| 摘要 | 第4-5页 |
| abstract | 第5-6页 |
| 第1章 文献综述 | 第10-28页 |
| 1.1 不动杆菌简介 | 第10-15页 |
| 1.1.1 不动杆菌生物学特性 | 第10页 |
| 1.1.2 临床研究意义和防控策略 | 第10-11页 |
| 1.1.3 致病性研究 | 第11-12页 |
| 1.1.4 耐药性研究 | 第12-14页 |
| 1.1.5 国内外溶血不动杆菌研究进展 | 第14-15页 |
| 1.2 第三代测序技术综述 | 第15-20页 |
| 1.2.1 PacBio SMRT技术 | 第16-19页 |
| 1.2.2 纳米孔单分子测序技术 | 第19-20页 |
| 1.3 细菌基因组学概述 | 第20-25页 |
| 1.3.1 结构基因组学 | 第21-22页 |
| 1.3.2 功能基因组学 | 第22-23页 |
| 1.3.3 比较基因组学 | 第23-25页 |
| 1.3.4 溶血不动杆菌基因组学研究进展 | 第25页 |
| 1.4 本课题研究思路 | 第25-28页 |
| 第2章 溶血不动杆菌TJS01的全基因组测序 | 第28-52页 |
| 2.1 实验材料 | 第28-31页 |
| 2.1.1 菌株 | 第28页 |
| 2.1.2 实验耗材与设备 | 第28-30页 |
| 2.1.3 溶液配制方法 | 第30-31页 |
| 2.2 实验方法 | 第31-45页 |
| 2.2.1 溶血不动杆菌基因组DNA样品制备 | 第31-32页 |
| 2.2.2 菌株鉴定 | 第32-33页 |
| 2.2.3 PacBio RSⅡ测序平台溶血不动杆菌TJS01测序流程 | 第33-36页 |
| 2.2.4 10 kb文库建库流程 | 第36-40页 |
| 2.2.5 上机测序准备 | 第40-42页 |
| 2.2.6 上机测序 | 第42-43页 |
| 2.2.7 数据分析 | 第43-45页 |
| 2.3 实验结果 | 第45-50页 |
| 2.3.1 溶血不动杆菌TJS01全基因组提取 | 第45-46页 |
| 2.3.2 全基因组DNA纯度测定 | 第46页 |
| 2.3.3 菌种鉴定 | 第46-48页 |
| 2.3.4 测序数据概况 | 第48-49页 |
| 2.3.5 序列拼接结果 | 第49-50页 |
| 2.4 本章小结 | 第50-52页 |
| 第3章 溶血不动杆菌TJS01和TJR01基因组组分分析 | 第52-66页 |
| 3.1 分析材料 | 第52页 |
| 3.2 分析方法 | 第52-54页 |
| 3.2.1 基因注释 | 第52页 |
| 3.2.2 CRISPR组成分析 | 第52页 |
| 3.2.3 重复的序列预测 | 第52-53页 |
| 3.2.4 非编码RNA预测 | 第53页 |
| 3.2.5 前噬菌体预测 | 第53-54页 |
| 3.2.6 基因岛分析 | 第54页 |
| 3.3 分析结果 | 第54-63页 |
| 3.3.1 基因注释结果 | 第54-55页 |
| 3.3.2 CRISPR组成分析结果 | 第55-56页 |
| 3.3.3 重复的序列预测结果 | 第56-58页 |
| 3.3.4 非编码RNA注释结果 | 第58-59页 |
| 3.3.5 前噬菌体预测结果 | 第59-60页 |
| 3.3.6 基因岛分析结果 | 第60-63页 |
| 3.4 本章小结 | 第63-66页 |
| 第4章 溶血不动杆菌TJS01和TJR01功能基因组学分析 | 第66-96页 |
| 4.1 分析材料 | 第66页 |
| 4.2 分析方法 | 第66-71页 |
| 4.2.1 基因和蛋白基本功能注释 | 第66-67页 |
| 4.2.2 病原细菌致病性分析 | 第67-70页 |
| 4.2.3 细菌耐药性分析 | 第70页 |
| 4.2.4 次级代谢基因簇分析 | 第70页 |
| 4.2.5 GIPSy分析 | 第70-71页 |
| 4.2.6 基因组可视化分析 | 第71页 |
| 4.3 分析结果 | 第71-93页 |
| 4.3.1 基因和蛋白基本功能注释结果 | 第71-78页 |
| 4.3.2 病原细菌致病性分析结果 | 第78-84页 |
| 4.3.3 细菌耐药性分析结果 | 第84-86页 |
| 4.3.4 次级代谢基因簇分析结果 | 第86-89页 |
| 4.3.5 GIPSy注释结果 | 第89-90页 |
| 4.3.6 基因组可视化分析结果 | 第90-93页 |
| 4.4 本章小结 | 第93-96页 |
| 第5章 溶血不动杆菌的比较基因组学分析 | 第96-102页 |
| 5.1 分析材料 | 第96页 |
| 5.2 分析方法 | 第96-97页 |
| 5.2.1 全基因组共线性分析 | 第96页 |
| 5.2.2 保守序列分析 | 第96-97页 |
| 5.2.3 物种进化分析 | 第97页 |
| 5.3 分析结果 | 第97-101页 |
| 5.3.1 全基因组共线性分析结果 | 第97-99页 |
| 5.3.2 保守序列分析 | 第99-100页 |
| 5.3.3 物种进化分析 | 第100-101页 |
| 5.4 本章小结 | 第101-102页 |
| 第6章 结论与展望 | 第102-104页 |
| 6.1 结论 | 第102页 |
| 6.2 展望 | 第102-104页 |
| 参考文献 | 第104-112页 |
| 发表论文和参加科研情况说明 | 第112-114页 |
| 致谢 | 第114-115页 |
