| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 缩略词 | 第10-12页 |
| 第一章 文献综述 | 第12-33页 |
| 1.1 miRNA的发现 | 第12页 |
| 1.2 miRNA的生物合成 | 第12-14页 |
| 1.3 miRNA的作用机制 | 第14-20页 |
| 1.3.1 miRNA介导的mRNA剪切 | 第14-15页 |
| 1.3.2 miRNA介导的mRNA翻译抑制 | 第15-16页 |
| 1.3.3 miRNA介导的DNA甲基化 | 第16-17页 |
| 1.3.4 miRNA介导的RNA甲基化 | 第17-18页 |
| 1.3.5 miRNA与其他RNA之间的相互作用 | 第18-20页 |
| 1.4 miRNA的功能研究 | 第20-23页 |
| 1.4.1 miRNA在植物发育中的调控作用 | 第20-22页 |
| 1.4.2 miRNA在逆境胁迫中的调控作用 | 第22-23页 |
| 1.5 miRNA的预测与鉴定 | 第23-24页 |
| 1.5.1 实验克隆 | 第23页 |
| 1.5.2 生物信息学的方法预测 | 第23-24页 |
| 1.6 miRNA的表达分析 | 第24-26页 |
| 1.6.1 Northern杂交 | 第24页 |
| 1.6.2 miRNA qRT-PCR | 第24-25页 |
| 1.6.3 miRNA表达芯片 | 第25页 |
| 1.6.4 小RNA测序 | 第25-26页 |
| 1.7 miRNA靶基因的预测和鉴定 | 第26-28页 |
| 1.7.1 miRNA靶基因的预测 | 第26页 |
| 1.7.2 miRNA靶基因的鉴定 | 第26-28页 |
| 1.8 谷子的介绍 | 第28-32页 |
| 1.8.1 谷子的重要地位和特色 | 第28-29页 |
| 1.8.2 谷子的研究进展 | 第29-32页 |
| 1.9 本论文的研究目的和意义 | 第32-33页 |
| 第二章 材料与方法 | 第33-55页 |
| 2.1 实验材料 | 第33-39页 |
| 2.1.1 植物材料 | 第33页 |
| 2.1.2 宿主菌 | 第33页 |
| 2.1.3 主要载体 | 第33页 |
| 2.1.4 各种酶及试剂 | 第33-34页 |
| 2.1.5 实验所用引物 | 第34-37页 |
| 2.1.6 主要仪器设备 | 第37页 |
| 2.1.7 常用培养基配置 | 第37-38页 |
| 2.1.8 常用溶液的配置 | 第38-39页 |
| 2.2 实验所需的溶液配置 | 第39-41页 |
| 2.2.1 质粒DNA的提取和Cracking检测 | 第39页 |
| 2.2.2 大肠杆菌感受态的制备 | 第39页 |
| 2.2.3 植物组织培养常用试剂 | 第39-40页 |
| 2.2.4 植物基因组DNA提取缓冲液 | 第40页 |
| 2.2.5 农杆菌介导的烟草瞬时表达 | 第40-41页 |
| 2.3 实验方法 | 第41-55页 |
| 2.3.1 热激法大肠杆菌感受态细胞的制备和转化 | 第41页 |
| 2.3.2 电击法农杆菌感受态细胞的制备和转化 | 第41-42页 |
| 2.3.3 琼脂糖凝胶中DNA片段的回收纯化 | 第42页 |
| 2.3.4 碱裂解法提取质粒DNA | 第42页 |
| 2.3.5 重组质粒的鉴定 | 第42-43页 |
| 2.3.6 SDS法少量提取植物组织基因组DNA | 第43页 |
| 2.3.7 CTAB法少量提取植物种植的基因组DNA | 第43-44页 |
| 2.3.8 基因组DNA的PCR扩增 | 第44页 |
| 2.3.9 植物组织总RNA的提取 | 第44-45页 |
| 2.3.10 RT-PCR | 第45页 |
| 2.3.11 Stem-loop RT PCR | 第45-46页 |
| 2.3.12 实时定量PCR | 第46页 |
| 2.3.13 5'RACE实验 | 第46-48页 |
| 2.3.14 农杆菌转化谷子愈伤组织 | 第48-49页 |
| 2.3.15 农杆菌转化拟南芥 | 第49页 |
| 2.3.16 拟南芥阳性植株的筛选 | 第49页 |
| 2.3.17 农杆菌介导的烟草瞬时表达体系 | 第49-50页 |
| 2.3.18 小RNA文库的构建和测序 | 第50页 |
| 2.3.19 谷子中miRNA的鉴定 | 第50-51页 |
| 2.3.20 谷子中mirtron的鉴定方法 | 第51-52页 |
| 2.3.21 靶基因预测和功能注释 | 第52页 |
| 2.3.22 谷子和高粱基因之间的共线性分析 | 第52页 |
| 2.3.23 降解组文库的构建和测序 | 第52-53页 |
| 2.3.24 降解组数据分析 | 第53-54页 |
| 2.3.25 转录组数据分析 | 第54页 |
| 2.3.26 通过不同降解途径响应干旱胁迫基因的序列特征分析 | 第54页 |
| 2.3.27 利用降解组数据分析miRNA的靶基因和前体形成过程 | 第54-55页 |
| 第三章 谷子miRNA的鉴定与分析 | 第55-72页 |
| 3.1 谷子不同组织中小RNA表达特征 | 第55-57页 |
| 3.2 已知miRNA在谷子四个组织中的表达 | 第57-59页 |
| 3.3 谷子中新的miRNA的分析与实验验证 | 第59-61页 |
| 3.4 靶基因预测和组织表达模式的验证 | 第61-64页 |
| 3.5 谷子中miRNA和高粱中miRNA的共线性分析 | 第64-69页 |
| 3.6 讨论 | 第69-71页 |
| 3.7 小结 | 第71-72页 |
| 第四章 miRNA靶基因鉴定及干旱胁迫下uncapped mRNA的研究 | 第72-94页 |
| 4.1 降解组文库的构建和数据的初步分析 | 第72-73页 |
| 4.2 降解组测序鉴定谷子MIRNA的靶基因 | 第73-77页 |
| 4.3 miRNA前体剪切方式鉴定 | 第77-79页 |
| 4.4 mRNA去帽降解途径及其干旱应答模式 | 第79-89页 |
| 4.4.1 通过不同降解途径响应干旱胁迫的基因及其功能注释 | 第80-85页 |
| 4.4.2 不同类型基因的序列特点 | 第85-86页 |
| 4.4.3 C4途径相关基因和miRNA合成相关基因在体内存在状态 | 第86-89页 |
| 4.5 讨论 | 第89-93页 |
| 4.5.1 miRNA靶基因的分析 | 第89-91页 |
| 4.5.2 miRNA前体形成过程 | 第91页 |
| 4.5.3 基因通过不同降解途径响应干旱胁迫的机制 | 第91-93页 |
| 4.6 小结 | 第93-94页 |
| 第五章 sit-miR396功能的初步研究 | 第94-108页 |
| 5.1 sit-miR396的表达分析 | 第95页 |
| 5.1.1 sit-miR396组织表达模式分析 | 第95页 |
| 5.2 sit-miR396靶基因鉴定 | 第95-97页 |
| 5.3 sit-miR396超表达和干扰载体构建及其功能研究 | 第97-100页 |
| 5.3.1 sit-miR396超表达和干扰载体的构建 | 第97-99页 |
| 5.3.2 烟草瞬时表达研究sit-miR396超表达和干扰载体的功能 | 第99-100页 |
| 5.4 sit-miR396异源表达拟南芥植株的获得和表型观察 | 第100-101页 |
| 5.5 sit-miR396影响谷子根的发育 | 第101-106页 |
| 5.5.1 miR396超表达和干扰载体转基因谷子的检测 | 第102-103页 |
| 5.5.2 sit-miR396超表达载体转基因谷子的表型观察 | 第103-104页 |
| 5.5.3 靶基因GRFs的表达水平分析 | 第104-106页 |
| 5.6 讨论 | 第106-107页 |
| 5.7 小结 | 第107-108页 |
| 第六章 结论与展望 | 第108-109页 |
| 参考文献 | 第109-125页 |
| 附录 | 第125-146页 |
| 致谢 | 第146-147页 |
| 个人简历 | 第147页 |
