| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-9页 |
| 缩略语对照表 | 第13-18页 |
| 第一章 绪论 | 第18-34页 |
| 1.1 研究背景与意义 | 第18-20页 |
| 1.1.1 研究背景 | 第18-20页 |
| 1.1.2 研究意义 | 第20页 |
| 1.2 DNA甲基化 | 第20-24页 |
| 1.2.1 DNA甲基化的相关概念 | 第20-21页 |
| 1.2.2 DNA甲基化和肿瘤 | 第21-22页 |
| 1.2.3 DNA甲基化测量方法和相关数据库简介 | 第22-24页 |
| 1.3 研究现状和挑战 | 第24-30页 |
| 1.3.1 国内外研究现状 | 第24-25页 |
| 1.3.2 DNA甲基化差异模式的识别 | 第25-28页 |
| 1.3.3 DNA甲基化与不同组学的整合研究 | 第28-29页 |
| 1.3.4 DNA甲基化数据分析的挑战 | 第29-30页 |
| 1.4 主要内容及章节安排 | 第30-34页 |
| 1.4.1 主要内容 | 第30-32页 |
| 1.4.2 章节安排 | 第32-34页 |
| 第二章 基于改进相对熵的复杂疾病相关甲基化差异位点识别 | 第34-48页 |
| 2.1 引言 | 第34-35页 |
| 2.2 相对熵及其性质 | 第35-36页 |
| 2.3 改进相对熵 | 第36-39页 |
| 2.3.1 改进相对熵方法的引入 | 第36-38页 |
| 2.3.2 改进相对熵方法的理论分析 | 第38-39页 |
| 2.4 DNA甲基化差异位点的识别 | 第39-40页 |
| 2.5 实验结果与分析 | 第40-46页 |
| 2.5.1 仿真数据 | 第40-41页 |
| 2.5.2 仿真数据的实验结果与分析 | 第41-43页 |
| 2.5.3 真实数据的实验结果与分析 | 第43-46页 |
| 2.6 小结 | 第46-48页 |
| 第三章 基于距离判别分析的复杂疾病甲基化差异区域识别 | 第48-62页 |
| 3.1 引言 | 第48-49页 |
| 3.2 距离判别分析相关理论 | 第49-50页 |
| 3.3 功能甲基化区域的识别 | 第50-54页 |
| 3.3.1 甲基化差异区域的识别 | 第51-53页 |
| 3.3.2 功能甲基化区域的识别 | 第53-54页 |
| 3.4 实验结果与分析 | 第54-59页 |
| 3.4.1 仿真数据的实验结果与分析 | 第54-56页 |
| 3.4.2 真实数据的实验结果与分析 | 第56-59页 |
| 3.5 小结 | 第59-62页 |
| 第四章 基于基因加权网络的复杂疾病相关基因识别 | 第62-74页 |
| 4.1 引言 | 第62-63页 |
| 4.2 典型相关分析的相关理论 | 第63-64页 |
| 4.3 疾病相关基因的网络识别方法 | 第64-68页 |
| 4.3.1 基于典型相关分析的基因网络权重的计算 | 第64-66页 |
| 4.3.2 网络拓扑特征参数的计算 | 第66-67页 |
| 4.3.3 差异显著基因的识别 | 第67-68页 |
| 4.3.4 疾病相关模块的识别 | 第68页 |
| 4.4 实验结果分析 | 第68-73页 |
| 4.4.1 数据来源与预处理 | 第68页 |
| 4.4.2 网络拓扑特性的比较分析 | 第68-70页 |
| 4.4.3 疾病相关模块分析 | 第70-73页 |
| 4.5 小结 | 第73-74页 |
| 第五章 基于差异分析的DNA甲基化和基因表达关系研究 | 第74-86页 |
| 5.1 引言 | 第74-76页 |
| 5.2 DNA甲基化和基因表达的差异分析 | 第76-77页 |
| 5.2.1 DNA甲基化差异的计算 | 第76页 |
| 5.2.2 基因表达差异的计算 | 第76-77页 |
| 5.3 DNA甲基化和基因表达关系的计算 | 第77页 |
| 5.4 实验结果与分析 | 第77-83页 |
| 5.4.1 数据来源与预处理 | 第77-78页 |
| 5.4.2 DNA甲基化和基因表达的差异分析结果 | 第78-81页 |
| 5.4.3 DNA甲基化和基因表达关系的分析 | 第81-83页 |
| 5.5 小结 | 第83-86页 |
| 第六章 总结与展望 | 第86-90页 |
| 6.1 总结 | 第86-87页 |
| 6.2 后续工作与展望 | 第87-90页 |
| 参考文献 | 第90-102页 |
| 致谢 | 第102-104页 |
| 作者简介 | 第104-106页 |
