| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-10页 |
| 第一部分 前言 | 第10-21页 |
| 1 线粒体的生物学特性 | 第10-11页 |
| ·线粒体的形态及分布 | 第10-11页 |
| ·线粒体的起源及进化 | 第11页 |
| 2 线粒体基因组的特征 | 第11-14页 |
| ·线粒体DNA | 第11-12页 |
| ·线粒体基因组的结构特点 | 第12-13页 |
| ·动物线粒体基因组组成 | 第13-14页 |
| 3 线粒体基因组的研究进展 | 第14-16页 |
| ·线粒体基因组的遗传及进化特征 | 第14-15页 |
| ·鱼类线粒体基因组的研究进展 | 第15-16页 |
| 4 线粒体基因组的分子系统学研究 | 第16-20页 |
| ·分子系统学研究方法 | 第16-18页 |
| ·线粒体在分子系统学研究中的意义 | 第18-20页 |
| 5 本项目研究的目的和意义 | 第20-21页 |
| ·物种介绍 | 第20页 |
| ·研究意义 | 第20-21页 |
| 第二部分 材料和方法 | 第21-33页 |
| 1 实验材料 | 第21-23页 |
| ·标本的采集、保存与鉴定 | 第21页 |
| ·实验仪器和试剂 | 第21-23页 |
| 2 实验方法 | 第23-29页 |
| ·线粒体基因组全序列测定 | 第23-24页 |
| ·PCR扩增与纯化 | 第24-29页 |
| ·PCR产物测序 | 第29页 |
| 3 数据处理与分析 | 第29-33页 |
| ·测序数据的拼接和处理 | 第29页 |
| ·线粒体基因组注释与分析 | 第29-30页 |
| ·系统发育分析 | 第30-33页 |
| 第三部分 实验结果 | 第33-37页 |
| 1 总DNA的提取 | 第33页 |
| 2 长PCR(Long-PCR)扩增及产物纯化 | 第33-34页 |
| 3 短PCR(Sub-PCR)扩增及产物纯化 | 第34-35页 |
| 4 序列测定 | 第35页 |
| 5 序列拼接 | 第35-36页 |
| 6 删除冗余序列及序列调零 | 第36-37页 |
| 第四部分 红尾副鳅线粒体基因组 | 第37-50页 |
| 1 红尾副鳅线粒体基因组的基因组成及基本特征 | 第37-40页 |
| ·红尾副鳅线粒体基因组的基因组成与顺序 | 第37-39页 |
| ·基因重叠区和基因间隔序列 | 第39页 |
| ·核苷酸组成 | 第39-40页 |
| 2 蛋白质编码基因 | 第40-41页 |
| 3 tRNA基因的结构 | 第41-43页 |
| 4 rRNA基因及其结构 | 第43-44页 |
| 5 控制区(D-loop) | 第44-47页 |
| 6 红尾副鳅线粒体基因组与其它鱼类线粒体基因组的比较分析 | 第47-50页 |
| ·线粒体基因组的基本组成分析 | 第47页 |
| ·蛋白质编码基因 | 第47-48页 |
| ·tRNA基因 | 第48页 |
| ·rRNA基因 | 第48-49页 |
| ·控制区(D-loop) | 第49-50页 |
| 第五部分 鲤亚目鱼类系统发育分析 | 第50-66页 |
| 1 数据集序列组成分析 | 第50-51页 |
| 2 碱基替换饱和性分析 | 第51-52页 |
| 3 gl检验和PTP检验 | 第52-54页 |
| 4 系统发育关系重建 | 第54-64页 |
| ·简约法建树 | 第54-56页 |
| ·最大似然法建树 | 第56-59页 |
| ·贝叶斯系统发育推论 | 第59-64页 |
| 5 讨论 | 第64-66页 |
| 结论 | 第66-68页 |
| 参考文献 | 第68-75页 |
| 致谢 | 第75-76页 |
| 攻读硕士学位期间研究成果 | 第76-77页 |