.1 DNA提取结果 | 第41-42页 |
| 4.2.2 CpG岛分析与甲基化水平分析 | 第42-43页 |
| 4.3 讨论 | 第43-45页 |
| 结论 | 第45-46页 |
| 参考文献 | 第46-51页 |
| 硕士研究生期间发表文章 | 第51-54页 |
| 致谢 | 第54-55页 |
| 附录 | 第55-59页 |