| 缩略语表 | 第5-6页 |
| 中文摘要 | 第6-8页 |
| Abstract | 第8-9页 |
| 前言 | 第10-11页 |
| 文献回顾 | 第11-24页 |
| 1 计算机辅助药物设计方法介绍 | 第11-13页 |
| 1.1 基于配体小分子的药物设计 | 第11-12页 |
| 1.2 基于受体大分子的药物设计 | 第12-13页 |
| 2 方法概述 | 第13-15页 |
| 2.1 分子动力学 | 第14页 |
| 2.2 QM/MM | 第14-15页 |
| 3 表观遗传学概述 | 第15-23页 |
| 3.1 组蛋白表观遗传修饰研究进展 | 第16-17页 |
| 3.2 组蛋白乙酰化转移酶的结构及功能 | 第17-19页 |
| 3.3 p300 结构及特点 | 第19-21页 |
| 3.4 组蛋白乙酰化转移酶的催化反应机制 | 第21-23页 |
| 4 实验的关注点 | 第23-24页 |
| 第一章 分子动力学对 P300 的分子结构设计 | 第24-36页 |
| 1 材料与方法 | 第24-25页 |
| 1.1 模拟体系的构建 | 第24-25页 |
| 1.2 分子动力学（MD）模拟 | 第25页 |
| 2 模型构建 | 第25-29页 |
| 3 结果与讨论 | 第29-35页 |
| 3.1 p300 独有的底物结合 L1 loop 的稳定性 | 第29-32页 |
| 3.2 p300/H3/Ac-CoA 的氢键和疏水作用 | 第32-35页 |
| 小结 | 第35-36页 |
| 第二章 利用 QM/MM 的方法进行机理研究 | 第36-47页 |
| 1 材料与方法 | 第36-37页 |
| 1.1 QM/MM 计算法 | 第36-37页 |
| 2 结果与讨论 | 第37-45页 |
| 2.1 质子转移路线和机制 | 第37-39页 |
| 2.2 乙酰化反应的路线和机制 | 第39-41页 |
| 2.3 质子转移的势能 | 第41-42页 |
| 2.4 乙酰化反应的过程 | 第42-45页 |
| 小结 | 第45-47页 |
| 第三章 抗菌小分子的设计研究 | 第47-59页 |
| 1 研究方法 | 第48-50页 |
| 1.1 骨架跃迁 | 第48-49页 |
| 1.2 SHAFTS 方法 | 第49-50页 |
| 2 结果与讨论 | 第50-58页 |
| 小结 | 第58-59页 |
| 参考文献 | 第59-70页 |
| 个人简历和研究成果 | 第70-71页 |
| 致谢 | 第71页 |