| 资助信息 | 第5-6页 |
| 摘要 | 第6-8页 |
| ABSTRACT | 第8-9页 |
| 第一章 绪论 | 第12-30页 |
| 1.1 Small RNAs 简介 | 第12-28页 |
| 1.1.1 RNA 沉默 | 第12-16页 |
| 1.1.2 miRNAs 概述 | 第16-23页 |
| 1.1.3 PhasiRNAs 概述 | 第23-28页 |
| 1.2 黄瓜 small RNA 研究现状 | 第28-30页 |
| 1.2.1 黄瓜物种简介 | 第28页 |
| 1.2.2 黄瓜 small RNAs 研究现状与意义 | 第28-30页 |
| 第二章 黄瓜 miRNAs 预测及分析 | 第30-37页 |
| 2.1 材料与方法 | 第30-31页 |
| 2.1.0 实验材料及数据来源 | 第30页 |
| 2.1.1 方法 | 第30-31页 |
| 2.2 实验结果 | 第31-34页 |
| 2.2.1 测序结果 | 第31-33页 |
| 2.2.2 miRNAs 预测结果 | 第33-34页 |
| 2.2.3 miRNAs 靶基因预测结果 | 第34页 |
| 2.2.4 靶基因 GO 富集结果 | 第34页 |
| 2.3 本章小结 | 第34-37页 |
| 第三章 PhasiRNAs 预测软件 PhaseTank 的开发 | 第37-46页 |
| 3.1 依赖软件 | 第37页 |
| 3.2 phasiRNAs 预测软件开发 | 第37-40页 |
| 3.2.1 已知方法搜索 | 第37页 |
| 3.2.2 全新的筛选因子 RSRP | 第37-38页 |
| 3.2.3 识别 Phased 位点 | 第38-39页 |
| 3.2.4 PhasiRNA cluster | 第39页 |
| 3.2.5 主要参数计算 | 第39-40页 |
| 3.2.6 预测 triggered miRNAs | 第40页 |
| 3.2.7 phasiRNAs 靶基因预测 | 第40页 |
| 3.2.8 PhaseTank 软件编写及运行 | 第40页 |
| 3.3 结果 | 第40-42页 |
| 3.3.1 前人方法总结 | 第40-41页 |
| 3.3.2 拟南芥 cDNA 序列 RSRP 分布 | 第41页 |
| 3.3.3 PhaseTank 运行流程及网站 | 第41-42页 |
| 3.3.4 软件所有参数 | 第42页 |
| 3.3.5 软件功能 | 第42页 |
| 3.4 本章小结 | 第42-46页 |
| 第四章 PhaseTank 的验证及在黄瓜数据中的应用 | 第46-53页 |
| 4.1 数据来源 | 第46页 |
| 4.2 PhaseTank 的验证 | 第46-47页 |
| 4.2.1 利用拟南芥数据验证 PhaseTank | 第46-47页 |
| 4.2.2 拟南芥 phasiRNA 调控网络 | 第47页 |
| 4.2.3 拟南芥 phasiRNAs 靶基因 GO 分析 | 第47页 |
| 4.2.4 PhaseTank 的应用 | 第47页 |
| 4.3 结果 | 第47-51页 |
| 4.3.1 拟南芥数据运行结果 | 第47页 |
| 4.3.2 拟南芥 phasiRNAs 调控网络 | 第47-48页 |
| 4.3.3 拟南芥 phasiRNAs 靶基因 GO 分析 | 第48页 |
| 4.3.4 利用 PhaseTank 预测黄瓜 phasiRNAs | 第48-51页 |
| 4.3.5 黄瓜 phasiRNAs 调控网络 | 第51页 |
| 4.4 本章小结 | 第51-53页 |
| 第五章 结论 | 第53-55页 |
| 附录 | 第55-64页 |
| 附录 1 miRNA 预测结果 | 第55-58页 |
| 附录 2 全新 miRNA 预测结果 | 第58-60页 |
| 附录 3 miRNA 靶基因预测结果 | 第60-63页 |
| 附录 4 用 PhaseTank 预测拟南芥数据的结果 | 第63-64页 |
| 参考文献 | 第64-72页 |
| 致谢 | 第72-73页 |
| 作者简介、硕士期间发表论文 | 第73页 |
