| 致谢 | 第3-4页 |
| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5页 |
| 第一章 前言 | 第8-18页 |
| 1 杨树概述 | 第8页 |
| 2 植物抗旱性研究 | 第8-10页 |
| 2.1 干旱的危害 | 第8-9页 |
| 2.2 干旱胁迫对植物形态指标影响 | 第9页 |
| 2.3 植物抗旱分子机制 | 第9-10页 |
| 2.3.1 干旱胁迫相关功能性基因及其产物 | 第9页 |
| 2.3.2 植物抗旱相关调节蛋白 | 第9-10页 |
| 2.4 干旱胁迫研究进展 | 第10页 |
| 3 测序技术发展 | 第10-13页 |
| 3.1 第一代测序技术 | 第10-11页 |
| 3.2 第二代测序技术（Next–generation sequencing） | 第11-12页 |
| 3.2.1 第二代测序技术介绍 | 第11-12页 |
| 3.2.2 第二代测序技术的应用 | 第12页 |
| 3.3 第三代测序技术简介 | 第12-13页 |
| 4 转录组测序技术 | 第13-16页 |
| 4.1 转录组研究概况 | 第13页 |
| 4.2 转录组测序策略及应用 | 第13-15页 |
| 4.3 转录组测序分析的生物信息学软件 | 第15-16页 |
| 5 杨树逆境转录组研究概况 | 第16-17页 |
| 6 本研究内容及研究目的 | 第17-18页 |
| 第二章 实验材料选择及干旱处理 | 第18-21页 |
| 1 测序杨树树种 | 第18页 |
| 2 扦插实验设计 | 第18-19页 |
| 2.1 实验耗材 | 第18-19页 |
| 2.2 扦插试验 | 第19页 |
| 3 干旱及对照试验 | 第19-20页 |
| 3.1 实验准备 | 第19页 |
| 3.2 实验操作 | 第19-20页 |
| 4 叶片样本准备 | 第20-21页 |
| 第三章 转录组测序及测序数据分析 | 第21-31页 |
| 1 杨树总RNA提取 | 第21-22页 |
| 1.1 主要仪器与试剂 | 第21页 |
| 1.2 总RNA提取方法及步骤 | 第21-22页 |
| 2 RNA纯度和浓度检测 | 第22页 |
| 2.1 主要仪器与试剂 | 第22页 |
| 2.2 RNA质量检测 | 第22页 |
| 3 cDNA文库构建和转录组测序 | 第22-23页 |
| 4 有参考基因组转录组测序数据分析流程 | 第23-31页 |
| 4.1 转录组测序数据评估与质量控制 | 第23-24页 |
| 4.1.1 获得序列数据 | 第23页 |
| 4.1.2 测序质量评估 | 第23-24页 |
| 4.1.3 序列数据质量控制 | 第24页 |
| 4.2 测序数据比对到参考基因组及参考基因 | 第24-25页 |
| 4.2.1 参考基因组及参考基因 | 第24页 |
| 4.2.2 比对软件选择 | 第24-25页 |
| 4.2.3 比对结果说明 | 第25页 |
| 4.3 测序随机性评价 | 第25-26页 |
| 4.4 基因覆盖度统计 | 第26页 |
| 4.5 基因差异表达分析 | 第26-29页 |
| 4.5.1 基因表达量统计 | 第26-27页 |
| 4.5.2 样品间差异表达基因筛选 | 第27-28页 |
| 4.5.3 差异表达基因注释 | 第28-29页 |
| 4.6 可变剪接的识别 | 第29-30页 |
| 4.7 新转录本的预测 | 第30-31页 |
| 第四章 数据分析结果统计 | 第31-53页 |
| 1 样品总RNA检测结果 | 第31-32页 |
| 2 转录组测序序列处理和评估 | 第32-34页 |
| 2.1 测序质量评估 | 第32-33页 |
| 2.2 序列质量控制 | 第33-34页 |
| 3 测序随机性评价 | 第34-37页 |
| 3.1 I-69’杨正常水分组测序序列比对结果 | 第34-35页 |
| 3.2 ‘I-69’杨干旱胁迫组测序序列比对结果 | 第35-36页 |
| 3.3 小叶杨正常水分组测序序列比对结果 | 第36页 |
| 3.4 小叶杨干旱胁迫组测序序列比对结果 | 第36-37页 |
| 4 测序随机性评价 | 第37-38页 |
| 5 基因覆盖度统计 | 第38-41页 |
| 6 样品间差异表达基因筛选 | 第41-50页 |
| 6.1 差异表达基因筛选结果 | 第41-42页 |
| 6.2 差异表达基因注释 | 第42-50页 |
| 6.2.1 差异表达基因GO注释和功能分类 | 第42-45页 |
| 6.2.2 差异表达基因KEGG Pathway富集分析 | 第45-50页 |
| 7 可变剪接的识别 | 第50-52页 |
| 8 新转录本的预测 | 第52-53页 |
| 第五章 结论与展望 | 第53-55页 |
| 1 研究结论 | 第53-54页 |
| 2 存在问题与展望 | 第54-55页 |
| 参考文献 | 第55-59页 |